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标题: 求助：氢离子和水合氢离子的力场文件怎么得到 [打印本页]

作者
Author: 木才米斗 时间: 2021-3-23 22:24
标题: 求助：氢离子和水合氢离子的力场文件怎么得到
请教老师，gromacs模拟硫酸水溶液，我先用Guassview建立得到氢或水合氢离子mol2文件，然后用acpype.py转成相应.itp,.gro, 和.top文件时，acpype脚本脚本运行不了。运行结果显示如下：

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| ACPYPE: AnteChamber PYthon Parser interfacE v. 0 0 Rev: 0 (c) 2021 AWSdS |
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WARNING: no 'babel' executable, no PDB file as input can be used!
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp'
Total time of execution: less than a second

作者
Author: 光芒灬如雪 时间: 2021-3-24 15:17
遇到了同样的问题，在算盐酸溶液环境的时候，不知道怎么应该如何构建水合氢离子的力场

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-3-24 15:21
水合氢离子不适合用这套步骤，应该直接拿文献里的力场。

作者
Author: 黄飞 时间: 2021-3-24 15:58

k64_cc 发表于 2021-3-24 15:21
水合氢离子不适合用这套步骤，应该直接拿文献里的力场。

在ATB分子库中可以下载，Molid ：3859

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-3-25 12:12
在Geochimica et Cosmochimica Acta 72 (2008) 1481–1497给出的电荷是op -0.24800 hp 0.41600

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