公社群聊Q&A整理：2015.11.06 12 ~ 2015.11.10 17 - 计算化学公社

2015.11.06 12:04:52
Q:
[图片]这个概念群里有谁知道吗？
那PGTO呢？
partical GTO?
A:
讲义里写了，PGTO是primitive GTO，没收缩的，CGTO是contracted GTO，是收缩的
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2015.11.06 14:49:10
Q:
各位老师好~最近被差分电荷密度，电荷密度差。。。Electron density difference ，Charge density difference 搞的有点懵。。。这些说的是不是一个东西
[图片]这种图
[图片]和这种图~
是不是实质上是一样的~只是一个是3D显示，一个是2D切面。。。
有没有哪位老师能为迷途中的小书童解答一下。。。拜谢了
A:
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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2015.11.07 22:52:25
Q:
老师，激发态算40个和算20个，前20个的激发能和振子强度是一样的吗
A:
不一样
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2015.11.07 22:47:11
Q:
我在用tddft时为什么加了td=root和density关键词为什么chk文件里的存的还是基态的值？
我指的是电子密度
有问题吗
而且我加了root=N和density关键词后得到的uv光谱图和没加的有区别算的是同一个几何结构这是怎么回事？加root不是改变的是显示的激发态吗
请问sob大神加了td=root=N和density关键词后，电子能量一样，但是uv的峰发生了位移这是为什么？
请问我用td=（nstates=40）和td=（root=20，nstates=40）结果会有区别吗
A:
激发能无区别
Q:
为什么我的结果却显示激发能有区别呢？
结构是一样的
请问用td=（root=20，nstates=40）和density是不是就是能保证chk文件保存的是第20激发态的电子密度
A:
是
Q:
添加了td=root=N后激发能显示不同
这是怎么回事？
两个任务中nstates都是指定40
我用小分子试了一下是没区别的
我nstates没变化
输入文件里只是为了算电子密度差加了root和density关键词但是发现计算的uv/vis spectra有一些偏差
但是这样做的电子密度差图还有意义吗
难道nstates和root=n这两个值也有关系？
A:
仔细从头到尾对比，包括SCF部分，光看TDDFT输出的激发能是找不到问题的源头的
原理上root不会影响激发能的结果，问题必然来自于数值随机性等其它琐碎的因素
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2015.11.07 23:12:30
Q:
请问各位老师，高斯做能量分解，用的是mp2／aug-cc-pVDZ，显示不收敛需要怎么办？
[图片]
A:
GAMESS-US计算说成高斯[Image]
坑回复者呢
maxit增加迭代次数，或者调整初猜等等方式解决SCF不收敛
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2015.11.08 00:54:40
Q:
Stuttgart
relativistic pseudopotentials and its accompanying basis set were employed这是一个什么基组吗
A:
就是SDD
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2015.11.08 12:16:23
Q:
加不加 nosymm 优化出来的结构有所不同。
加的好还是不加的好？
我对称性
分子无对称性
基本一致，但有明显不同
我是nosysmm 优化好后，去掉 nosymm 在优化
Item Value Threshold Converged?
Maximum Force 0.001283 0.000450 NO
RMS Force 0.000200 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.022298 0.001800 NO
RMS Displacement 0.005496 0.001200 NO
变化很明显
本来收敛好好的：
Item Value Threshold Converged?
Maximum Force 0.000012 0.000450 YES
RMS Force 0.000002 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.000863 0.001800 YES
RMS Displacement 0.000230 0.001200 YES
2/15=1
7/30=1
基本确定应该是在7/30=1上
IOp(2/15)
Symmetry control.
-1
Turns on symmetry; same as 0 for molecules but turns on assignment of space group operations
for PBC.
0
Leave symmetry in whatever state it is presently in.
1
Unconditionally turn symmetry off. Note that symmetry is still called, and will determine the
framework group. However, the molecule is not oriented.
IOp(7/30)
Use of symmetry in overlay 7.
0
Use (subject to availability).
1
Don’t use.
跟几何结构优化没关系啊
[图片]
A:
体系没对称性时，原理上加不加nosymm结果一样。
但并行运算有一定数值随机性，这不能被错误地归咎到nosymm的影响上。
DFT格点积分还有旋转依赖性，nosymm是否调整朝向对泛函积分结果也有轻微的影响，也可能导致后续的一些差异。
所以要严格比较的话，应当用HF或后HF，并且串行计算。
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2015.11.08 14:36:44
Q:
Hirschfeld atomic charge
Hirshfeld atomic charge
哪个是对的，文献中两种都有[图片]
A:
/aini 显然是Hirshfeld，Multiwfn手册里都有
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2015.11.08 14:37:29
Q:
nstate和nroot没啥关系的吧文献找不到了~我只记得当时看过一篇文献，说nstate这个值是针对体系设定的···
A:
nstate应>=nroot+3。讲义上都写了应该怎么选择nstates
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2015.11.08 14:40:03
Q:
老师，您好！我们做的体系是一个六配位的金属配合物，中心金属带两个正电荷，我们采用Multiwfn软件进行拓扑分析，找到六个O原子与金属形成的配位键中（3，-1）临界点上的拉普拉斯值全是大于零的正值，我想请问您这种键的归属？
A:
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
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2015.11.08 14:42:02
Q:
老师，二价钴的激发态是不是算不准，因为是开壳层
A:
没有必然性
Q:
那如果我用了tddft算了激发态，二价钴的是不是发表结果的时候不会被checkk呢？
[图片]
老师，算出这样的激发态，会不会有问题呢？
A:
probably
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2015.11.08 15:44:33
Q:
谁能分享一下visual fortran 6.5啊
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=165
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2015.11.08 15:55:26
Q:
24core 和 1 core 的结果完全一样。几何构型相同，初猜是从新来的。
能量到小数点第八位完全相同。
能量（-1016.43681968）比加了nosymm的略高（-1016.43696492）。
几何构型有目测差异。
不会对结论有影响。但是还是觉得差的有点大。
A:
确保体系本身没对称性
用没有格点积分误差的HF方法
结合opt=tight，scf=verytight
串行计算
等等...将一切数值因素控制到最小再对比，否则会错怪nosymm
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2015.11.08 16:19:48
Q:
好像群里之前有介绍过《Gaussian Video Demonstrations》以及下载地址，请问一下网址，谢谢
Google能查到，但是网址打不开
A:
[图片]
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2015.11.08 17:15:20
Q:
计算蛋白质的小部分氨基酸的弱相互作用，gaussian是不是这一方面做的不是特别好，最好用ORCA或者MOPAC?
A:
高斯没问题，只不过体系大了慢
Q:
gaussian中，我使用这些参数，你看合适不
BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2-SVP/J
A:
合适
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2015.11.08 17:17:47
Q:
老师，您的帖子说6-31+G*是计算弱相互作用的底线，指的是单点还是结构优化？您也说过弥散通常对结构优化影响不大，而且我实测我的弱作用体型也是这样。我对弱作用体系用6-31G**优化，再用6-311+G**结合counterpoise算单点可以接受吗？还是优化时就必须要加弥散呢？
A:
静电主导的话弥散不是绝对必须的，无论是几何优化还是单点
色散主导的情况，单点必须带弥散，优化最好也带
混合的情况，优化可不带，单点应当带
所以先明确是什么类型弱相互作用
能用得动6-311G**的话最好用这个优化，此时优化不需要弥散
Q:
用RDG图看，主要是范德华作用，也就是色散作用主导，如果想定量表征的话，是不是要做能量分解计算?因为这个体系整体都快算完了，而且加弥散还有可能对波函数分析带来不便，是否优化时不带弥散也勉强说得过去啊？/偷笑
A:
既然快算完了不带就不带了，但是至少心里得有数，即带弥散对当前结构优化影响很小
弥散对这种实空间函数的分析完全没有坏处，虽然也几乎没有可察觉到的改进
AIM、RDG用6-311G**已经够了，TZVP更好点
Q:
好的，谢谢老师指导，下一个体系一定用6-311G**优化
弥散函数好像主要问题是不太适合原子电荷分析那块（好几种原子电荷分析都不能加弥散函数），sob老师讲义的内容
A:
凡是直接基于原始的基函数的分析，包括Mayer键级、Wiberg键级、Mulliken键级/布居分析等等，以及CDA，都不能带弥散函数。
Q:
恩，记住了[表情]
恩，记住了[Emoticon]
那也就是说，对于色散主导的弱作用体系还要进行基于基函数的键级和布居分析，最佳的选择就是用6-311G**来进行几何优化吧？
3zeta已经部分显示出弥散函数的特征
A:
恩
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2015.11.08 17:21:50
Q:
局部相互作用并不是单纯的局部，是蛋白整体运动结果。整体运动只能用力场搞定，这种结果推动下的局部作用用高斯分析，您觉得合适吗？还记得上次我问您的咪唑与一个甲基的相互作用吗？
A:
咪唑那个我忘了，记性差
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2015.11.08 17:30:30
Q:
请问vmd怎么显示标尺
老师请问vmd怎么显示标尺
我得孔偏离了我想移到中间去
A:
display-axes
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2015.11.08 17:34:41
Q:
如果用LanL2dz+6-31g**优化CuCNH配合物，用6-311g**计算AIM，应该也算过得去吧？结果可以接受吧？
A:
可以
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2015.11.08 17:36:49
Q:
NAO轨道组成分析是否也不适合加弥散函数？Hirshfeld组成分析加弥散应该问题小一点吧？
A:
NAO可以，因为NAO本身已经是对原始的基函数进行过一次OWSO变换了，这显著消除了弥散函数的影响
Hirshfeld不惧弥散函数，但是非占据分子轨道本身会明显受到弥散函数的影响
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2015.11.08 18:17:17
Q:
请问各位： gaussian中用def2-SVP def2-SVP/J这种Auxiliary basis sets，怎么表示，感觉跟ORCA不一样
A:
BLYP/def2SVP/fit
fit代表自动选择合适的密度拟合基组。或者写auto来自动构建密度拟合基组
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2015.11.08 19:28:27
Q:
ri-approximation该怎么翻译呢
ri-mp2呢
什么意思呢？
[图片]
[表情]
[表情]
A:
RI-MP2是用RI加速MP2计算时的AO->MO积分变换过程
Q:
老师，那RI该怎么翻译呢？
A:
完全没必要翻译，就说RI近似就完了
resolution of identity
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2015.11.08 19:59:17
Q:
脑子里突然冒出一句话，不知道对不对，请老师们指点下：
荧光量子产率决定于：入射光和分子基态的耦合强度
荧光寿命决定于：分子激发态和基态的耦合强度.
A:
荧光寿命，用爱因斯坦公式来考察，取决于跃迁偶极矩和激发能
量子产率牵扯到好多事，如果内转换、外转换很厉害，通过发射光子回到基态的比率就较低，量子产率就低
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2015.11.08 20:28:24
Q:
sob老师,Multiwfn得到的ELF函数值和电子密度值规律相反，可能的原因是什么
A:
本来物理本质就不同，没有可比性
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2015.11.08 20:29:28
Q:
电子密度的大小与其定域性并未必然联系。是吧？
A:
对
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2015.11.08 20:31:35
Q:
SOB老师，用Chemcraft打开fchk文件，能看分子表面静电势吗？
A:
不能
Q:
那需要啥文件？
A:
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
非要用chemcraft看你得先用multiwfn或cubegen计算出静电势的格点数据，chemcraft自身算不了。
Q:
老师用multiwfn如何计算出静电势的格点数据？cubegen我试了一下，说文件读取时127行出错了！
A:
载入fch文件，进主功能5，选静电势，然后按提示操作设定格点数据，算完了选导出
不过大体系算静电势比cubegen要慢很多
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2015.11.08 20:52:19
Q:
M06-2X和M05-2X中，哪个对含有非共价作用的过渡金属配合物的优化，AIM及结合能等更合适？
A:
M06结合D3为宜
Q:
那M06-2X应该本身就可以考虑范德华作用，略弱氢键之类的作用吧？
A:
对
Q:
这篇算Hg的，用的是M05-2X
[图片]
话说中间的破折号，在论文中是否需要写？
至于在高斯中调用泛函时，当然是写成M062X和M052X
A:
写
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2015.11.08 21:47:59
Q:
请教：用mp2算单点加频率，算不通怎么解决呢，也没有提示错误，输出文件的最后几行如下：
[图片]
A:
改用DFT是最佳解决途径
Q:
之前是用DFT算过，审稿人提出让用MP2验证
A:
审稿人真够无聊的
信息不足以做出判断
Q:
我把输出文件发给您看看吧
A:
发给高斯中文客服，别发给我
Q:
这种情况没有解决问题的办法吗
A:
发给高斯中文客服
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2015.11.08 21:52:53
Q:
谷歌又打不开了，大家有什么办法？
A:
http://www.itechzero.com/google-mirror-sites-collect.html
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2015.11.08 21:54:41
Q:
请问sob老师，如何从gaussian输出文件中提取某一个轨道的波函数呢？multiwfn有没有相应选项？
A:
[图片]
pop=full直接就输出轨道展开系数了，这便是
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2015.11.08 22:37:29
Q:
对于大体系的QMMM+gaussian/orca支持的不好，一直报错Lower limit: 6 Upper limit: 2048,,,我改用amber自带的 PM6-DH+算弱相互作用，基于 PM6-DH+的也基本可以算弱相互作用吧
对于大体系的amber+gaussian/orca的QMMM计算
PM6-DH+可以满足算弱相互作用吧？
A:
可以满足
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2015.11.09 14:13:21
Q:
请问用kistheip可以分别算正反应和逆反应的速率常数吗？
A:
可以
Q:
请问老师怎么算呀？
A:
正反应怎么算逆反应还怎么算，把产物当反应物
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2015.11.09 16:04:43
Q:
请教sob老师，我在进行分子团簇构型搜索的例子模拟时，在“grompp -f md.mdp -c H2O_box2.gro -p system.top -o md1.tpr”这一步，出现这样的错误[图片]，是怎么回事呀？
A:
Note!=Error
Q:
嗯嗯，那就是说不用管，是不是 @Sobereva
A:
y
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2015.11.09 16:12:17
Q:
[图片]老师，我使用Gamess计算的理论上应该是主要自旋是O，但结果却在C，请问这个应该怎么办，谢谢老师
A:
多用几种泛函，实际算出来是什么样就是什么样
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2015.11.09 16:13:43
Q:
Quench dynamics 这个怎么翻译合适呢
A:
淬火动力学
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2015.11.09 16:15:12
Q:
sob老师，那里面的方法能不能将cut-off改为PME?
A:
没意义
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2015.11.09 16:36:22
Q:
在EMSL中，点击一个元素之后，如图[图片]，那它左边给出的基组都能使用对吧？
A:
y
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2015.11.09 16:41:06
Q:
请问“电子的自旋极化 electron spin polarization"这一概念怎么理解啊！谢谢
A:
就是alpha和beta电子分布发生分离
Q:
谢谢，sob老师！
自旋电子的激发有关吗。。
A:
无
有单电子的体系肯定存在自旋极化
外场有时也能引起自旋极化，这里有例子
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
Q:
alpha和beta电子分离时，与原来轨道相比就会发生轨道改变，这与激发类似吗
A:
应该说非限制性计算才能合理表现自旋极化
Q:
谢谢sob老师，交换积分与交换耦合积分一样吗？
A:
没听说过什么交换耦合积分
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2015.11.09 18:29:24
Q:
[图片]请问这种图是对于一个CSF还是对应一个态？
A:
态
molplt的图中是自然轨道，是把所有CSF都考虑才得到的一套等效的轨道，占据数是非整数，这不对应于1号CSF的电子结构。
Q:
[图片][图片]这两个太的主要CSF都是1，怎么判断他们的电子结构？
A:
做布居分析
Q:
布局分析？对不同的态做布局分析？
A:
y
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2015.11.09 18:53:57
Q:
请问sob老师有没有写过布局分析的帖子。。网上找了很多bader charge的分析感觉总结的都有点乱
A:
群共享原子电荷计算方法的对比
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2015.11.09 20:48:48
Q:
老师好，这是我的输出文件，我用qst2找过渡态的时候，为啥老是出现1502的错误。不收敛呢
[图片]
[图片]
1502，不收敛
A:
老生常谈
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
STO-3G这么烂的基组找过渡态没意义
不管能不能收敛，首先用这个就没意义，收敛了也没用
检查结构合理性
Q:
我是想着先用小的基组找到过渡态，然后在用大基组
A:
再小也不能用这么小
Q:
qst2就是一个反应物和一个产物，结构是优化过的，应该没有问题
A:
不管你反应物产物是否优化过的，QST2自动初猜的过渡态未必合理！
用opt=TS自己提供初猜结构心理才最有数
Q:
哪有其他的方法吗，qst3我也试过，还有其他方法吗
A:
opt=TS自己给个合理的结构
用适当的帮助SCF收敛的方法
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2015.11.09 20:53:49
Q:
Sob姐您有没有自己买过cpu啊？
A:
不要试探
Q:
跟我说的？我想买不知道哪里可以买淘宝上觉得不是很靠谱
A:
淘宝靠不靠谱取决于自己的分辨能力
Q:
刚才联系了一家一问实体店就不说话了
A:
一家说明不了问题
Q:
有没有推荐？/微笑
A:
多看买方的评价
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2015.11.09 20:56:11
Q:
6-311++g(2d,2p)基组，这里为什么6个S基[图片]？
[图片]弥散不应该在这里吗？@Sobereva
[图片]总共对mg就是7个s基
A:
1s、2s各一个S描述，3s用3个S描述，再加一个S弥散
说明用的是McLean-Chandler定义的621111基组，而不是pople的
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2015.11.09 20:56:47
Q:
[图片]这个情况是怎么回事
A:
什么怎么回事？没定义赝势就是这么回事
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2015.11.09 20:59:33
Q:
话说现在只发中文期刊能博士毕业么？
A:
看学校要求，有的可以
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2015.11.09 21:01:32
Q:
sob老师，你如果做casscf计算是不是先从小的活性空间开始，如果收敛再读取分子轨道做大的活性空间呢？
A:
不是这样
而是往往先用小基组再弄到大基组
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2015.11.09 21:02:24
Q:
sob：布居分析用mulliken电荷还是可以用其它电荷？
A:
分析轨道就不是“电荷”了，应该说布居分析。
没用弥散时mulliken可以，用NPA更好
Q:
NPA？是要结合NBO计算？还是CASSCF计算能直接给出NPA？
A:
NBO程序会给出NPA分析结果
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2015.11.09 21:54:09
Q:
[图片] 为什么加载fch想看 MO multiwfn会未响应。。。
A:
什么系统？
Q:
win10
A:
不支持
Q:
一般支持win7么？
A:
支持的系统主页上、手册上都写了
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2015.11.10 02:36:04
Q:
请教sob老师 tddft做root=1的结构优化为什么最后的能量反而升高了？
[图片]
A:
这里显示的是基态能量而非第一激发态能量
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2015.11.10 02:51:54
Q:
安装molpro时。那个-gcc-gfortran需要已经安装好吧
第一次使用源代码编译
A:
y
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2015.11.10 15:46:42
Q:
各位老师，Zn-卟啉类的分子的跃迁密度矩阵平面图可以用zindo来计算么？
A:
可以
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2015.11.10 15:48:43
Q:
请问Sob：
脱坡分析时，如果选择了1：
[图片]
就没法看到如下选项：
[图片]
请问有什么办法吗？
A:
就是这样的，弄到彩图上不好看
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2015.11.10 15:52:30
Q:
求教[图片]一般是用什么软件画的？
A:
chemcraft。用gview或Multiwfn+VMD或molekel等都能得到类似效果
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2015.11.10 15:52:30
Q:
[图片] 老师，计算频率一直是这几个数来回的出现，有什么解决办法吗？
A:
继续等，如果很长时间还这样，换个基组再试opt freq
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2015.11.10 15:52:30
Q:
请教个问题，我有个分子用b3lyp-d3计算的时候老师有虚频，能量优化曲线如图，[图片]请问该如何解决呢
老是虚频，刚才打错了
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
PS：如果你用的是D3(BJ)，改用零阻尼的D3优化和频率计算
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2015.11.10 15:53:30
Q:
请问一下 TD-DFT能计算激发态的过渡态吗
A:
能算
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2015.11.10 15:53:36
Q:
sob老师，做这种Zn-卟啉类的，讨论电子跃迁密度矩阵，一般讨论到S0---S几比较合适呢？还是人为随意，看个人意向呢？
A:
随意
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2015.11.10 15:55:08
Q:
请问一下，高斯计算时给多大的内存合适啊？
可是怎么估算大概需要多大内存呢
A:
能给多大给多大，但别顶着头给
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2015.11.10 15:55:35
Q:
老师，是不是有弥散函数的事情
A:
弥散对于优化和频率计算几乎什么用处也没有，除非色散作用显著。
去掉弥散总是有助于收敛
Q:
老师，那什么时候色散作用显著呢？有没有什么帖子可以看看
A:
看分子结构自然就能判断。也可以结合RDG图帮助判断
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2015.11.10 15:59:16
Q:
sob老师，ELF值变化的规律和电子密度变化的规律不一致，有哪些可能情况
A:
本来就没直接联系，前两天群里说过此事
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2015.11.10 16:15:27
Q:
[图片]
请问，我gaussian计算NBOs，在log文件里面正常输出，为什么最后报一个这个错误
而且，怎么知道NBOs是否成功存在fchk里面了
A:
肯定没保存成功
如果目的只是为了看NBO，用Multiwfn结合NBO plot文件看
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
存的是NBO还是MO直接看fch里的信息是看不出来的，得看图形
Q:
里面确实给我一套轨道系数，但我不知道MOs的系数，还是NBOs的
A:
放Multiwfn里一看就知道
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2015.11.10 16:16:50
Q:
老师，我想研究固体溶质溶解于水中，高斯是不是算不了？
A:
看具体情况，没法简单说算不了什么的
溶解过程本身没法算，这得做动力学模拟
Q:
老师，我看讲义上有乙醇在水中溶解自由能的计算的算例，我能否直接按照气态溶质进行计算？来近似
A:
不明白你的意思
Q:
老师，我的意思是将我的固体溶质当做气态或者液态溶质处理。
A:
当成气态就等于忽略了溶剂，是否合理看你实际情况
用隐式溶剂模型表现就只能表现平均场效应，没法表现明确的固体表面与溶质的相互作用，是否合理也得看实际情况
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2015.11.10 16:32:14
Q:
请问一下.gro 文件后面表示的最后一行，有九个数表示的是什么意思？[图片]
A:
[图片]
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2015.11.10 16:32:40
Q:
老师我可以用Multiwfn来说明一个dimer之间是不是存在π。。π作用以及作用大的大小吗
A:
可以，做RDG分析
Q:
手册example章节有例子吗老师
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
手册4.100.1节也有例子
群共享 Multiwfn与波函数分析简介(2015-Jun-11) 里面也有很多RDG图
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2015.11.10 16:39:02
Q:
老师我在多问一句就是RDG对过渡金属配合物的dimer也是适用的吗
A:
y
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2015.11.10 17:07:51
Q:
请问老师：用mp2计算CHelpG电荷时，mp2/aug-cc-pvtz density pop=CHelpG 这样就可以了吗？
A:
y
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