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标题: 求教，加速度被修正是什么意思 [打印本页]

作者
Author: libo371324 时间: 2021-3-24 08:39
标题: 求教，加速度被修正是什么意思
本帖最后由 libo371324 于 2021-3-24 15:10 编辑

请教，
Cleaning up constraints and constant bonded interactions with virtual sites
Cleaning up constraints and constant bonded interactions with virtual sites
Removing all charge groups because cutoff-scheme=Verlet
Number of degrees of freedom in T-Coupling group System is 2185.00
Determining Verlet buffer for a tolerance of 0.005 kJ/mol/ps at 300 K
Calculated rlist for 1x1 atom pair-list as 1.200 nm, buffer size 0.000 nm
Set rlist, assuming 4x4 atom pair-list, to 1.200 nm, buffer size 0.000 nm
Note that mdrun will redetermine rlist based on the actual pair-list setup
Net Acceleration in Z direction, will be corrected
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 36x40x168, spacing 0.117 0.110 0.119
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.69

加速度被修正是什么意思，取消掉吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-24 11:00
发现Z方向有整体受力，被去除了
不用管，这是为了消除整体运动考虑

作者
Author: libo371324 时间: 2021-3-24 15:12

sobereva 发表于 2021-3-24 11:00
发现Z方向有整体受力，被去除了
不用管，这是为了消除整体运动考虑

抱歉我没说明白，Z方向上的力是我添加的，mdp文件和结构文件已经上传，

作者
Author: libo371324 时间: 2021-3-24 16:37

sobereva 发表于 2021-3-24 11:00
发现Z方向有整体受力，被去除了
不用管，这是为了消除整体运动考虑

怎么才能消除这种修正

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-25 07:03

libo371324 发表于 2021-3-24 16:37
怎么才能消除这种修正

把消平动设置关掉

作者
Author: libo371324 时间: 2021-3-25 10:11

sobereva 发表于 2021-3-25 07:03
把消平动设置关掉

非常感谢您的解答

作者
Author: lishine 时间: 2022-3-15 13:21

sobereva 发表于 2021-3-25 07:03
把消平动设置关掉

sob老师，请问消平动设置是将comm-mode = None吗？我设置了None，但是还是出现了加速度被修正

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-15 13:39

lishine 发表于 2022-3-15 13:21
sob老师，请问消平动设置是将comm-mode = None吗？我设置了None，但是还是出现了加速度被修正

是
理应不会如此

作者
Author: lishine 时间: 2022-3-15 14:03

sobereva 发表于 2022-3-15 13:39
是
理应不会如此

我尝试了多次，发现：
1. 确实，comm-mode = None时，acc-grps不会被修正（我看错了，“will be corrected”和“will not be corrected”看错了）
2. 非常奇怪的现象：comm-mode 不等于 None时，comm-mode是可以设置组的，当我comm-grp组设置为A组，acc-grps加速度组设置为B组（A和B是不同的物质），此时B组的加速度居然会被修正！！请问这种问题可以怎么解决？

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