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标题: 求助手动加入离子的问题 [打印本页]

作者
Author: gmx-xx 时间: 2021-3-17 11:45
标题: 求助手动加入离子的问题
请问大家我手动往力场里的ions.itp文件加了氢离子，然后也在atomtypes.atp文件里写了氢离子，然后拓扑文件中也包含了ions.itp，为啥我grompp的时候还是报错显示没找到氢离子的原子类型呢

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-17 12:04
你应该在ffnonbonded.itp里写上相应的原子参数

作者
Author: SpongeBob 时间: 2021-3-17 14:01
氢离子是特殊的离子，直接添加这不合适吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-18 05:34
注意质子的存在形式。在一般溶剂里氢都和溶剂形成质子化的溶剂分子，直接拿H+来跑原理上不妥

作者
Author: gmx-xx 时间: 2021-3-18 09:31

sobereva 发表于 2021-3-18 05:34
注意质子的存在形式。在一般溶剂里氢都和溶剂形成质子化的溶剂分子，直接拿H+来跑原理上不妥

那请问老师我如果体系是大量负电荷体系，如果想用氢来中和负电荷，应该怎么添加呢？谢谢老师解答

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-4 05:26

gmx-xx 发表于 2021-3-18 09:31
那请问老师我如果体系是大量负电荷体系，如果想用氢来中和负电荷，应该怎么添加呢？谢谢老师解答

我回复说了，是要通过质子化的溶剂分子来中和

作者
Author: 牧生 时间: 2021-4-4 12:22
本帖最后由牧生于 2021-4-4 15:58 编辑

就是加足够的水合氢离子吧？
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