计算化学公社

标题: 怎么在Linux下安装NBO6？ [打印本页]

作者
Author: dingliping1108 时间: 2015-11-23 15:29
标题: 怎么在Linux下安装NBO6？
请问各位前辈，怎么在Linux下安装nbo？我下sob老师的nbo6-Linux-x86-64 但是不知道怎么在Linux下安装，我用的orca版本是orca2-9-1-Linux86-64

。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-23 19:17
这根ORCA没有半点关系
怎么运行在原帖中已经说了：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=489

作者
Author: dingliping1108 时间: 2015-11-24 09:19

sobereva 发表于 2015-11-23 19:17
这根ORCA没有半点关系
怎么运行在原帖中已经说了：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid= ...

谢谢sob老师

作者
Author: dingliping1108 时间: 2015-11-24 10:38

sobereva 发表于 2015-11-23 19:17
这根ORCA没有半点关系
怎么运行在原帖中已经说了：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid= ...

请问sob老师，有没有哪里可以下载免费的mkl软件，那个帖子里面的mkl软件被题主删除了，网上说Intel官网上有免费试用一个月的https://downloadcenter.intel.com/zh-cn/download/21808/-#help我没找到。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-24 10:47

dingliping1108 发表于 2015-11-24 10:38
请问sob老师，有没有哪里可以下载免费的mkl软件，那个帖子里面的mkl软件被题主删除了，网上说Intel官网上 ...

对于Linux版，你安装这个intel fortran编译器包的时候直接选上安装MKL就行了http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=379

如果不是特别有必要用NBO6就下载论坛里的NBO5，编译那个不需要MKL

作者
Author: dingliping1108 时间: 2015-11-26 14:22
谢谢老师

作者
Author: dingliping1108 时间: 2015-11-26 16:48

sobereva 发表于 2015-11-24 10:47
对于Linux版，你安装这个intel fortran编译器包的时候直接选上安装MKL就行了http://bbs.keinsci.com/foru ...

sob老师您好，我下了您这个帖子里面的NBO5.G-src.rar 因为我Linux下不能解压.rar 我在win下解压后打包成了gz然后再在Linux下重新解压的。http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ypeid%26typeid%3D19
解压之后里面包含attachment文件夹、 compile method.txt、 enable.f 、nbo-5gsrc、然后我设置环境变量
export GENEXE=/home/dlp/NBO5.G_src
export NBOEXE=/home/dlp/gennbo.exe
sources.hashrc 后试了一个文件
! OptTS HF TightSCF NumFreq NBO

%basis
Basis _6_31G
end

*int 0 1
C 0 0 0 0.0 0.0 0.0
N 1 0 0 1.2 0.0 0
H 1 2 0 1.2 90.0 0.0
*

提示sh: otool_nbo: not found
sh: otool_nbo: not found
sh: otool_nbo: not found
sh: otool_nbo: not found
sh: otool_nbo: not found
sh: otool_nbo: not found
可以正常算出来结果，但是out里没有nbo相关东西，请问sob老师是不是我的环境变量设置得不对？nbo没有安上，我的环境变量应该怎么设置？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-26 17:40

dingliping1108 发表于 2015-11-26 16:48
sob老师您好，我下了您这个帖子里面的NBO5.G-src.rar 因为我Linux下不能解压.rar 我在win下解压后打包成 ...

GENNBO5你编译没有？NBO5.G_src是怎么回事？这个要指向gennbo可执行程序才行。nbo_5g.src是源代码，指定那个显然不行
怎么结合NBO5用在orca手册里写得很清楚，前提是你得自己先编译好NBO5。如果不会编译就用论坛里的编译好的NBO6，前提是得有MKL库。

作者
Author: milkxx 时间: 2015-11-26 19:39

dingliping1108 发表于 2015-11-24 10:38
请问sob老师，有没有哪里可以下载免费的mkl软件，那个帖子里面的mkl软件被题主删除了，网上说Intel官网上 ...

如果需要intel mkl的话可以下载Intel® Parallel Studio XE 2016，里面包含mkl包。官方链接如下：https://software.intel.com/en-us/intel-parallel-studio-xe/try-buy 用邮箱注册一下就可以了

作者
Author: dingliping1108 时间: 2015-12-3 10:41

sobereva 发表于 2015-11-26 17:40
GENNBO5你编译没有？NBO5.G_src是怎么回事？这个要指向gennbo可执行程序才行。nbo_5g.src是源代码，指 ...

sob老师您好 nbo5 具体怎么编译啊？我解压了之后找别人看了下gennbo5 的文件他说这个文件本身就编译好了我修改环境变量试了很多次都不好用然后我尝试安装您http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=379这个帖子里面的mkl 也没有安装成功您有mkl具体的安装方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-3 11:05

dingliping1108 发表于 2015-12-3 10:41
sob老师您好 nbo5 具体怎么编译啊？我解压了之后找别人看了下gennbo5 的文件他说这个文件本身就编译好 ...

如果你下的是这个
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=106
这是根本没有编译的，那个人把你坑了。
编译方法就在压缩包里的compile method.txt，照着做就完了。

MKL我记得以前已经和你说过了，下载论坛里的intel编译器的包，安装过程中选上MKL就完了。

作者
Author: dingliping1108 时间: 2015-12-3 17:04

sobereva 发表于 2015-12-3 11:05
如果你下的是这个
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=106
这是根本没有编译的，那 ...

sob 老师您应该是告诉别人怎么装mkl 您可能记错了我对Linux不怎么懂我下了您这个帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=379里的最下面两个然后在网上找的这个方法准备尝试安装结果我第一步cd进步不了该文件夹然后给解压命令呢一直提示未找到该文件下面这个是我在网上找的Fortran的安装方法。您看一下是这样装的吗?

Intel Fortran的安装
安装之前，有几件事情要做，要装rpm及各种库。进入终端（terminal），分别键入如下命令并回车（注意，要联网的哦）：
apt-get install build-essential
apt-get install gcc-multilib
apt-get install rpm
apt-get install openjdk-6-jre-headless
分别按照提示安装，
以上命令对于ubuntu 11.10（32位，这里的系统都是32位，以后不赘述了）够了，ubuntu 11.04还要加下面一个命令：
apt-get install libstdc++.so. 5

我安装的是专业版的（版本11.1），是在某个论坛上下载的（版权问题，不好透露啦！）。因为京区灰常变态地限流量和网速，不得已而为之。大家可以到Intel的官方主页下载non-commercial版本，也带有mkl库（用mkl数学库可以使编译以及计算，速度都得到很大提高），很好用的。Intel Fortran安装很简单的，你点击install.sh脚本或者在终端（即terminal）进入Intel Fortran的存放目录（我的是/home/eric/soft/fortran, 命令是cd /home/eric/soft/fortran），然后键入命令./install.sh，这个脚本就会运行啦。根据提示一步一步来，都是英文的，如果你对这么简单的英文也头大，抱怨看不明白，那就没办法了……

Intel Fortran安装可以选择自己喜欢的安装目录的，我的就安装在/home/eric/installation/intel下面。默认是所有三个组件都安装，包括mkl数学库。

装好了之后，还要设置环境变量，只有这样才能在终端使用ifort命令来调用它。设置方法如下：
先取得管理员（root）权限：
在终端键入：sudo su
然后会提示需要输入密码，一般来说，如果你没特别设置，就是你的登录密码啦。输入密码，回车，取得管理员权限了。
键入：vi /root/.bashrc
在文件最后面添加下面三行：
source /home/eric/installation/intel/bin/ifortvars.sh ia32（注意，你把Intel Fortran安装在哪里，就到哪里找ifortvar.sh这个文件，然后source后面跟它的路径，准没错的，ia32是指你的系统类型，32位就用它，注意必须在后面指定这个系统类型！）
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/eric/installation/intel/mkl/lib/32 （这个库路径要跟据自己的实际情况设定，不同的ifort版本会有所不同！）
export INTEL_LICENSE_FILE=$INTEL_LICENSE_FILE:/home/eric/installation/intel/licenses/intel_TBE.lic (这一行好像是针对专业版的ifort编译器的，对于non-commercial版本，我以前用的时候，貌似没有这一项。这里要注意后面要跟你安装完成后，自动生成的licenses这个文件夹的路径！如果自动生成的licenses文件夹不在intel文件夹下，则可以将它复制到intel文件夹下，再添加改动后的路径！)
编辑完，保存退出，在终端输入bash命令，若没有异常，说明设置成功。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-3 18:20

dingliping1108 发表于 2015-12-3 17:04
sob 老师您应该是告诉别人怎么装mkl 您可能记错了我对Linux不怎么懂我下了您这个帖子http://bbs.keins ...

没有记错啊，你不就是要装MKL么
说了很多次了，安装intel编译器的包的时候选上MKL，就有你要的MKL了。
没有Linux基础就先多搜搜linux资料搞明白linux怎么用，否则远程根本说不清楚。
懒得弄linux就用beefly提供的windows版
That's all

作者
Author: huozhong 时间: 2020-6-23 17:37
权限等级太低，看不了帖子。。有别的办法吗

作者
Author: Reminder 时间: 2020-8-11 10:32

huozhong 发表于 2020-6-23 17:37
权限等级太低，看不了帖子。。有别的办法吗

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