计算化学公社

标题: 请问各位一个关于gaussian安装的问题 [打印本页]

作者
Author: dingniu2 时间: 2021-3-27 15:50
标题: 请问各位一个关于gaussian安装的问题
之前一个人使用的服务器做gaussian计算已经成功安装并运行。但现在有一个服务器，几个人同时使用同一个服务器做gaussian16计算，每个人都有一个linux普通账户，系统为centos linux，有几个问题请教：1.这种情况是不是不需要在每个普通账户下都安装gaussian？
2.只在root账户下安装一次，大家就可以同时用gaussian计算了吗？
3. 具体该如何操作呢?

谢谢大家！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-3-27 15:58
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-3-27 16:04 编辑

用root权限、账户，将高斯放在公共目录下，例如/opt/下，注意确保该分区足够大，因为高斯有好几GB；写好高斯的环境变量（例如/etc/bashrc里，或新建/etc/profile.d/gaussian.sh文件，不同linux系统有点不太一样），该环境变量对所有用户都有效。至于怎么写环境变量，参考Sob博文《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》http://sobereva.com/439

然后每个人就都能用了，十分简单。

补充：关于高斯的临时文件夹，良好的习惯是建立个scratch文件夹，其下每个人都有自己的同名文件夹，再下一级才是gaussian临时文件夹，这样大家的临时文件不会混淆，方便随时删除。在写高斯临时文件路径时可以写
export GAUSS_SCRDIR=/scratch/$USER/gaussian
这样$USER会自动识别为每个用户。

作者
Author: dingniu2 时间: 2021-3-28 09:46

zjxitcc 发表于 2021-3-27 15:58
用root权限、账户，将高斯放在公共目录下，例如/opt/下，注意确保该分区足够大，因为高斯有好几GB；写好高 ...

多谢解答！！有两个问题请教：
1. 这样设置后，每个人的普通用户环境变量还用设置吗？
2. root安装gaussian后，是不是也能防止普通用户对gaussian程序的误删和更改？
谢谢！！！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-3-28 11:24

dingniu2 发表于 2021-3-28 09:46
多谢解答！！有两个问题请教：
1. 这样设置后，每个人的普通用户环境变量还用设置吗？
2. root安装gaus ...

1.不用
2.是

作者
Author: dali 时间: 2021-10-2 14:59
本帖最后由 dali 于 2021-10-2 15:19 编辑

zjxitcc 发表于 2021-3-27 15:58
用root权限、账户，将高斯放在公共目录下，例如/opt/下，注意确保该分区足够大，因为高斯有好几GB；写好高 ...

你好，请问这样安装后登陆所有用户时出现-bash: /opt/g16c01/g16/bsd/g16.profile: Permission denied，请问改如何解决？对/opt中的所有文件执行chmod 755 -R *不会出现Permission denied。但是gaussian计算时出现Files in the Gaussian directory are world accessible错误，sob老师提到过“Gaussian如果发现其可执行文件对于所有用户都可以访问时就不干”，如果改回chmod 750 -R *又会出现Permission denied，请问这个问题改如何解决，谢谢！

作者
Author: abin 时间: 2021-10-2 17:08
groupadd chem
chown chem: /path/to/Gaussian
chmod o-rwx /path/to/Gaussian -R
usermod -a -G chem tomIsYourName

高斯官方手册就是如此写的，
为何要看二手的资料？

作者
Author: dingniu2 时间: 2021-10-2 21:11

abin 发表于 2021-10-2 17:08
groupadd chem
chown chem: /path/to/Gaussian
chmod o-rwx /path/to/Gaussian -R

感谢回复，请问/path/to/Gaussian整体替换为我的g16安装路径，还是只将其中的Gaussian替换为我的g16安装路径？谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-3 04:04

dingniu2 发表于 2021-10-2 14:11
感谢回复，请问/path/to/Gaussian整体替换为我的g16安装路径，还是只将其中的Gaussian替换为我的g16安装 ...

整体。因为显然你的电脑没有名为/path/to的目录。
好比说明书叫你运行“chown chem: /此处/是/高斯/路径”，那当然要把“/此处/是/高斯/路径”整体换成高斯的路径，不可能是要你新建一个名为“/此处/是”的目录，再把真正的高斯路径写在后面

作者
Author: dingniu2 时间: 2021-10-3 10:01

abin 发表于 2021-10-2 17:08
groupadd chem
chown chem: /path/to/Gaussian
chmod o-rwx /path/to/Gaussian -R

感谢你的方法，非常有效，问题解决了，还有一个问题是这样操作群组成员对gaussian程序只有可读可执行权限，gaussian的计算到底对安装的程序是否需要可写权限？

作者
Author: dingniu2 时间: 2021-10-3 10:02

wzkchem5 发表于 2021-10-3 04:04
整体。因为显然你的电脑没有名为/path/to的目录。
好比说明书叫你运行“chown chem: /此处/是/高斯/路径 ...

感谢回复，问题解决了，想请教你gaussian的计算对安装的gaussian程序是否需要可写权限？

作者
Author: abin 时间: 2021-10-3 10:41

dingniu2 发表于 2021-10-3 10:01
感谢你的方法，非常有效，问题解决了，还有一个问题是这样操作群组成员对gaussian程序只有可读可执行权限 ...

rx

高斯手册有写。

看官方手册就行了……

各种二手资料，基本不靠谱。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)