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标题: 求助，ffbonded.itp文件中很多的不同类型原子的成键怎么看 [打印本页]

作者
Author: libo371324 时间: 2021-3-27 16:04
标题: 求助，ffbonded.itp文件中很多的不同类型原子的成键怎么看
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像图中的C* HC， C_2 C3 ，C_2 CT都是哪两种原子成键，比如C3具体是哪种碳，这个地方看的很糊涂。

作者
Author: Kangtor 时间: 2021-3-27 16:45
不在这个文件里看，这个文件只有相关的成键参数。原子类型在同力场包里的atomtype文件里面看（文件名：atomtypes.atp）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-27 22:50
原子类型在atomtypes.atp里都有注释说明对应什么情况，力场原文里也有

作者
Author: libo371324 时间: 2021-3-29 17:05
本帖最后由 libo371324 于 2021-3-29 17:25 编辑

libo371324 发表于 2021-3-29 11:15

以范德华力结合的非成键项，使用LB规则，oplsaa力场，比如甲烷中的碳和水中的氧，C和O之间的ε(kcal/mol)=0.255，σ(Å)=3.032，我应该怎么在ffnonbonded.itp中写，V和W我不知道去写，也不知道代表什么，或者说怎么换算
[ nonbond_params ]
; i j func V W
C O 1

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-29 18:05

libo371324 发表于 2021-3-29 17:05
以范德华力结合的非成键项，使用LB规则，oplsaa力场，比如甲烷中的碳和水中的氧，C和O之间的ε(kcal/mol) ...

仔细看手册，每个字段定义什么内容，单位是什么都写明了，并且参考原本已有的信息

作者
Author: libo371324 时间: 2021-3-29 19:46

sobereva 发表于 2021-3-29 18:05
仔细看手册，每个字段定义什么内容，单位是什么都写明了，并且参考原本已有的信息

谢谢，我找到了。
关于comb-rule有一个疑问，OPLSAA力场，LJ势的参数形式，1、2、3是都能用吗，还是说只能用相应的参数形式

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-30 13:10

libo371324 发表于 2021-3-29 19:46
谢谢，我找到了。
关于comb-rule有一个疑问，OPLSAA力场，LJ势的参数形式，1、2、3是都能用吗，还是说只 ...

必须用3

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