计算化学公社

标题: linux安装lammps(intel_mpi)配合deepmd [打印本页]

作者
Author: ccjjww25 时间: 2021-3-24 12:40
标题: linux安装lammps(intel_mpi)配合deepmd
*2021-03-15 By Junwu Chen at CAS IPE, Beijing*
参考教程：http://t.cn/A6tmS3Aw
### 随着时间的变更，lammps版本提升、编译器更新等原因，本教程可能不会完全适用
deepmd等环境的配置可以参考我的博客：
（1）http://bbs.keinsci.com/thread-22192-1-1.html
（2）https://blog.csdn.net/weixin_428 ... 1001.2014.3001.5501

### 1. 下载lammps最新稳定版源码包（可自行下载需要的版本的源码包:[官方](https://lammps.sandia.gov/tars/);[github](https://github.com/lammps/lammps/releases)）
wget方式下载：

wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz --no-check-certificate

复制代码

解压：

tar -xzf lammps-stable.tar.gz

复制代码

### 2. 安装编译lammps
编译环境加载:
1. Intel开发套件(parallel_studio_xe_2018)加载，如我组服务器为：

source /opt/intel/parallel_studio_xe_2018/psxevars.sh

复制代码

2. 高版本GCC加载(如v_7.5.0，此处采用module方式加载)，因为makefile是由GNU make编写

module load GCC/7.5.0

复制代码

进入lammps安装目录:

cd lammps-29Oct20/src/

复制代码

将DeePMD-kit中的lammps的模块文件拷贝至`src/`下，如果采用conda安装deepmd-kit，则运行：

cp -r $CONDA_PATH/envs/$ENV_NAME/share/USER-DEEPMD .

复制代码

其中`$CONDA_PATH`为安装的anaconda或miniconda的路径，其中`$ENV_NAME`为用conda安装deepmd-kit的虚拟环境的名称。conda安装deepmd-kit的步骤见[教程](http://t.cn/A6tmS3Aw)
##
选择需要安装的package：
1. 只安装deepmd-kit包 (此步目的是在lammps运行中可以调用deepmd类型的势函数文件)

<p>make yes-kspace</p><p>make yes-user-deepmd</p>

复制代码

2. 选择安装其它的包(如不需要，跳过此步)

如：`make yes-kspace yes-manybody yes-molecule`

或：`make yes-std && make no-lib`

相关命令，详情见[官方手册](https://lammps.sandia.gov/doc/Build_package.html)：
```
make package-status    # show which packages are currently installed
make ps                # show which packages are currently installed
make yes-all          # install all packages
make no-all          # uninstall all packages
make yes-std          # install standard packages
make no-std          # uninstall standard packages
make yes-user          # install user packages
make no-user          # uninstall user packages
make yes-lib          # install packages that require extra libraries
make no-lib          # uninstall packages that require extra libraries
make yes-ext          # install packages that require external libraries
make no-ext          # uninstall packages that require external libraries
```
注意：有些软件包需要其它库依赖，无法安装，详情见[官方手册](https://lammps.sandia.gov/doc/Build_extras.html)
##
开始编译：

make -j 12 intel_cpu_intelmpi

复制代码

其中的`12`代表用12核cpu并行编译，若之前编译过或编译失败过，请在正式编译前运行`make clean-all`

作者
Author: smeda666 时间: 2021-3-24 14:26
感谢

作者
Author: 12342234 时间: 2022-8-23 14:10
您好请教一下您这个方法安装的lammps可以支持GPU加速吗

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