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标题: 模拟有配体保护的金团簇在水中的动力学过程，生成拓扑文件的方法求助 [打印本页]

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Author: landian666 时间: 2021-3-14 14:11
标题: 模拟有配体保护的金团簇在水中的动力学过程，生成拓扑文件的方法求助
我想模拟的体系为：有配体保护的金团簇在水中的动力学过程，但是一直找不到如何生成拓扑文件的方法，请教大神帮助，谢谢！

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Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-14 15:50
本帖最后由 Lacrimosa 于 2021-3-14 15:56 编辑

如果Au的力场参数没有成键项只有非键项，那你可以直接把原子的力场参数加在和它兼容的某个力场的ffnonbonded.itp中，然后自己写一个金原子的itp文件，再加进top文件里就好了

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-14 16:00
例如：
Au.itp
[ moleculetype ]
; molname nrexcl
Au       1

[ atoms ]
; id at type res nr  residu name at name  cg nr  charge mass
1    Au 1    Au       Au    1    0.000       196.9665

top
#include "Amber.ff/forcefield.itp"
#include "Au.itp"

[ system ]
system

[ molecules ]
Au 50

作者
Author: landian666 时间: 2021-3-14 18:01

Lacrimosa 发表于 2021-3-14 16:00
例如：
Au.itp
[ moleculetype ]

谢谢，我的体系是八个金核然后通过硫醇键连接了很多配体的金团簇，您的这个方法是不是不太适用，有办法把整个体系生成一个拓扑么？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-14 22:18

landian666 发表于 2021-3-14 18:01
谢谢，我的体系是八个金核然后通过硫醇键连接了很多配体的金团簇，您的这个方法是不是不太适用，有办法把 ...

那你可以试试写个n2t文件,用x2top生成, 具体的写法和格式可以参考GMX自带的力场文件

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-14 22:19
这里可以参考一下
http://bbs.keinsci.com/thread-454-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-15 04:43
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“Au团簇拓扑文件生成”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-15 04:47

landian666 发表于 2021-3-14 18:01
谢谢，我的体系是八个金核然后通过硫醇键连接了很多配体的金团簇，您的这个方法是不是不太适用，有办法把 ...

自己手写个[moleculetype]，把所有金加入[atoms]，配体原子也都加入[atoms]，再手动加[bonds]、[angles]项让配体原子和接触的Au有成键项就完了。

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Author: landian666 时间: 2021-3-15 13:41

sobereva 发表于 2021-3-15 04:43
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反 ...

好的，下次注意~

作者
Author: landian666 时间: 2021-3-15 13:53

sobereva 发表于 2021-3-15 04:47
自己手写个[moleculetype]，把所有金加入[atoms]，配体原子也都加入[atoms]，再手动加、[angles]项让配体 ...

谢谢sob老师回复，还有两个问题想请教一下：
1、如果自己手写的话，[atoms]下元素表示和[bonds]、[angles]项下面的信息从哪里获得那？写完后还需要改其他相关文件信息吗？
2、我之前的方案是想按您之前生成配体拓扑的方法的帖子，用Automated Topology Builder（ATB，http://atb.uq.edu.au）或者CGenFF（https://cgenff.paramchem.org）来做，但是好像他们都只能用来做有机小分子。我的问题是有没有类似程序可以生成无机元素的拓扑的程序？还有一个是，既然chamm力场是全原子的力场，为什么用CGenFF生成含有Au元素的小分子拓扑的时候总会提示readmol2 warning: unrecognized element "Au"？

作者
Author: landian666 时间: 2021-3-15 13:57

sobereva 发表于 2021-3-15 04:47
自己手写个[moleculetype]，把所有金加入[atoms]，配体原子也都加入[atoms]，再手动加、[angles]项让配体 ...

我想生成拓扑的团簇如附件所示谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-16 07:13

landian666 发表于 2021-3-15 13:53
谢谢sob老师回复，还有两个问题想请教一下：
1、如果自己手写的话，[atoms]下元素表示和、[angles]项下 ...

参考模拟Au单质情况的[atoms]
使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子
http://sobereva.com/268（http://bbs.keinsci.com/thread-454-1-1.html）

Au和配体之间的[bond]、[angle]里用的参数去文献里找，模拟Au连接配体的文章一大把，里面一般都会说用的什么参数，要么自行拟合。

作者
Author: landian666 时间: 2021-4-5 11:28

sobereva 发表于 2021-3-16 07:13
参考模拟Au单质情况的[atoms]
使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子
http://sobereva.com/268（http: ...

sob老师好，我按照下面这个方法生成金团簇的top，然后进行能量最小化，出现类似爆裂的构型，想请教您问题出在哪里？top、n2t和构型图如附件
《使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子 http://sobereva.com/268（http://bbs.keinsci.com/thread-454-1-1.html）》

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-6 03:20

landian666 发表于 2021-4-5 11:28
sob老师好，我按照下面这个方法生成金团簇的top，然后进行能量最小化，出现类似爆裂的构型，想请教您问题 ...

我暂时没时间细看
那个博文是基于amber力场的。注意不同力场参数在定义时候的单位、函数形式的差别，并且仔细检查bond项是否符合实际的连接关系

当前这种问题要么LJ参数有问题要么成键项参数有问题要么拓扑关系有问题。另外所有原子电荷都为0也莫名其妙

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