计算化学公社

标题: 金属离子-有机物力场文件求助 [打印本页]

作者
Author: Truenesscool 时间: 2021-3-25 16:40
标题: 金属离子-有机物力场文件求助
请问怎样可以生成下面配合物（金属离子-有机物）的力场文件，可以生成OPLA-AA力场文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-25 16:42
不要把图片作为附件上传
用恰当的图片格式直接贴图，仔细看置顶的新社员必读贴。若提示图片超过尺寸说明图片太大（自行用ps之类程序调整合适），并改用jpg格式结合恰当的quality设置

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-25 16:46
应当说明具体要算什么问题
很多情况直接用CP2K跑GFN1-xTB的动力学，比起先折腾力场然后再用GROMACS跑省事得多

作者
Author: Truenesscool 时间: 2021-3-25 17:27
老师，不好意思，下次注意。
老师，我做萃取过程的模拟，模拟萃取结束后，想模拟一下配合物在两相及界面的行为。参考文献中的工作（图片中标黄部分）。

作者
Author: 阿di达思 时间: 2021-3-26 14:14

sobereva 发表于 2021-3-25 16:46
应当说明具体要算什么问题
很多情况直接用CP2K跑GFN1-xTB的动力学，比起先折腾力场然后再用GROMACS跑省事 ...

请问老师，有没有用CP2K跑GFN1-xTB动力学相关博文？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-26 19:33

阿di达思发表于 2021-3-26 14:14
请问老师，有没有用CP2K跑GFN1-xTB动力学相关博文？

使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）
里面有创建输入文件的例子

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-26 19:35

Truenesscool 发表于 2021-3-25 17:27
老师，不好意思，下次注意。
老师，我做萃取过程的模拟，模拟萃取结束后，想模拟一下配合物在两相及界面的 ...

这不算配合物。Cs+是和BPC6靠静电作用维持的。
建议用Merz的离子力场描述Cs，结合acpype产生的其它分子的GAFF力场的拓扑文件

作者
Author: Truenesscool 时间: 2021-4-7 21:16
谢谢老师，我试了一下

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