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标题: 拟合静电势电荷的计算方法 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-9 08:15
标题: 拟合静电势电荷的计算方法
这篇文章专门介绍拟合静电势电荷的原理、特点，对于MK、CHELPG、RESP、AM1-BCC等各种拟合静电势电荷都专门进行了介绍和讨论。

(, 下载次数 Times of downloads: 2178)

补充：后来笔者在Multiwfn程序（http://sobereva.com/multiwfn）中实现了RESP电荷的计算（MK、CHELPG也都支持），并撰写了下文，强烈建议一看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）
Multiwfn在计算RESP电荷上是所有程序中最灵活、最强大、使用最方便的。

作者
Author: 数据挖掘 时间: 2015-3-3 09:19
非常感谢。
npa电荷 mullekin电荷和半径无关，设定半径计算chelpg电荷不，会改变npa和mullekin电荷

作者
Author: 肖富贵 时间: 2016-1-7 00:00
Sob前辈，我会用到您的文章里提到的CHELP-BOW方法。此方法的课题组主页上有，但是链接失效，不能下载；和开发者联系，也无果。因此想自己写程序，请问这会不会是一个复杂的程序？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-7 00:07

肖富贵发表于 2016-1-7 00:00
Sob前辈，我会用到您的文章里提到的CHELP-BOW方法。此方法的课题组主页上有，但是链接失效，不能下载；和开 ...

勤快点的话估计也不难，主要就是引入了拟合点的权重函数，没法像一般拟合静电势电荷那样通过矩阵运算一下子就得到，而需要通过非线性优化算法来拟合，这有一些现成的库可以用。

作者
Author: 肖富贵 时间: 2016-1-7 00:11

sobereva 发表于 2016-1-7 00:07
勤快点的话估计也不难，主要就是引入了拟合点的权重函数，没法像一般拟合静电势电荷那样通过矩阵运算一下 ...

多谢多谢多谢Sob前辈.

作者
Author: lty子于 时间: 2016-1-18 13:46
感谢老师的共享

作者
Author: zhiweigu123 时间: 2017-5-23 13:38
感谢您的分享！

作者
Author: meatball1982 时间: 2017-9-12 15:30
sob：
看了文章，学了很多。
现在，想看Ref73.Ref78.Ref86进一步阅读一下。

查了一下，请帮忙看一下是不是对应的73，86两个文献。
另外，能不能把Ref78的题目给一下。

Ref73
@article{doi:10.1021/j100494a019,
author = {Momany, Frank A.},
title = {Determination of partial atomic charges from ab initio molecular electrostatic potentials. Application to formamide, methanol, and formic acid},
journal = {The Journal of Physical Chemistry},
volume = {82},
number = {5},
pages = {592-601},
year = {1978},
doi = {10.1021/j100494a019},
}

Ref86

@article{Horn2006,
  doi = {10.1007/s00894-006-0137-8},
  url = {https://doi.org/10.1007/s00894-006-0137-8},
  year  = {2006},
  month = {aug},
  publisher = {Springer Nature},
  volume = {13},
  number = {2},
  pages = {381--392},
  author = {Anselm H. C. Horn and Timothy Clark},
  title = {Multipole electrostatic potential derived atomic charges in {NDDO}-methods with spd-basis sets},
  journal = {Journal of Molecular Modeling}
}

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-12 16:29

meatball1982 发表于 2017-9-12 15:30
sob：
看了文章，学了很多。
现在，想看Ref73.Ref78.Ref86进一步阅读一下。

是。

[78] Franc, M. M., Chirlian, L. E. Reviews in Computational Chemistry. Lipkowitz, K. B.; Boyd, D. B., Eds. VCH Publishers: New York, 2000; Vol. 14, pp 1-31.

作者
Author: meatball1982 时间: 2017-9-12 20:35

sobereva 发表于 2017-9-12 16:29
是。

[78] Franc, M. M., Chirlian, L. E. Reviews in Computational Chemistry. Lipkowitz, K. B.; B ...

谢sob.

作者
Author: 熊猫黑又白 时间: 2020-10-27 19:28
请问您的这篇文章发表了吗？想学习一下DMA方法

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-29 13:13

熊猫黑又白发表于 2020-10-27 19:28
请问您的这篇文章发表了吗？想学习一下DMA方法

没
相关信息看MOLECULAR PHYSICS, 1985, VOL. 56, No. 5, 1047-1064

作者
Author: 熊猫黑又白 时间: 2020-10-29 16:08

sobereva 发表于 2020-10-29 13:13
没
相关信息看MOLECULAR PHYSICS, 1985, VOL. 56, No. 5, 1047-1064

好的，非常感谢！

作者
Author: dgwfly 时间: 2022-2-20 22:29
谢谢前辈的帖子。想请教一下，我想通过B48N48H24分子得到氮化硼的表面电荷。首先我采用B3LYP/631G(d)对B48N48H24分子进行结构优化，然后用Gaussian的pop=chelpg进行原子电荷的计算，分别测试了HF/jun-cc-pvdz 和wB97X-D/6-33++G(d,p)这两种方法。得到的位于分子最内环的B和N的平均电荷大概是1.6e，而大多文献中计算的氮化硼平板的电荷一般是小于1e的。我的结果有点偏大，不知道我的计算是不是存在问题。附件是我的输入文件和最后的电荷分布图。 (, 下载次数 Times of downloads: 1)
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
(, 下载次数 Times of downloads: 72)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-2-21 01:04

dgwfly 发表于 2022-2-20 15:29
谢谢前辈的帖子。想请教一下，我想通过B48N48H24分子得到氮化硼的表面电荷。首先我采用B3LYP/631G(d)对B48N ...

文献也是CHELPG电荷吗？
把文献也贴一下吧

作者
Author: dgwfly 时间: 2022-2-21 09:02

wzkchem5 发表于 2022-2-21 01:04
文献也是CHELPG电荷吗？
把文献也贴一下吧

这个用的是DDAP, 氮化硼，0.9e， https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpclett.7b03443
这个是chelpg，氮化硼碳管，也是小于1 https://digital-library.theiet.o ... .1049/mnl.2009.0112

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-21 20:21

dgwfly 发表于 2022-2-20 22:29
谢谢前辈的帖子。想请教一下，我想通过B48N48H24分子得到氮化硼的表面电荷。首先我采用B3LYP/631G(d)对B48N ...

把基组名写对

用HF毫无意义

对这种有对称性的体系强烈不建议用Gaussian自己的算拟合静电势电荷的功能，原子电荷往往和点群对称型不符。应当用Multiwfn算RESP电荷，计算时根据点群自动判断等价性，并施加等价性约束，仔细看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

我不知道你哪看的文献。要和文献对比必须计算级别、原子电荷计算方法严格一致。
仔细看下文了解原子电荷常见的都有哪些，各有什么特点
《原子电荷计算方法的对比》（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml）

作者
Author: dgwfly 时间: 2022-2-22 00:00

sobereva 发表于 2022-2-21 20:21
把基组名写对

用HF毫无意义

谢谢Sob老师，我再通过Multiwfn试一下RESP电荷。我阅读了你之前的文章，大概明白HF不是一个好的方法。我采用HF的一个原因是我用sSAPT0 结合jun-cc-pVDZ 作了能量分解，sSAPT0使用了HF计算了electrostatic energies. 我想要保持一致性所以采用HF通过Gaussian得到电荷。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-22 10:17

dgwfly 发表于 2022-2-22 00:00
谢谢Sob老师，我再通过Multiwfn试一下RESP电荷。我阅读了你之前的文章，大概明白HF不是一个好的方法。我 ...

保持这个一致没有丝毫意义，反倒体现出对计算原理的严重错误理解

作者
Author: 忘不掉的回忆 时间: 2022-12-1 14:43
老师好，请问您在本文中提到的MK方法的引用的文献是哪两篇？谢谢老师
我根据您的这篇博文（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）做了一个能量分解，想简单写一下拟合静电势用到的MK方法。
(, 下载次数 Times of downloads: 50)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-2 02:38

忘不掉的回忆发表于 2022-12-1 14:43
老师好，请问您在本文中提到的MK方法的引用的文献是哪两篇？谢谢老师
我根据您的这篇博文（http://bbs.kei ...

看《原子电荷计算方法的对比》http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml里的引用。Multiwfn手册里也有引用

作者
Author: 忘不掉的回忆 时间: 2022-12-2 08:52

sobereva 发表于 2022-12-2 02:38
看《原子电荷计算方法的对比》http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml里的引用。Mu ...

好的，谢谢老师，谢谢老师。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)