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标题: 求助水分子TIPI4P出现了incorrect atom type [打印本页]

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作者
Author: 爱模拟的bao    时间: 2021-3-24 09:08
标题: 求助水分子TIPI4P出现了incorrect atom type
用lammps 做的水合物模拟，模型是用MS建的。但是出现了tipi4p的问题，如图所示，想问下是什么原因呢？模型不对？还是我势函数写的不太对呢。
如下是我的In文件的一部分。[img]C:\Users\Admin\Desktop\H3%}`_B0G$F`3_NJI@FLBWR.png[/img]
units          real
dimension      3
boundary       p p p

atom_style     full
bond_style     harmonic
angle_style    harmonic

pair_style     lj/cut/tip4p/long  6 7 1 1 0.1546 10.0

kspace_style         pppm/tip4p        1.0e-4
kspace_modify     order  6


read_data      La.data

set type 7  charge  0.5564    #H
set type 6  charge  0         #O
set type 4 charge  -0.4268    #c3
set type 5 charge  -0.2630    #c2
set type 8 charge   1         #na
set type 9 charge   -1        #Cl

neighbor        2.0 bin
neigh_modify    every 1 delay 0 check yes

pair_coeff     4  4  0.175   3.905   #C3
pair_coeff     5  5  0.118   3.905   #C2
pair_coeff     6  6  0.1852  3.1589  #o
pair_coeff     7  7  0.0000  0.0000  #h
pair_coeff     8  8  1.6071  1.8974  #Na
pair_coeff     9  9  0.1178  4.4172  #Cl
pair_coeff     1  1  1.607   4.012   #Si
pair_coeff     2  2  0.586   3.161   #Oz
pair_coeff     3  3  0.038   2.449   #ho

pair_modify     mix arithmetic shift yes


bond_coeff     3    375   0.9572
bond_coeff     4    380   1.526
bond_coeff     1    150   1.50
bond_coeff     2    300   0.8


angle_coeff    4    60    104.52
angle_coeff    5    50    112.4
angle_coeff    2    50    150 #si-oz-si
angle_coeff    1    50    109.47 #o-si-o
angle_coeff    3    60    112.5 #si-oz-hc


group propane  type  4 5
group water    type  6 7
group NaCl     type  8 9
group silica   type   1 2 3

#做能量最小化。实现理想的初始结构

minimize       1.0e-4 1.0e-6 1000 10000


fix 2          water shake 0.0001 100 0 b 1 a 1

#fix 3          silica freeze
fix 3          silica setforce 0.0 0.0 0.0

timestep         2.0

fix 4 all nvt temp 275 275 100.0

run   50000000

unfix 4

variable T equal    275.0
variable P equal    500  #50Mpa


fix 5 all npt temp $T $T $(100.0*dt) iso $P $P $(1000.0*dt) pchain 8 drag 0.5

velocity         all create $T 28351 mom yes dist gaussian


thermo_style     custom step temp time press density pe ke etotal lx ly lz  pzz pxy pxz pyz
thermo           1000

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