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标题: 如何把Gaussian输入文件转成gamess-us的输入文件 [打印本页]

作者
Author: 498746012 时间: 2021-3-25 09:25
标题: 如何把Gaussian输入文件转成gamess-us的输入文件
各位老师好，想请教一下如何把Gaussian计算开壳层单重态收敛的chk文件转成gamess-us的输入文件，我也想用gamess-us计算开壳层单重态并且得到同样的能量，如下是高斯的输入文件
%nproc=36
%mem=30GB
%chk=1.chk
# 5d 7f
# guess=mix ub3lyp/genecp em=gd3 int=(ultrafine,acc2e=11) scf=xqc

Title Card Required

0 1
坐标

C H 0
6-31G**
****
Pd 0
SDD
****

Pd 0
sdd

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-3-25 09:32
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-5-7 09:31 编辑

高斯输入文件关键词加上int=nobasistransform nosymm，算完后获得fchk文件

formchk xxx.chk xxx.fchk

复制代码

从fchk文件生成GAMESS .inp文件，SCF可迅速收敛（注意你用的是UB3LYP，GAMESS与高斯DFT积分格点设置不同，不能1圈收敛，但能迅速收敛；若用的是UHF，可1圈收敛）

fch2inp xxx.inp -uhf

复制代码

fch2inp小程序免费开源，可在https://gitlab.com/jxzou/mokit下载。

2021-05-07更新：前段时间MOKIT代码已更新，用户现不需要指定-uhf，会自动识别fch文件里有无Beta轨道。

作者
Author: biogon 时间: 2021-3-25 09:33
用mokit 还需要nosymm int=nobasistransform关键词

作者
Author: 498746012 时间: 2021-3-25 09:38

zjxitcc 发表于 2021-3-25 09:32
高斯输入文件关键词加上int=nobasistransform nosymm，算完后获得fchk文件

从fchk文件生成GAMESS .inp文 ...

谢谢老师的耐心帮助

作者
Author: 498746012 时间: 2021-3-25 09:38

biogon 发表于 2021-3-25 09:33
用mokit 还需要nosymm int=nobasistransform关键词

谢谢老师

作者
Author: 498746012 时间: 2021-3-25 09:56
本帖最后由 498746012 于 2021-3-25 09:57 编辑

zjxitcc 发表于 2021-3-25 09:32
高斯输入文件关键词加上int=nobasistransform nosymm，算完后获得fchk文件

从fchk文件生成GAMESS .inp文 ...

老师打扰了，我的mkl在/share/intel/2019u5下边，而which gfortran命令后是/usr/bin/gfortran，gfortran的版本是4.8.5，我在装mokit的时候make all报错,这种情况该如何处理呀？ifort -c file_op.f90 -o file_op.o -O2 -fpp -traceback
make: ifort: Command not found
make: *** [file_op.o] Error 127

作者
Author: snljty 时间: 2021-3-25 09:58

498746012 发表于 2021-3-25 09:56
老师打扰了，我的mkl在/share/intel/2019u5下边，而which gfortran命令后是/usr/bin/gfortran，gfortran ...

看Makefile，有ifort就加载ifort的环境，用ifort编译。没有就改Makefile里面指定的编译器。

作者
Author: 498746012 时间: 2021-3-25 09:59
本帖最后由 498746012 于 2021-3-25 10:02 编辑

snljty 发表于 2021-3-25 09:58
看Makefile，有ifort就加载ifort的环境，用ifort编译。没有就改Makefile里面指定的编译器。

谢谢老师啦，老师我的服务器工程师没有装ifort，只装了gfortan。老师我把ifor这几行注释掉，把gfortan这几行的注释去掉就可以吗# --- gfortran ---
#F90 = gfortran
#FFLAGS = -O2 -cpp -fbacktrace
#MKL_FLAGS = -lmkl_rt
#F2PY = f2py
#F2_FLAGS =
#F2_MKL_FLAGS = --link-lapack_opt

# --- ifort ----
F90 = ifort
FFLAGS = -O2 -fpp -traceback
MKL_FLAGS = -mkl
F2PY = f2py
F2_FLAGS = --fcompiler=intelem --compiler=intelem
F2_MKL_FLAGS = --link-lapack_opt

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-3-25 10:00

498746012 发表于 2021-3-25 09:56
老师打扰了，我的mkl在/share/intel/2019u5下边，而which gfortran命令后是/usr/bin/gfortran，gfortran ...

你只需要fch2inp小程序，无需执行make all，执行make fch2inp即可。如果你没有ifort编译器，可以打开Makefile将前几行ifort的注释掉，且去掉gfortran的注释。就可以用gfortran了

作者
Author: 498746012 时间: 2021-3-25 10:07

zjxitcc 发表于 2021-3-25 10:00
你只需要fch2inp小程序，无需执行make all，执行make fch2inp即可。如果你没有ifort编译器，可以打开Make ...

谢谢老师，我按照您说的，执行完make fch2inp，显示如下是不是就装成功了呀？
gfortran -c file_op.f90 -o file_op.o -O2 -cpp -fbacktrace
gfortran -c string_manipulate.f90 -o string_manipulate.o -O2 -cpp -fbacktrace
gfortran -c read_fch.f90 -o read_fch.o -O2 -cpp -fbacktrace
gfortran -c fch2inp.f90 -o fch2inp.o -O2 -cpp -fbacktrace
gfortran file_op.o string_manipulate.o read_fch.o fch2inp.o -o ../bin/fch2inp -O2 -cpp -fbacktrace

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-3-25 10:18

498746012 发表于 2021-3-25 10:07
谢谢老师，我按照您说的，执行完make fch2inp，显示如下是不是就装成功了呀？
gfortran -c file_op.f90 ...

是的。

作者
Author: 498746012 时间: 2021-3-25 10:58

zjxitcc 发表于 2021-3-25 10:18
是的。

谢谢老师成功了，老师打扰了还想问一下如何在生成的输入文件中加入B3LYP-D3, 不是D3BJ，还有坐标呀，输入文件没有B3LYP-D3和坐标
$CONTRL SCFTYP=UHF RUNTYP=ENERGY ICHARG=0 MULT=1 NOSYM=1 ICUT=11 PP=READ
MAXIT=200 ISPHER=1 $END
$SYSTEM MWORDS=500 $END
$SCF DIRSCF=.TRUE. $END
$GUESS GUESS=MOREAD NORB=767 $END
$DATA
GAMESS inp format file produced by MOKIT, nbf=767

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-3-25 11:15

498746012 发表于 2021-3-25 10:58
谢谢老师成功了，老师打扰了还想问一下如何在生成的输入文件中加入B3LYP-D3, 不是D3BJ，还有坐标呀，输入 ...

你可以自行修改$CONTRL里的内容，来达到你的计算需求（泛函、D3等等），怎么写方法名称自己看GAMESS手册。坐标和基组都有了（认真看文件），不用你再写，也不能去修改坐标和基组。

作者
Author: 498746012 时间: 2021-3-25 11:16

zjxitcc 发表于 2021-3-25 11:15
你可以自行修改$CONTRL里的内容，来达到你的计算需求（泛函、D3等等），怎么写方法名称自己看GAMESS手册 ...

谢谢老师您辛苦啦

作者
Author: 498746012 时间: 2021-3-25 12:01

zjxitcc 发表于 2021-3-25 11:15
你可以自行修改$CONTRL里的内容，来达到你的计算需求（泛函、D3等等），怎么写方法名称自己看GAMESS手册 ...

老师gamess输入文件如何写5d,7f呀

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-3-25 12:16

498746012 发表于 2021-3-25 12:01
老师gamess输入文件如何写5d,7f呀

GAMESS的ISPHER=1就相当于高斯的5D 7F。这个在fch2inp小程序里已经考虑了，无需用户操心。你仔细看文件ISPHER=1已经写上去了。

作者
Author: 498746012 时间: 2021-3-25 13:13

zjxitcc 发表于 2021-3-25 12:16
GAMESS的ISPHER=1就相当于高斯的5D 7F。这个在fch2inp小程序里已经考虑了，无需用户操心。你仔细看文件IS ...

谢谢老师及时的回复，老师还想问一下acc2e=11,在gamess中如何写关键词呀

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-3-25 13:42
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-3-25 13:45 编辑

498746012 发表于 2021-3-25 13:13
谢谢老师及时的回复，老师还想问一下acc2e=11,在gamess中如何写关键词呀

如果有哪个关键词需要写，我早一开始就告诉你了。没告诉你的就是不用管的，fch2inp早就考虑了最重要的几个因素。另外，无论在高斯还是GAMESS里，一般都无需写acc2e=11，因为几乎不会影响计算结果，肉眼也看不出区别。

你不会打算每个关键词问一遍吧。。。还有个ultrafine，GAMESS里没有提供直接的这个关键词，需要你自己阅读手册设定积分格点。

作者
Author: 498746012 时间: 2021-3-25 14:14

zjxitcc 发表于 2021-3-25 13:42
如果有哪个关键词需要写，我早一开始就告诉你了。没告诉你的就是不用管的，fch2inp早就考虑了最重 ...

谢谢老师的耐心讲解

作者
Author: 498746012 时间: 2021-3-25 16:37

zjxitcc 发表于 2021-3-25 13:42
如果有哪个关键词需要写，我早一开始就告诉你了。没告诉你的就是不用管的，fch2inp早就考虑了最重 ...

老师您好，对不起又打扰您了。我是一个gamess的小白，麻烦您不吝赐教。上午按照您的方法用gamess计算开壳层单重态可以正常计算，但是我把输入文件最前边的关键词改成EDA的关键词，后边的读取的分子轨道和基组赝势都不变，交上去就报错了，是不是这种情况下不能读分子轨道呀？高斯方便计算开启层单重态，我想用gamess对开壳层单重态进行EDA分析
DIMENSIONS OF THE SYMMETRY SUBSPACES ARE
A =  564
...... END OF ONE-ELECTRON INTEGRALS ......
CPU    0: STEP CPU TIME=    0.36 TOTAL CPU TIME=       12.3 (    0.2 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME=       14.0 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 87.31%

      -------------
      GUESS OPTIONS
      -------------
      GUESS =MOREAD          NORB  =    767       NORDER=    0
      MIX =    F       PRTMO =    F       PUNMO =    F
      TOLZ  = 1.0E-08       TOLE  = 1.0E-05
      SYMDEN=    F       PURIFY=    F

INITIAL GUESS ORBITALS GENERATED BY MOREAD ROUTINE.
*** ERROR IN READMO: PROBLEM READING ORBITALS!
POSSIBLY A DAMAGED OR MANGLED ORBITAL INPUT GROUP?
ERROR OCCURED AT ORBITAL=    2 (MODULUS 100= 2),
      ITS LINE NUMBER=    1
DATA READ FROM INPUT WAS ORBITAL=    1 LINE= 121

输入文件如下
$CONTRL SCFTYP=UHF RUNTYP=eda ICHARG=0 MULT=1 NOSYM=1 ICUT=11 PP=READ
  DFTTYP=B3LYPV1R MAXIT=200 ISPHER=1 nosym=1  $END
$SYSTEM MWORDS=125 MEMDDI=4000 $END
$DFT NRAD=99 NLEB=590 $END
$SCF DIRSCF=.TRUE. $END
$lmoeda matom(1)=53,19 mcharg(1)=0,0 mmult(1)=1,1 $END
$GUESS GUESS=MOREAD NORB=767 $END
$DATA
GAMESS inp format file produced by MOKIT, nbf=767
C1 1

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-3-25 17:41

498746012 发表于 2021-3-25 16:37
老师您好，对不起又打扰您了。我是一个gamess的小白，麻烦您不吝赐教。上午按照您的方法用gamess计算开壳 ...

是的，LMOEDA下不能读取轨道，这是GAMESS自己的问题，除非找开发者改代码。你只能自己在GAMESS里琢磨用它的各种关键词算出开壳层单重态，算不出就只能放弃。

作者
Author: 498746012 时间: 2021-3-25 22:31

zjxitcc 发表于 2021-3-25 17:41
是的，LMOEDA下不能读取轨道，这是GAMESS自己的问题，除非找开发者改代码。你只能自己在GAMESS里琢磨用它 ...

谢谢老师，感恩能遇到您这么好的老师

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