计算化学公社

标题: 二氧化硅固定的话能不能用fix shake ? [打印本页]

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作者
Author: 爱模拟的bao    时间: 2021-3-15 09:27
标题: 二氧化硅固定的话能不能用fix shake ?
目前在写in文件，需要对我模型里的二氧化硅固定，我用的是fix shake ,但是出现了错误，想请教下大家，二氧化硅固定的话用什么方法比较好？先谢谢大家了呢。

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作者
Author: Lacrimosa    时间: 2021-3-15 12:57
fix shake并非固定用的, 如果想固定可以用freeze, 另外二氧化硅还是没什么必定的必要吧

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作者
Author: 爱模拟的bao    时间: 2021-3-15 15:22

Lacrimosa 发表于 2021-3-15 12:57
fix shake并非固定用的, 如果想固定可以用freeze, 另外二氧化硅还是没什么必定的必要吧

对呢，fix shake是固定角和键的呢，我想着把二氧化硅固定起来不动的呢。我试试freeze,谢谢呢。

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作者
Author: SpongeBob    时间: 2021-3-15 15:27
我看到过一些工作，是将二氧化硅内部的原子freeze固定不动，而表面的原子不固定。

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作者
Author: 爱模拟的bao    时间: 2021-3-15 15:32

SpongeBob 发表于 2021-3-15 15:27
我看到过一些工作，是将二氧化硅内部的原子freeze固定不动，而表面的原子不固定。

嗯呢，谢谢呢，我试试freeze。

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作者
Author: 爱模拟的bao    时间: 2021-3-15 16:32

爱模拟的bao 发表于 2021-3-15 15:22
对呢，fix shake是固定角和键的呢，我想着把二氧化硅固定起来不动的呢。我试试freeze,谢谢呢。

freeze 是lammps里面的吗？我好像在lammps里没找到呢。

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作者
Author: Lacrimosa    时间: 2021-3-15 18:03

爱模拟的bao 发表于 2021-3-15 16:32
freeze 是lammps里面的吗？我好像在lammps里没找到呢。

是lammps呀, 我在手册里都搜到了 fix freeze

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作者
Author: Lacrimosa    时间: 2021-3-15 18:07

SpongeBob 发表于 2021-3-15 15:27
我看到过一些工作，是将二氧化硅内部的原子freeze固定不动，而表面的原子不固定。

那些可能比较早了, 因为那时候还没有专门的二氧化硅参数, 一些作者只对表面原子加了电荷, 体相中没加,为了防止体相结构不合理就加了freeze. 现在INTERFACEFF中的二氧化硅力场已经做了很详尽的优化, 不加freeze更合适一些

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作者
Author: 爱模拟的bao    时间: 2021-3-16 19:36

Lacrimosa 发表于 2021-3-15 18:07
那些可能比较早了, 因为那时候还没有专门的二氧化硅参数, 一些作者只对表面原子加了电荷, 体相中没加,为 ...

嗯啊，谢谢呢

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作者
Author: Olive.Lv    时间: 2024-5-9 17:31


您好，请问fix shake后面的类型参数应该怎么写呢，是否要把所有需要固定的键和角都写出来呢，这个图片上为什么说水的角是4呢？

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