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标题: VMD的atomselect命令请教 [打印本页]

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2021-3-10 17:07
标题: VMD的atomselect命令请教
请教一下各位老师，我想写一个tcl脚本，脚本的内容是，根据氧原子之间的距离，把体系分为多个团簇，在使用VMD的atomselect时遇到了问题，我想在VMD中选中sel组为我体系中的O5，OG311和O3原子；selin组为距离sel组原子距离小于3.5nm的O原子（即O5，OG311和O3，但不包含sel组自身），请问在tcl脚本中应当怎样写呢？
试了蛮多次都不太对

作者
Author: ChunLinX 时间: 2021-3-10 22:20
本帖最后由 ChunLinX 于 2021-3-10 23:19 编辑

http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html 可以看看sob老师的帖子，里面讲的很详细。
第一句应该为atomselect top "name O5 OG311 O3” ；第二句为atomselect top “same name as { exwithin 35 of $sel }”但是好像same name as { exwithin 35 of $sel }无法只选择O5 OG311 O3。
可以在拓扑文件中将O5 OG311 O3定义为一个残基，然后用same residue as ...

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-11 02:02
1 没必要写or，直接name O5 OG311 O3就能选
2 name O5 OG311 O3 and exwithin 3.5 of "sel组对应的选择语句"

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2021-3-11 08:56

ChunLinX 发表于 2021-3-10 22:20
http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html 可以看看sob老师的帖子，里面讲的很详细。
第一句应该为at ...

谢谢回复，我认真看看

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2021-3-11 15:27

sobereva 发表于 2021-3-11 02:02
1 没必要写or，直接name O5 OG311 O3就能选
2 name O5 OG311 O3 and exwithin 3.5 of "sel组对应的选择语 ...

谢谢sbo老师回复！
我还想请教一个问题，我想实现如果我的氧原子之间的距离小于3.5nm时，便判断他们成键，在TK控制台有没有命令能实现这样的操作呢？

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2021-3-11 21:40

sobereva 发表于 2021-3-11 02:02
1 没必要写or，直接name O5 OG311 O3就能选
2 name O5 OG311 O3 and exwithin 3.5 of "sel组对应的选择语 ...

老师我自己尝试写了一个，假如氧氧原子小于3.5埃就成键的tcl脚本，但是他一直提醒我“atomselect: cannot parse selection text: index” 我自己单独在console输入命令好像又没什么问题，想请教一下老师我哪里写错了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-12 02:03

芝士栗子小甜饼发表于 2021-3-11 15:27
谢谢sbo老师回复！
我还想请教一个问题，我想实现如果我的氧原子之间的距离小于3.5nm时，便判断他们成键 ...

没有直接的命令
要么自己写个脚本，循环特定原子间距离，发现满足判据的时候就改写连接关系，要么在显示时恰当用dynamic bond显示方式

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-12 02:07

芝士栗子小甜饼发表于 2021-3-11 21:40
老师我自己尝试写了一个，假如氧氧原子小于3.5埃就成键的tcl脚本，但是他一直提醒我“atomselect: cannot ...

乍看起来没什么问题，我不知道你怎么运行的脚本。
里面恰当插入一些puts语句检查相关变量

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2021-3-15 08:27

sobereva 发表于 2021-3-12 02:07
乍看起来没什么问题，我不知道你怎么运行的脚本。
里面恰当插入一些puts语句检查相关变量

我是直接在Tkconsole里面 source的

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2021-3-15 08:42

sobereva 发表于 2021-3-12 02:07
乍看起来没什么问题，我不知道你怎么运行的脚本。
里面恰当插入一些puts语句检查相关变量

我发现他的错误发生在我的这一行，会出现提示“cannot parse selection text:index"的错误

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-15 18:40

芝士栗子小甜饼发表于 2021-3-15 08:42
我发现他的错误发生在我的这一行，会出现提示“cannot parse selection text:index"的错误

你在红圈的前一行写上puts $b看看输出的什么

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