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标题: 求助：在tleap过程中出现报错，缺少肽键相关的力场信息。 [打印本页]

作者
Author: 王少许 时间: 2021-3-11 12:57
标题: 求助：在tleap过程中出现报错，缺少肽键相关的力场信息。
本帖最后由王少许于 2021-3-11 15:57 编辑

建模的pdb文件中，存在两个磷酸化残基TPO和PTR，便依照Amber基础教程B5：模拟绿色荧光蛋白及构建修饰的氨基酸残基，生成了相关的frcmod1.tpo、frcmod1.ptr、frcmod2.tpo、frcmod2.ptr力场和参数文件tpo.prepin、ptr.prepin，其中frcmod文件的生成，分别指定的是pram10.dat和gaff.dat文件。

但是在tleap过程中出错：
Could not find angle parameter: O - C - NT
Could not find angle parameter: C - NT - CT
Could not find angle parameter: CX - C - NT
Could not find angle parameter: O - C - NT
** No torsion terms for O-C-NT-CT
** No torsion terms for CX-C-NT-CT

首先，在上述gaff.dat和pram10.dat中未找到报错的键参数，也没有相似的键可供替代，其次，报错的键均为蛋白质中的肽键，而且已经调用source leaprc.protein.ff14SB。
所以想请教一下，上述问题为什么产生？如何获得肽键参数。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-12 00:27
遇到这种事先google搜诸如parameter "O - C - NT"

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