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标题: VMD作RDG图时如何使两个原子成键？ [打印本页]

作者
Author: wang1345 时间: 2015-11-23 19:10
标题: VMD作RDG图时如何使两个原子成键？
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这个图是我用Multiwfn软件导出的cube文件，用VMD软件做的RDG等值面图，我想问一下，在VMD程序中能否将未连接的两个原子连上键？在构型中我的下面三个P原子是连着键的。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-23 19:14
可以，用mouse-add/remove bonds，然后点要成键的两个原子

作者
Author: 飞鱼669 时间: 2018-12-28 17:04
社长的方法，太有用了。

作者
Author: wwangyt@tju.edu 时间: 2020-7-29 20:47

sobereva 发表于 2015-11-23 19:14
可以，用mouse-add/remove bonds，然后点要成键的两个原子

老师我用Multiwfn+VMD做拓扑分析图时候本来成键的原子却断键了于是用您的方法mouse-add bond 但是命令行显示 ERROR Unable to add bond: one or both atoms already has the maximum number 应该怎么解决呢麻烦老师了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-30 03:06

wwangyt@tju.edu 发表于 2020-7-29 20:47
老师我用Multiwfn+VMD做拓扑分析图时候本来成键的原子却断键了于是用您的方法mouse-add bond 但是命 ...

没有结构图不好说
注意要确保点到原子上，而非点到临界点或者组成键径的点上（点击原子之前可以先关闭显示临界点和键径）

作者
Author: wwangyt@tju.edu 时间: 2020-7-30 09:22
老师我关闭显示临界点和键径后用mouse-add/remove bonds，然后点要成键的两个原子，就成键了感谢老师

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Author: cdhhh 时间: 2025-12-27 13:07

sobereva 发表于 2020-7-30 03:06
没有结构图不好说
注意要确保点到原子上，而非点到临界点或者组成键径的点上（点击原子之前可以先关闭显 ...

老师您好！请问怎么关闭显示临界点和键径？我现在也是点击两个原子但是别没有键显示出来

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Author: sobereva 时间: 2025-12-28 14:24

cdhhh 发表于 2025-12-27 13:07
老师您好！请问怎么关闭显示临界点和键径？我现在也是点击两个原子但是别没有键显示出来

如果你指的下文的做法，VMD里先搞清楚graphics - representation界面里各项都是干嘛的，自己改选择语句就完了
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图（含视频演示）
http://sobereva.com/445（http://bbs.keinsci.com/thread-11079-1-1.html）

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