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标题: 求助：如何用ambertool给多肽封端ACE、NME [打印本页]

作者
Author: wzx 时间: 2021-3-24 20:35
标题: 求助：如何用ambertool给多肽封端ACE、NME

我自己尝试的命令：

tleap

source leaprc.protein.ff19SB

beg=loadpdb beg.pdb

a=sequence { ACE beg }

savepdb a a.pdb

得到的结果只是在开头有个ACE，且未和肽链相连。请问正确的命令步骤是什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-25 07:33
sequence里自己输入完整的序列才能得到完整的一条链的结构，诸如mol=sequence{ACE ASH NME}
如果已经有了一个蛋白质结构文件，应当自己用结构编辑程序手动加上ACE、NME

作者
Author: wzx 时间: 2021-3-25 09:37

sobereva 发表于 2021-3-25 07:33
sequence里自己输入完整的序列才能得到完整的一条链的结构，诸如mol=sequence{ACE ASH NME}
如果已经有了 ...

感谢老师，我试试用gaussview手动添加。

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