计算化学公社

标题: 蛋白和配体之间氢键计算问题 [打印本页]

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Author: 961106 时间: 2021-3-14 20:49
标题: 蛋白和配体之间氢键计算问题
关于计算蛋白和配体之间氢键有几个问题想请教一下老师
1.用gromacs和vmd分析氢键哪个更合理一些
2.vmd里氢键默认的判据是3.0A,20度，而您的讲义里写的是3.5A,30度，请问应该用哪个判据更合理呢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-15 04:30
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VMD默认的判据太严，根本不适合实际使用。
判断标准相同时（注意俩程序考虑的氢键键角的差异，见上图），gmx hbonds和VMD判断结果一致。但VMD没法判断跨盒子的氢键，这是需要注意的。

作者
Author: 961106 时间: 2021-3-15 10:09

sobereva 发表于 2021-3-15 04:30
VMD默认的判据太严，根本不适合实际使用。
判断标准相同时（注意俩程序考虑的氢键键角的差异，见 ...

谢谢老师，看了您的第二张ppt，里面是建议如果用vmd判断氢键，角度判据要改成43.1度呢？还是维持您讲义里写的30度就好。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-16 07:07

961106 发表于 2021-3-15 10:09
谢谢老师，看了您的第二张ppt，里面是建议如果用vmd判断氢键，角度判据要改成43.1度呢？还是维持您讲义里 ...

43.1

作者
Author: 一条君 时间: 2022-3-26 21:47

sobereva 发表于 2021-3-15 04:30
VMD默认的判据太严，根本不适合实际使用。
判断标准相同时（注意俩程序考虑的氢键键角的差异，见 ...

老师，请问有机盐水体系中，OPLSAA力场，自带SPCE水模型，
（1）水分子的氧之间 rdf 第一个极小点在4埃，有问题吗，
（2）以4埃作为氢键判断阈值是否有问题，谢谢~

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-26 22:25

一条君发表于 2022-3-26 21:47
老师，请问有机盐水体系中，OPLSAA力场，自带SPCE水模型，
（1）水分子的氧之间 rdf 第一个极小点在4埃 ...

直接贴出图来

4埃的标准略松。通常都是<3.5埃

作者
Author: 一条君 时间: 2022-3-27 15:10
本帖最后由一条君于 2022-3-27 15:11 编辑

sobereva 发表于 2022-3-26 22:25
直接贴出图来

4埃的标准略松。通常都是

谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-28 09:57

一条君发表于 2022-3-27 15:10
谢谢老师

当前水的OW之间的rdf和纯水的差异较大。如果当前离子很多，可能就是不具有纯水的rdf的结构，那么没问题。最大峰位置看起来是合理的。

作者
Author: 一条君 时间: 2024-1-5 17:52
本帖最后由一条君于 2024-1-5 17:54 编辑

sobereva 发表于 2021-3-15 04:30
VMD默认的判据太严，根本不适合实际使用。
判断标准相同时（注意俩程序考虑的氢键键角的差异，见 ...

老师，请问根据氢键的径向分布函数g(oh)，定义的氢键距离，去判定是否形成氢键可以吗？
看到文献里根据氢键距离判定，得到的氢键数量似乎没有没问题https://sci-hub.wf/10.1063/1.2742385

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-6 17:55

一条君发表于 2024-1-5 17:52
老师，请问根据氢键的径向分布函数g(oh)，定义的氢键距离，去判定是否形成氢键可以吗？
看到文献里根据 ...

2L我的ppt里就是最常用的判据

作者
Author: 一条君 时间: 2024-1-6 23:49

sobereva 发表于 2024-1-6 17:55
2L我的ppt里就是最常用的判据

老师，如果已经拿氢键距离作判据统计完了，并且氢键距离判据更符合预期，（1）还是想问问老师原理上合适吗，（2）如果别人质疑引用https://sci-hub.wf/10.1063/1.2742385去回答是否可以，谢谢老师

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