计算化学公社

标题: 蛋白质上氨基酸位点突变问题 [打印本页]

作者
Author: 961106 时间: 2021-3-10 16:33
标题: 蛋白质上氨基酸位点突变问题
请问老师们，我想突变蛋白质pdb文件上的某个氨基酸成别的氨基酸，然后用于gromacs模拟，我现在了解到Pymol, Chimera都可以用于突变，请问用哪个方法更合适一些呢？谢谢老师们

作者
Author: puzhongji 时间: 2021-3-10 16:38
SCWRL4 EvoEF2 FASPR Foldx 等都可以一个命令定点突变，推荐EvoEF2

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-11 01:57
用WHAT IF服务器，都省得装程序了
https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/index.html

用里面的mutation prediction - Mutate a residue

作者
Author: xking 时间: 2021-5-3 15:41

sobereva 发表于 2021-3-11 01:57
用WHAT IF服务器，都省得装程序了
https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/index.html

老师，我按照您的步骤，操作完之后，对比两个pdb文件，发现并没有什么变化啊

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-3 21:46

xking 发表于 2021-5-3 15:41
老师，我按照您的步骤，操作完之后，对比两个pdb文件，发现并没有什么变化啊

肯定是你弄错了

作者
Author: xking 时间: 2021-5-4 23:12
本帖最后由 xking 于 2021-5-4 23:16 编辑

sobereva 发表于 2021-5-3 21:46
肯定是你弄错了

file:///C:/Users/py/Desktop/%E5%B1%8F%E5%B9%95%E6%88%AA%E5%9B%BE%202021-05-04%20230626.png[img]file:///C:/Users/py/Desktop/%E5%B1%8F%E5%B9%95%E6%88%AA%E5%9B%BE%202021-05-04%20230659.pngfile:///C:/Users/py/Desktop/%E5%B1%8F%E5%B9%95%E6%88%AA%E5%9B%BE%202021-05-04%20230929.png[/img]
老师，您看这210号残基

作者
Author: songsong.. 时间: 2023-8-10 21:00
本帖最后由 songsong.. 于 2023-8-10 21:04 编辑

我也是遇到这个问题，请问楼主解决了吗，我也是遇到用pymol突变，导出但是文件跟没有突变一摸一样，但是再打开pymol序列显示却是突变完的。

作者
Author: Louisa 时间: 2023-9-29 00:35

songsong.. 发表于 2023-8-10 21:00
我也是遇到这个问题，请问楼主解决了吗，我也是遇到用pymol突变，导出但是文件跟没有突变一摸一样，但是再 ...

pymol突变不能显示侧链变化吧，只有sticks显示的时候才会有变化
P.S. 建议用DS做突变，出图效果也比pymol好多了

作者
Author: songsong.. 时间: 2023-11-28 10:28

Louisa 发表于 2023-9-29 00:35
pymol突变不能显示侧链变化吧，只有sticks显示的时候才会有变化
P.S. 建议用DS做突变，出图效果也比pymo ...

好嘞十分感谢

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