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标题: 模拟复合吸附剂吸附重金属，复合吸附剂该如何建模？ [打印本页]

作者
Author: zfy524 时间: 2021-3-15 22:11
标题: 模拟复合吸附剂吸附重金属，复合吸附剂该如何建模？
各位老师，想请教一下我想用Gaussian模拟，由三个物质合成的吸附剂A/B/C，吸附重金属的过程，对于这个吸附物质该怎么建模呢（之前有光谱学信息，知道发生反应的基团）。我想了两种思路：1.单独优化ABC三个物质，再相互靠近，再做优化，2.直接根据基团信息，生成最终的复合吸附机，再做优化

万分感谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-3-16 00:04
A/B/C是有机物还是无机物？
三者发生反应形成的是共价键、离子键、配位键还是其他？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-16 06:09
说得太抽象，把具体什么物质说清楚，至少说明什么类型
给出的信息越充分，别人的回答才可能越对你有帮助、越有针对性

作者
Author: zfy524 时间: 2021-3-16 12:18

wzkchem5 发表于 2021-3-16 00:04
A/B/C是有机物还是无机物？
三者发生反应形成的是共价键、离子键、配位键还是其他？

是聚偕胺肟/氧化石墨烯/壳聚糖的聚合物
氧化石墨烯和壳聚糖之间应该是共价键，然后丙烯腈在氧化石墨烯/壳聚糖表面发生原位聚合得到聚偕胺肟/氧化石墨烯/壳聚糖
我现在分别优化好了聚偕胺肟、氧化石墨烯、壳聚糖三个物质，接下来就没有思路了
谢谢老师，不是化学出身底子有点薄

作者
Author: zfy524 时间: 2021-3-16 12:22

sobereva 发表于 2021-3-16 06:09
说得太抽象，把具体什么物质说清楚，至少说明什么类型
给出的信息越充分，别人的回答才可能越对你有帮助、 ...

好的老师，我是模拟师兄实验合成的一个材料聚偕胺肟/氧化石墨烯/壳聚糖，最后想模拟吸附铀
现在已经分别优化好了聚偕胺肟、氧化石墨烯、壳聚糖三个物质
关键词是：# opt freq cc-pvdz scrf=(smd,solvent=h2o) em=gd3bj pbe1pbe
后面不太知道如何把三者联系在一起
谢谢老师

作者
Author: naoki 时间: 2021-3-16 12:44
是不是吸附铀酰啊，这个体系要我的话就MD模拟吸附

作者
Author: zfy524 时间: 2021-3-16 20:57

naoki 发表于 2021-3-16 12:44
是不是吸附铀酰啊，这个体系要我的话就MD模拟吸附

是的，但我看很多文件都是用高斯算的

作者
Author: naoki 时间: 2021-3-16 21:04

zfy524 发表于 2021-3-16 20:57
是的，但我看很多文件都是用高斯算的

确实是，我是觉得偕胺肟吸附铀酰的机理已经比较明确了。聚偕胺肟和GO和壳聚糖放在一起的话，可以放显式溶剂跑下MD看看吸附位点，然后从跑完MD的结构里取感兴趣的位点，再用量化去分析，这样也能给你个好的初始结构。

作者
Author: zfy524 时间: 2021-3-16 21:46

naoki 发表于 2021-3-16 21:04
确实是，我是觉得偕胺肟吸附铀酰的机理已经比较明确了。聚偕胺肟和GO和壳聚糖放在一起的话，可以放显式溶 ...

谢谢您的建议，才接触这个领域，没有用过MD的方法，但是也看过很多二者结合的

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-3-16 23:05
本帖最后由喵星大佬于 2021-3-17 00:20 编辑

zfy524 发表于 2021-3-16 12:22
好的老师，我是模拟师兄实验合成的一个材料聚偕胺肟/氧化石墨烯/壳聚糖，最后想模拟吸附铀
现在已经分别 ...

1. 要用“#p”，不要用“# ”

否则很多报错信息都不显示

2.在opt和freq的任务时不要用smd溶剂模型，很容易有虚频

3.水溶液下一定要充分考虑显式水

4.对于PBE0来说cc-pVDZ不是很划算，而且cc-pVDZ只有H-Ar, Ca-Kr的定义

作者
Author: zfy524 时间: 2021-3-16 23:21

喵星大佬发表于 2021-3-16 23:05
1. 要用“#p”，不要用“# ”

否则很多报错信息都不显示

谢谢老师

作者
Author: zfy524 时间: 2021-4-1 18:33

naoki 发表于 2021-3-16 21:04
确实是，我是觉得偕胺肟吸附铀酰的机理已经比较明确了。聚偕胺肟和GO和壳聚糖放在一起的话，可以放显式溶 ...

老师我想再请教您一下显示水模型是指人为的添加水分子吗？
看见吸附铀酰的文章有用五水合铀酰 [UO2(H2O)5]2+，这算是显示水模型吗

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