计算化学公社

标题: Gromacs2018.8，GPU版本无法正常运行 [打印本页]

作者
Author: jimulation 时间: 2021-3-20 18:20
标题: Gromacs2018.8，GPU版本无法正常运行
机器上有一块2080Ti，CUDA版本是10.1.105。执行gmx mdrun -v -deffnm npt -nb gpu -pme gpu，提示错误：
Cannot run short-ranged nonbonded interactions on a GPU because there is none detected.
请问这个错误原因是什么，该怎么解决？谢谢！

作者
Author: jimulation 时间: 2021-3-22 08:33
注：安装gmx的过程参考了社长博文http://sobereva.com/457，步骤如下：
mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/home/md/fftw338
cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/md/gmx2018.8 -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda -DGMX_SIMD=AVX2_256
make install
过程中没有提示error

作者
Author: 牧生 时间: 2021-3-22 08:38
gmx mdrun -v -deffnm npt 试试这个命令呢。。

按理说，你的安装没错，如果在终端输入gmx可以出现很多信息，就表明安装没错。运行过程报错，应该是参数设置问

作者
Author: jimulation 时间: 2021-3-22 08:49

牧生发表于 2021-3-22 08:38
gmx mdrun -v -deffnm npt 试试这个命令呢。。

按理说，你的安装没错，如果在终端输入gmx可以出现很多 ...

gmx mdrun -v -deffnm npt可以运行，输出的log文件有如下内容：

GPU support:       CUDA
SIMD instructions:  AVX2_256
FFT library:       fftw-3.3.8-sse2-avx-avx2-avx2_128
CUDA compiler:    /usr/local/cuda/bin/nvcc nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver;Copyright (c) 2005-2019 NVIDIA Corporation;Built on Fri_Feb__8_19:08:17_PST_2019;Cuda compilation tools, release 10.1, V10.1.105
CUDA driver:       11.10
CUDA runtime:    10.52
......
NOTE: Detection of GPUs failed. The API reported: GROMACS cannot run tasks on a GPU.

作者
Author: jimulation 时间: 2021-3-22 13:30

jimulation 发表于 2021-3-22 08:49
gmx mdrun -v -deffnm npt可以运行，输出的log文件有如下内容：

GPU support: CUDA

已解决，可能是CUDA版本与NVIDIA驱动版本不一致造成的，删除了高版本的NVIDIA驱动以后就正常了。

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