计算化学公社

标题: 问题已解决：关于集群高斯无法实时输出log文件问题 [打印本页]

作者
Author: 阿瞳 时间: 2021-3-25 09:52
标题: 问题已解决：关于集群高斯无法实时输出log文件问题
本帖最后由阿瞳于 2021-3-25 15:19 编辑

用学校的集群运行高斯，用qsub命令提交作业，发现只有在任务结束后才会生成log文件，尝试更改脚本换用他人能正常输出log文件的脚本，没有解决问题;希望各位老师解答疑惑

作者
Author: snljty 时间: 2021-3-25 09:57
本帖最后由 snljty 于 2021-3-25 12:09 编辑

ssh到你的计算节点，找你脚本里设置的运行目录，去里面看。通常这类脚本是把你的输入文件拷贝到计算节点，算完了再拷回来，省的老跨节点读取文件。想看登录到计算的节点看就好了。
给个折中的方案吧，以Gaussian为例，想办法设置chk文件在计算节点，out/log在本地节点。

作者
Author: 阿瞳 时间: 2021-3-25 10:48
本帖最后由阿瞳于 2021-6-19 10:54 编辑

snljty 发表于 2021-3-25 09:57
ssh到你的计算节点，找你脚本里设置的运行目录，去里面看。

你好，这是计算的脚本，我ssh 到节点后没有找到运行目录，问下可以通过改脚本的方式让log文件实时输出吗

作者
Author: abin 时间: 2021-3-25 11:17

阿瞳发表于 2021-3-25 10:48
你好，这是计算的脚本，我ssh 到节点后没有找到运行目录，问下可以通过改脚本的方式让log文件实时输出 ...

可以修改脚本实现.

系统设定采用的是“计算本地读写”, 是读写性能最佳的一种解决方案.

作者
Author: 阿瞳 时间: 2021-3-25 11:33

abin 发表于 2021-3-25 11:17
可以修改脚本实现.

系统设定采用的是“计算本地读写”, 是读写性能最佳的一种解决方案.

可以问下要修改哪里吗

作者
Author: abin 时间: 2021-3-25 13:36
脚本没有贴全呀。

就算我有功夫改，
你是期望我从图片帮你翻译成文字吗？

作者
Author: 阿瞳 时间: 2021-3-25 14:01
本帖最后由阿瞳于 2021-6-19 10:55 编辑

abin 发表于 2021-3-25 13:36
脚本没有贴全呀。

就算我有功夫改，

实在不好意思，这是我完整的作业脚本

作者
Author: abin 时间: 2021-3-25 14:12

阿瞳发表于 2021-3-25 14:01
实在不好意思，这是我完整的作业脚本
#!/bin/bash
#PBS -N MY

line 50
line 53
行首➕#

作者
Author: doublezhang 时间: 2021-3-25 14:40

abin 发表于 2021-3-25 14:12
line 50
line 53
行首➕#

能创建一个软链接，把远程节点上的输出文件连到本地目录吗

作者
Author: 阿瞳 时间: 2021-3-25 15:18

abin 发表于 2021-3-25 14:12
line 50
line 53
行首➕#

好的，谢谢你，问题已解决

作者
Author: abin 时间: 2021-3-25 15:36

阿瞳发表于 2021-3-25 15:18
好的，谢谢你，问题已解决

求打赏~~~

手动狗头.

B 站ID abbottcn 欢迎转发视频.

作者
Author: abin 时间: 2021-3-25 17:40

doublezhang 发表于 2021-3-25 14:40
能创建一个软链接，把远程节点上的输出文件连到本地目录吗

你的说法，和这个问题没关系。

你可以尝试用你说的方案试试。

我提供的方案，是切实可行的。
并不会破坏原有的高性能读写设定。

作者
Author: wzy 时间: 2024-7-14 22:41

阿瞳发表于 2021-3-25 15:18
好的，谢谢你，问题已解决

你好，请问怎么解决的

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