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标题: 关于opls-aa力场和gromos力场混用的问题？ [打印本页]

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Author: 努力向上的boy 时间: 2021-3-18 21:10
标题: 关于opls-aa力场和gromos力场混用的问题？
文章描述的是Poly [2, 20-(p-Phenylene)-5, 50-bibenzimidazole 和 poly(2, 5 Benzimidazole) 这两个聚合物熔体在磷酸中的构象变化。两个聚合物选用的力场是opls-aa力场，对其中的二面角参数进行了修改，而磷酸是基于一篇文献，我看文献是基于gromos力场模拟的，我想问下gromos力场和opls-aa力场可以混用吗？？？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-18 23:52
不可混用，combine rule不同，打开力场/forcefield.itp就能看出来

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-19 06:55
直接就可以用OPLS-AA模拟磷酸
这么混用不被审稿人批才怪

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-3-19 09:04

Lacrimosa 发表于 2021-3-18 23:52
不可混用，combine rule不同，打开力场/forcefield.itp就能看出来

谢谢您。那我想请问一下，如果两个力场的这个combine rule一样的话就可以混用吗？或者说混用的话，需要注意些什么？

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-3-19 09:05
本帖最后由努力向上的boy 于 2021-3-19 09:08 编辑

sobereva 发表于 2021-3-19 06:55
直接就可以用OPLS-AA模拟磷酸
这么混用不被审稿人批才怪

谢谢老师，文章是rsc advances，在文献中没有明确提到引用gromos力场，只是说引用了哪个文献，引用的文献是用的gromos模拟的磷酸。您可以推荐下这个用oplsaa力场模拟磷酸的文献吗？

作者
Author: lyj714 时间: 2021-3-19 10:03
rsc advances这种水货期刊有啥可看的，就算混合规则一样也不能混用，不然也不可能分为多种力场

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-19 12:55

努力向上的boy 发表于 2021-3-19 09:04
谢谢您。那我想请问一下，如果两个力场的这个combine rule一样的话就可以混用吗？或者说混用的话，需要注 ...

一样也不一定可以混用, 需要看力场参数的具体拟合方式是否相同。一般力场可以混用的时候会在文章里提到。

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-3-19 15:35

Lacrimosa 发表于 2021-3-19 12:55
一样也不一定可以混用, 需要看力场参数的具体拟合方式是否相同。一般力场可以混用的时候会在文章里提到 ...

好的谢谢您

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-3-19 15:36

lyj714 发表于 2021-3-19 10:03
rsc advances这种水货期刊有啥可看的，就算混合规则一样也不能混用，不然也不可能分为多种力场

好的，谢谢，因为它里面提到了一个我想用的分子的力场

作者
Author: xxzj 时间: 2021-5-8 21:26

sobereva 发表于 2021-3-19 06:55
直接就可以用OPLS-AA模拟磷酸
这么混用不被审稿人批才怪

老师，您好，我想请问一下，对于含有过渡金属的锌卟啉和镍卟啉使用Gromacs进行动力学模拟，选择力场时，很多不适合，且无法获得分子的top文件，所以看有PCFF力场中含有金属的参数，可以使用该力场吗，但是应该用什么软件获得该力场的top和itp文件？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-9 03:35

xxzj 发表于 2021-5-8 21:26
老师，您好，我想请问一下，对于含有过渡金属的锌卟啉和镍卟啉使用Gromacs进行动力学模拟，选择力场时， ...

不能

作者
Author: xxzj 时间: 2021-5-10 10:11

sobereva 发表于 2021-5-9 03:35
不能

老师，那对于金属卟啉应该选择什么力场，我试了好几种力场都不适合，读文章发现有用GROMOS54A7力场计算金属卟啉，但是镍卟啉刚用ATB提交就出现错误， Atom type 'NI' not currently supported by the ATB.所以想请问一下老师：
1）关于金属卟啉应该选择怎样的力场合适？
2）关于镍卟啉出现的问题应该选择什么工具获得它的top和itp文件？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-10 13:39

xxzj 发表于 2021-5-10 10:11
老师，那对于金属卟啉应该选择什么力场，我试了好几种力场都不适合，读文章发现有用GROMOS54A7力场计算金 ...

本来GROMOS力场就是给生物分子、有机分子用的，不适合过渡金属配合物，对于金属卟啉必须用额外参数，仔细阅读几篇含有金属卟啉的MD文章不可能一篇都没交代具体细节。ATB也只是给有机分子用的。

作者
Author: xxzj 时间: 2021-5-10 16:55

sobereva 发表于 2021-5-10 13:39
本来GROMOS力场就是给生物分子、有机分子用的，不适合过渡金属配合物，对于金属卟啉必须用额外参数，仔细 ...

老师，一篇文章可以使用多个力场吗，比如锌卟啉和镍卟啉用一个力场，如何镁卟啉使用另一个力场，然后将最终得到的结果进行对比，还是说都需要使用同一种力场才可以？

作者
Author: xxzj 时间: 2021-5-10 20:49

sobereva 发表于 2021-5-10 13:39
本来GROMOS力场就是给生物分子、有机分子用的，不适合过渡金属配合物，对于金属卟啉必须用额外参数，仔细 ...

老师，在一篇文献中找到了镍的相关参数，但是添加到gromos54a7.ff里面的ions.tip文件中，然后使用 gmx_mpi pdb2gmx -f ni.pdb -o fws.gro -water spce进行计算，出现了下面的错误，想请问老师这个情况应该怎么处理，辛苦老师了 (, 下载次数 Times of downloads: 66)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-11 05:39

xxzj 发表于 2021-5-10 20:49
老师，在一篇文献中找到了镍的相关参数，但是添加到gromos54a7.ff里面的ions.tip文件中，然后使用 gmx_mp ...

搞清楚pdb2gmx的运行机制自然就知道根本不可能这么直接运行pdb2gmx
必须先把镍卟啉残基的拓扑信息自己写到rtp里pdb2gmx才能处理

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-11 05:40

xxzj 发表于 2021-5-10 16:55
老师，一篇文章可以使用多个力场吗，比如锌卟啉和镍卟啉用一个力场，如何镁卟啉使用另一个力场，然后将最 ...

看具体情况，参数具体哪来的，哪些类型的参数，用于体系什么部分

作者
Author: IamHK 时间: 2021-5-11 08:52

sobereva 发表于 2021-5-10 13:39
本来GROMOS力场就是给生物分子、有机分子用的，不适合过渡金属配合物，对于金属卟啉必须用额外参数，仔细 ...

请问卢老师 uff 力场和charm27力场可以混用吗？两个力场的nbfunc combrule genpairs fudgelj fudgeQQ相同，都为 1 2 yes 1.0 1.0 。谢谢（昨天在qq群里问过，但信息太多，被覆盖了）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-11 10:06

IamHK 发表于 2021-5-11 08:52
请问卢老师 uff 力场和charm27力场可以混用吗？两个力场的nbfunc combrule genpairs fudgelj fudgeQQ ...

只有charmm没有charm
非键参数原理上不兼容（至少发文章的话容易被质疑，想好怎么回答），成键参数一定程度上可以混用

作者
Author: xxzj 时间: 2021-5-11 20:45

sobereva 发表于 2021-5-11 05:39
搞清楚pdb2gmx的运行机制自然就知道根本不可能这么直接运行pdb2gmx
必须先把镍卟啉残基的拓扑信息自己写 ...

老师，我从ATB的网站上面下载了gromos54a7.ff安装包，将镍卟啉信息添加到里面的ions.itp中，如何这个安装包里面没有找到atomtypes.atp或者rtp文件，是不是我下载有误，请问老师有关于gromos96力场的官网，就是可以都下载全的吗，我搜索了，但是没有找到，辛苦老师了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-12 11:50

xxzj 发表于 2021-5-11 20:45
老师，我从ATB的网站上面下载了gromos54a7.ff安装包，将镍卟啉信息添加到里面的ions.itp中，如何这个安装 ...

那叫力场包
镍卟啉又不是离子，添加到ions.itp莫名其妙
新分子/残基在rtp里的信息自己手写

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