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标题: 跑NVT过程中出现1000 steps, 2.0 ps. 段错误(吐核) 问题 [打印本页]

作者
Author: gmx-xx 时间: 2021-3-10 18:01
标题: 跑NVT过程中出现1000 steps, 2.0 ps. 段错误(吐核) 问题
请问各位老师：我在跑NVT的过程中出现了：1000 steps,    2.0 ps. 段错误(吐核)，请问是什么原因啊？我的NVT参数是如下设置的，麻烦各位老师帮忙看看。我模拟的是药物小分子进入磷脂双分子层（pull）。请问老师是参数设置的有问题吗？

NVT equilibration
; Run parameters
define    = -DPOSRES
integrator  = md
nsteps    = 1000
dt       = 0.002
; Output control
nstxout    = 500
nstvout    = 500
nstenergy = 500
nstlog    = 500
; Bond parameters
continuation          = no
constraint_algorithm = lincs
constraints          = hbonds
lincs_iter             = 1
lincs_order          = 4
; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
ns_type       = grid
nstlist       = 10
rcoulomb       = 1.0
rvdw          = 1.0
; Electrostatics
coulombtype    = PME
pme_order    = 4
fourierspacing  = 0.16
; Temperature coupling is on
tcoupl    = V-rescale
tc-grps    = 4QMV 69F
tau_t    = 0.1 0.1
ref_t    = 300    300
; Pressure coupling is off
pcoupl    = no
; Periodic boundary conditions
pbc    = xyz
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres
; Velocity generation
gen_vel    = yes
gen_temp = 300
gen_seed = -1

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-11 02:06
光从这上无从判断，结构和拓扑文件的不合理都会造成这种错误，反复自行检查和尝试

不是很低温度下用gen_vel = yes是很不建议的

作者
Author: 牧生 时间: 2021-3-11 12:24
本帖最后由牧生于 2021-3-11 12:25 编辑

不是很低温度下用gen_vel    = yes是很不建议的

那么，大约多少算是很低？

如果我做结冰模拟，温度270K  或者 260K ，算不算很低。。。
这个“很低”，并没有一个明确的概念值，那么如何确定，在什么温度下是否该使用gen_vel    = yes

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-16 08:04

牧生发表于 2021-3-11 12:24
不是很低温度下用gen_vel = yes是很不建议的

那么，大约多少算是很低？

和初始结构关系也很大
一般来说都没有理由用gen_vel = yes，明显线性升温理想、稳妥得多
一二百K用这个一般还算安全

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