计算化学公社

标题: IGM和IGMH分析图求助 [打印本页]

作者
Author: yang2020 时间: 2021-3-17 18:53
标题: IGM和IGMH分析图求助
各位老师大家晚上好，请问大家为什么我结合能计算值为负值，但是VMD显示的IGM和IGMH分析图却没有signλ2ρ着色的绿色或蓝色等值面图，是不是因为设置的等值面范围的问题，怎么在VMD中调节呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-18 05:22
把具体IGM/IGMH图贴出来，否则没法判断

作者
Author: yang2020 时间: 2021-3-18 10:27
本帖最后由 yang2020 于 2021-3-18 10:30 编辑

sobereva 发表于 2021-3-18 05:22
把具体IGM/IGMH图贴出来，否则没法判断

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老师麻烦您看看，左图是IGM图，右图是IGMH图

作者
Author: yang2020 时间: 2021-3-18 21:25

sobereva 发表于 2021-3-18 05:22
把具体IGM/IGMH图贴出来，否则没法判断

老师晚上好，这是我贴的IGM、IGMH图，麻烦您百忙之中看到能给与指导，十分感激！

作者
Author: yang2020 时间: 2021-3-19 10:25

sobereva 发表于 2021-3-18 05:22
把具体IGM/IGMH图贴出来，否则没法判断

老师，麻烦您看看，3楼是我贴的IGM、IGMH图

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-19 18:05
把isovalue设小

作者
Author: xxzj 时间: 2021-8-12 10:35

sobereva 发表于 2021-3-19 18:05
把isovalue设小

老师，如果绘制IGMH图，需要引用哪篇文献？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 22:29

xxzj 发表于 2021-8-12 10:35
老师，如果绘制IGMH图，需要引用哪篇文献？

暂时先引用Multiwfn手册3.23.6节。我争取今年夏天找时间写出介绍文章至少弄到chemrxiv上去。

后记：IGMH已经正式发表，见介绍文章
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

作者
Author: xxzj 时间: 2021-8-13 08:25

sobereva 发表于 2021-8-12 22:29
暂时先引用Multiwfn手册3.23.6节。我争取今年夏天找时间写出介绍文章至少弄到chemrxiv上去。

谢谢老师

作者
Author: 天天121 时间: 2022-4-20 16:44

sobereva 发表于 2021-3-18 05:22
把具体IGM/IGMH图贴出来，否则没法判断

老师如果想进一步分析相互作用力的大小并判断是否是色散主导，Multiwfn可以做到吗

作者
Author: snljty 时间: 2022-4-20 17:00

天天121 发表于 2022-4-20 16:44
老师如果想进一步分析相互作用力的大小并判断是否是色散主导，Multiwfn可以做到吗

通常我们分析的是相互作用能而不是力（能量的负梯度）。相互作用能的计算看卢老师博文大体系弱相互作用计算的解决之道，谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理和在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子。
如果要判断各种相互作用的强弱，要做能量分解研究，参考卢老师博文使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算以及XEDA等程序做GKS-EDA等方法的能量分解。

作者
Author: 天天121 时间: 2022-4-20 17:23

snljty 发表于 2022-4-20 17:00
通常我们分析的是相互作用能而不是力（能量的负梯度）。相互作用能的计算看卢老师博文大体系弱相互作用计 ...

好的老师我去看看能具体算出能量那是最好了

作者
Author: liuxwell 时间: 2023-1-5 14:28

sobereva 发表于 2021-3-19 18:05
把isovalue设小

Sob老师，为什么我做出来的图着色不是绿色或者蓝色等值面，而是黑色

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-7 01:56

liuxwell 发表于 2023-1-5 14:28
Sob老师，为什么我做出来的图着色不是绿色或者蓝色等值面，而是黑色

更新GPU驱动，换其它机子，或者尝试论坛里VMD 1.9.3 64bit版

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