计算化学公社

标题: 求助：用gromacs和xtb哪个程序做构型搜索的可靠性更高 [打印本页]

作者
Author: Penson 时间: 2021-3-23 12:54
标题: 求助：用gromacs和xtb哪个程序做构型搜索的可靠性更高
请问用gromacs进行周期性退火筛选出来的一批低能量构型和用xtb的gfn0-xtb/gfn2-xtb搭配筛出来的低能量构型作为高斯计算的初始结构，两种方法哪一种精度更高，选出来的初始构型更可靠呢

作者
Author: exity 时间: 2021-3-23 17:25
仅仅是搜索最低能量构象的话没有非要用gmx的必要。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-23 21:42
没有可比性。势能面的精度和采样方式两个层面的问题应当分别看待。

对一般体系直接用下文的做法做构象搜索就很好
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html（http://sobereva.com/575）
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

一般没必要借助gmx，相对于上述方式没有额外好处，而且还受到力场的普适性和精度的限制。

作者
Author: Penson 时间: 2021-3-23 23:45

sobereva 发表于 2021-3-23 21:42
没有可比性。势能面的精度和采样方式两个层面的问题应当分别看待。

对一般体系直接用下文的做法做构象搜 ...

好的，谢谢社长

作者
Author: Penson 时间: 2021-3-23 23:46

exity 发表于 2021-3-23 17:25
仅仅是搜索最低能量构象的话没有非要用gmx的必要。

好的

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