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标题: 求助：acpype产生top文件老是出错 [打印本页]
作者
Author: Penson    时间: 2021-3-23 18:00
标题: 求助：acpype产生top文件老是出错
各位老师，请问为什么我用acpype脚本执行acpype -i ClO4.mol2 -n -1 的命令来产生高氯酸根的top文件总是出错呢？我可以成功产生SO42-,NO3-,NH4+和PO4-这些离子的top文件，但就是这个高氯酸根老是出错，研究了一下午还是没能解决，我用的mol2文件如下，请老师帮忙看看，谢谢！
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-23 21:35
成键方式比较特殊、在有机体系中非典型的情况没法处理，也没有适合的原子类型
作者
Author: Penson    时间: 2021-3-23 23:40
sobereva 发表于 2021-3-23 21:35
成键方式比较特殊、在有机体系中非典型的情况没法处理，也没有适合的原子类型

社长，ClO4-和PO4-的成键方式不是差不多吗？有什么特使的呢？试过PO4-就可以算出来
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-25 06:51
Penson 发表于 2021-3-23 23:40
社长，ClO4-和PO4-的成键方式不是差不多吗？有什么特使的呢？试过PO4-就可以算出来

Cl在一般有机体系里都是成单键的，本来GAFF力场就没考虑Cl形成多个键这种特殊情况，这也是为什么GAFF里卤素都只有一种原子类型。你只能自己手动写拓扑信息
作者
Author: Penson    时间: 2021-3-25 20:22
sobereva 发表于 2021-3-25 06:51
Cl在一般有机体系里都是成单键的，本来GAFF力场就没考虑Cl形成多个键这种特殊情况，这也是为什么GAFF里卤 ...

好的，谢谢社长
作者
Author: lyj714    时间: 2021-3-25 21:09
本帖最后由 lyj714 于 2021-3-25 21:12 编辑

下面是本人采用此版本产生的itp，显然键角部分没有参数，自己找个文献补全一下应该就能跑了，至于结果如何得看你自己了
  1. ; ClO4_GMX.itp created by acpype (v: 2020-11-11T22:59:34CET) on Thu Mar 25 21:09:38 2021

  3. [ atomtypes ]
  4. ;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
  5. cl       cl          0.00000  0.00000   A     3.47094e-01   1.10876e+00 ; 1.95  0.2650
  6. o        o           0.00000  0.00000   A     2.95992e-01   8.78640e-01 ; 1.66  0.2100

  8. [ moleculetype ]
  9. ;name            nrexcl
  10. ClO4             3

  12. [ atoms ]
  13. ;   nr  type  resi  res  atom  cgnr     charge      mass       ; qtot   bond_type
  14.      1   cl     1   MOL    CL    1     1.012000     35.45000 ; qtot 1.012
  15.      2    o     1   MOL     O    2    -0.503000     16.00000 ; qtot 0.509
  16.      3    o     1   MOL    O1    3    -0.503000     16.00000 ; qtot 0.006
  17.      4    o     1   MOL    O2    4    -0.503000     16.00000 ; qtot -0.497
  18.      5    o     1   MOL    O3    5    -0.503000     16.00000 ; qtot -1.000

  20. [ bonds ]
  21. ;   ai     aj funct   r             k
  22.      1      2   1    1.4830e-01    4.6660e+05 ;     CL - O     
  23.      1      3   1    1.4830e-01    4.6660e+05 ;     CL - O1   
  24.      1      4   1    1.4830e-01    4.6660e+05 ;     CL - O2   
  25.      1      5   1    1.4830e-01    4.6660e+05 ;     CL - O3   

  27. [ angles ]
  28. ;   ai     aj     ak    funct   theta         cth
  29.      2      1      3      1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;      O - CL     - O1   
  30.      2      1      4      1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;      O - CL     - O2   
  31.      2      1      5      1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;      O - CL     - O3   
  32.      3      1      4      1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;     O1 - CL     - O2   
  33.      3      1      5      1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;     O1 - CL     - O3   
  34.      4      1      5      1    0.0000e+00    0.0000e+00 ;     O2 - CL     - O3   
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