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标题: 求助：在使用pgb2gmx生成适配体的gro文件时，提示找不到N原子 [打印本页]

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-3-19 10:25
标题: 求助：在使用pgb2gmx生成适配体的gro文件时，提示找不到N原子
各位老师，我在使用Gromacs的pdb2gmx命令将一段从PDB库中下载的有18个碱基的单链DNA序列的pdb文件转化成gro文件时，提示的错误信息为：atom N not found in building block 1DT while combining tdb and rtp. DNA序列为TTGGGTGGGTGGGTGGGT
我继续下载了其他的DNA序列，都在这一步出现找不到N原子的错误提示。我现在刚开始学习Gromacs的使用，自己尝试了一些操作都没有解决这个问题，希望各位老师能够提供一下解决的思路或建议，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-19 19:05
说明PDB ID，并且说清楚怎么用的pdb2gmx，命令行是什么，选的什么力场

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-3-24 09:46

sobereva 发表于 2021-3-19 19:05
说明PDB ID，并且说清楚怎么用的pdb2gmx，命令行是什么，选的什么力场

谢谢老师，由于20号到23号限制发帖，所以没能及时向您回复，非常抱歉。

我所用适配体的PDB ID是2LK7
使用pdb2gmx将pdb文件转化为gro文件的命令为：gmx pdb2gmx -f 2lk7.pdb -o 2lk7.gro -water tip3p -ff charmm27
选择的力场是CHARMM27全原子力场

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-25 06:56

芮啦发表于 2021-3-24 09:46
谢谢老师，由于20号到23号限制发帖，所以没能及时向您回复，非常抱歉。

我所用适配体的PDB ID是2LK7

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作者
Author: 芮啦 时间: 2021-3-25 09:33

sobereva 发表于 2021-3-25 06:56

谢谢老师

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