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标题: 求助 PSI4能量分解任务出错 [打印本页]

作者
Author: 海人1213 时间: 2021-3-10 20:56
标题: 求助 PSI4能量分解任务出错
sob老师博文里面附带的sapt.inp那个例子可以跑成功。
自己一个L5-Li.inp的好像跑着跑着自己就断了，试了两次都是。
还有一个1.inp报错，原因看不太懂。
求教

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2021-3-10 22:02
问问你的超算管理员为啥

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-11 02:19
甭用老掉牙的1.1版
用1.3.2还不行再上传相应输出文件

这么大体系用sapt2+(3)dmp2没希望

作者
Author: 海人1213 时间: 2021-3-12 10:26

sobereva 发表于 2021-3-11 02:19
甭用老掉牙的1.1版
用1.3.2还不行再上传相应输出文件

论坛里面您分享了一个1.3.2的PSI4，我们的服务器系统是Redhat 6.2，好像因为系统太老了装不上

请问能不能分享一个版本低一点的PSI4
官网上的我下不下来

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-3-12 10:38

海人1213 发表于 2021-3-12 10:26
论坛里面您分享了一个1.3.2的PSI4，我们的服务器系统是Redhat 6.2，好像因为系统太老了装不上
请问能 ...

十分不建议用旧版的，速度、bug等问题肯定有很多改进。一台机器不能用，可以换另一台机器。

这里可以下载超多版本的PSI4
http://vergil.chemistry.gatech.edu/psicode-download/

作者
Author: 海人1213 时间: 2021-3-12 22:04

zjxitcc 发表于 2021-3-12 10:38
十分不建议用旧版的，速度、bug等问题肯定有很多改进。一台机器不能用，可以换另一台机器。

这里可以 ...

谢谢

作者
Author: 海人1213 时间: 2021-3-23 22:52

sobereva 发表于 2021-3-11 02:19
甭用老掉牙的1.1版
用1.3.2还不行再上传相应输出文件

老师，我已经换成了1.3.2版本，已经跑成功了三个小一点的类似体系
上传的任务使用核心数尝试过8 16 24 40 46，但是都会断掉，求教

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-25 06:50

海人1213 发表于 2021-3-23 22:52
老师，我已经换成了1.3.2版本，已经跑成功了三个小一点的类似体系
上传的任务使用核心数尝试过8 16 24 4 ...

不好说，去论坛问开发者

作者
Author: 海人1213 时间: 2021-3-25 08:13

sobereva 发表于 2021-3-25 06:50
不好说，去论坛问开发者

好的

作者
Author: napoleon11 时间: 2021-4-3 22:38

sobereva 发表于 2021-3-11 02:19
甭用老掉牙的1.1版
用1.3.2还不行再上传相应输出文件

社长，请问一下。我有两个弱相互作用的体系，分别是18+32原子和18+10原子，您觉得用“银”级别能算的动吗？内存至少需要给多大，之前尝试，总是提示“out of memory”。

万分感谢社长！

作者
Author: napoleon11 时间: 2021-4-3 22:40

海人1213 发表于 2021-3-25 08:13
好的

请问一下楼主，您的体系最后算成功了吗？用了多大的配置？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-4 04:37

napoleon11 发表于 2021-4-3 22:38
社长，请问一下。我有两个弱相互作用的体系，分别是18+32原子和18+10原子，您觉得用“银”级别能算的动吗 ...

有多大给多大
不仅和原子数有关，还和具体是什么元素有关

作者
Author: napoleon11 时间: 2021-4-4 13:19

sobereva 发表于 2021-4-4 04:37
有多大给多大
不仅和原子数有关，还和具体是什么元素有关

社长，就是二甲苯（18个原子）和正癸烷（32个原子）的体系，只有碳、氢元素。

社长，还有个疑问。这个芳烃-烷烃的体系，我按“铜”级别先简单算了一下，存在静电（25%左右）诱导成分（6%左后）。但是我按AIM拓扑分析和RDG/IGMH分析，都应该是只有范德华作用。

按您413博文的说法“注2：“范德华作用”这个词描述的是电中性的两个原子之间的非共价相互作用，故本质包含了交换互斥和色散吸引作用两个部分。这个词可以囊括比如两个氩原子间的相互作用的全部内涵。……至于一些初级的教材里说的范德华作用包括“诱导力、色散力、取向力”，这种歪曲的说法应该彻底从量化研究者的脑海中删除。”

那这两个结论就是相互矛盾的，是我概念理解不到位，还是能量分解的计算出了问题呢？

万分感谢社长百忙之中回复初学者小小疑问。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-4 20:04

napoleon11 发表于 2021-4-4 13:19
社长，就是二甲苯（18个原子）和正癸烷（32个原子）的体系，只有碳、氢元素。

社长，还有个疑问。这个 ...

能否算得动和机子关系也很大。心里没数的话先算个小点的看看耗时多少。

不是说RDG/IGMH分析等值面几乎是绿色的就说明没有静电作用，等值面的颜色需要根据常识和作用特征予以恰当的解释，不能教条地根据颜色判断是什么作用。
针对芳烃-烷烃这个体系，不用做能量分解也能知道主要特征就是色散作用，但不可能静电作用完全没有，毕竟氢带一点正电荷（电负性比碳小），芳环上下方带一点负电性（富集的pi电子所致），所以多多少少会有静电作用，但静电作用所占比例远没有静电主导的相互作用（比如常见强度的氢键）那么大。

作者
Author: napoleon11 时间: 2021-4-4 20:11

sobereva 发表于 2021-4-4 20:04
能否算得动和机子关系也很大。心里没数的话先算个小点的看看耗时多少。

不是说RDG/IGMH分析等值面几乎 ...

万分谢谢社长的详细回复，我再多读读博文和文献。

作者
Author: 海人1213 时间: 2021-4-8 23:12

napoleon11 发表于 2021-4-3 22:40
请问一下楼主，您的体系最后算成功了吗？用了多大的配置？

成功了，用的铜级别，64GB内存，40核心

作者
Author: napoleon11 时间: 2021-4-9 16:15

海人1213 发表于 2021-4-8 23:12
成功了，用的铜级别，64GB内存，40核心

好的，谢谢您~~我是比较大的体系用了银级别，金级别的，用了150G内存，还是得跑几天

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