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标题: 计算大体系结合构型的问题 [打印本页]

作者
Author: chiweijie 时间: 2015-11-20 20:48
标题: 计算大体系结合构型的问题
我现在想计算A跟B的结合构型。A大概700多个原子，其中有500多是重金属原子。B是有机分子，大概160多个原子。不知道AB是靠范德华力结合还是形成了化学键。请问如果做动力学的话哪个软件（免费的）可以兼顾时间和精度？请大家给予指点，谢谢。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-20 22:48
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-21 01:57
如果能确定是非共价作用，只要有合适的力场，用免费的gromacs、NAMD等都能跑。用MS跑力场上会更方便。
如果怀疑是共价作用那得先做半经验优化考察下。

作者
Author: chiweijie 时间: 2015-11-21 07:54

sobereva 发表于 2015-11-21 01:57
如果能确定是非共价作用，只要有合适的力场，用免费的gromacs、NAMD等都能跑。用MS跑力场上会更方便。
如 ...

好的，谢谢Sob老师。

作者
Author: chiweijie 时间: 2015-11-21 07:54

liyuanhe211 发表于 2015-11-20 22:48
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

好的，谢谢你。

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