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标题: 计算两个组质心距离问题 [打印本页]

作者
Author: 961106 时间: 2021-3-25 21:47
标题: 计算两个组质心距离问题
老师您好，我想计算两个组质心距离的变化，一个A组是51-58号原子，一个B组是99，101，103-105号原子
一开始我设置了index.ndx，想用gmx mindist调用，但是发现不能计算质心距离
后来我用了gmx pairdist -f fixed.xtc -s em-gas.tpr -n index.ndx -ref “com of A ” -sel"com of B" -o dist.xvg 发现不能识别
用-ref “com of atomnr 51-58”定义发现它只计算了51号原子
那请问老师，我如果想计算刚才那两个组，ref和sel应该分别怎么定义呢？谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-25 22:19
A、B前头都写上group

作者
Author: 961106 时间: 2021-3-26 09:42

sobereva 发表于 2021-3-25 22:19
A、B前头都写上group

非常谢谢老师！我的两个组分别叫r62noH NAGnoH
那我是否应该写成gmx pairdist -f fixed.xtc -s em-gas.tpr -n index.ndx -ref "com of group r62noH" -sel "com of group NAGnoH"
谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-26 09:43

961106 发表于 2021-3-26 09:42
非常谢谢老师！我的两个组分别叫r62noH NAGnoH
那我是否应该写成gmx pairdist -f fixed.xtc -s em-gas. ...

是

作者
Author: 961106 时间: 2021-3-26 10:55

sobereva 发表于 2021-3-26 09:43
是

非常感谢老师！！！

作者
Author: behemoth 时间: 2024-9-18 21:07
你好，我想请问一下你是怎么确定几号到几号原子对应的是什么呢

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