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标题: 求助，蛋白和多糖互作，gromacs可以研究电势变化以及复合物颗粒大小吗？ [打印本页]

作者
Author: rookie 时间: 2021-3-19 00:47
标题: 求助，蛋白和多糖互作，gromacs可以研究电势变化以及复合物颗粒大小吗？

老师给了我一个任务：主要是想模拟蛋白和多糖之间的静电互作的这个过程，然后对ph（调整ph）或者是离子进行变化。

1.这个变化的过程中，他们两个的电势是怎么变化的？

2.它们之间的作用力大小是怎么变化的？

3.主要是模拟那些非共价健，再有就是他们形成的复合物的颗粒大小，以及在这个整个的过程中，那个多糖链的构象是怎么变化的。

请教一下，这模拟可以用gromacs做吗，还是说要用蒙特卡洛建模才能做出来，麻烦各位大牛了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-19 07:04
跟蒙特卡罗毫无联系
中文里不存在“互作”这个词
一个蛋白和一个多糖形成的是复合物，几乎没有说成颗粒的。如果是多个蛋白多个多糖形成的颗粒，把这点表述清楚。

1 “电势”指代不明
2 问题的逻辑不清楚
3 动力学跑出来什么构象就是什么构象，看轨迹就知道构象怎么变化的

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