计算化学公社

标题: 用GFN2-xTB跑正四面体构型的四氨合铜配离子动力学为什么出错？ [打印本页]

作者
Author: wanlichuan 时间: 2021-3-18 12:04
标题: 用GFN2-xTB跑正四面体构型的四氨合铜配离子动力学为什么出错？
本帖最后由 wanlichuan 于 2021-3-18 19:54 编辑

用GFN2-xTB在300K下跑四氨合铜配离子的动力学（真空，施加球性限制势），初始构型为正方形时正常结束，从轨迹上看，都是在正方形构型附近震动，难以形成别的构型。于是把初始构型改为正四面体，则会报错，错误信息如下：

--------------------------------------

| FinalSinglepoint |

---------------------------------------

########################################################################

[ERROR] Program stopped due to fatal error

-7- Calculation terminated

-6- type_calculator_singlepoint: Electronic structure methodterminated

-5- scf: Setup of Coulomb evaluator failed

-4- type_latticepoint_update: Could not generate lattice points

-3- optimizer_ancopt: GEOMETRY OPTIMIZATION FAILED!

-2- optimizer_relax: |grad| > 500, something is totally wrong!

-1- scf: Self consistent charge iterator did not converge

########################################################################

abnormal termination of xtb

运行指令：xtb Cu-NH3.xyz --chrg 2 --uhf 1 --input md.inp --omd--gfn 2

xyz文件是用Gaussview简单优化过的，应该没问题。

md.inp文件内容如下：

$md

temp= 300

time= 100.0

dump= 50.0

step= 1.0

hmass=1

shake=1

$end

$wall

potential=logfermi

sphere: auto, all

$end

$cma

后来尝试用GFN1-xTB跑，则可以正常跑。

后来尝试用--gbsa H2O加水隐式溶剂，也能跑。

不明白的是，用GFN2-xTB跑时，为什么正方形能成功而正四面体却报错呢？

在google上没搜到类似问题。请高手指教。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-18 12:08
先确认GFN2-xTB能优化出你期望的结构而且没虚频，之后再说MD的事

作者
Author: wanlichuan 时间: 2021-3-18 19:37
谢谢社长，我用GFN2-xTB优化了一下，没有虚频，结构正常。
然后我又用优化好的结构做了xyz文件，用这个xyz文件再算MD，成功了。
看来初始结构非常关键：建好模型后，我用Gaussview自带的clean简单优化了一下（正方形结构也是这么做的），看起来结构很规则了（四个Cu-N键键长都是1.9A，键角都是109.4°），以为跑动力学就没事了。没想到问题还是出在初始结构上。
谢谢社长指导。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2021-3-18 22:06

wanlichuan 发表于 2021-3-18 19:37
谢谢社长，我用GFN2-xTB优化了一下，没有虚频，结构正常。
然后我又用优化好的结构做了xyz文件，用这个xyz ...

clean的效果经常还不如手画的好。。。

作者
Author: wanlichuan 时间: 2021-3-19 08:07

liyuanhe211 发表于 2021-3-18 22:06
clean的效果经常还不如手画的好。。。

看来是。
但是还有一个疑问，我在运行指令中写的是“--omd”，意味着先进行结构优化再跑MD啊？为什么和手动优化再跑MD的效果差别这么大？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)