计算化学公社

标题: VASP优化表面结构报错解决方法请教 [打印本页]

作者
Author: Adair 时间: 2021-3-28 10:31
标题: VASP优化表面结构报错解决方法请教
本帖最后由 Adair 于 2021-3-28 10:34 编辑

各位老师好，我在用VASP优化BiOBr(001)面的时候出现报错，作业提交上就会马上掉下来，产生的报错文件如下，查找相关的解决办法也没能有效解决，因此向各位老师请教，希望各位老师能够帮忙解决一下。谢谢各位老师
图一：VASP计算任务日志文件slurm.out的结尾部分截图（附件是slurm.out文件）
(, 下载次数 Times of downloads: 21)
图二：OUTCAR文件结尾部分截图
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

图三：INCAR截图
(, 下载次数 Times of downloads: 34)

图四：POSCAR部分截图（因为是优化表面结构，所以固定了最下面的两层原子，真空层的厚度为15埃）
(, 下载次数 Times of downloads: 20)

图五：KPOINTS截图
(, 下载次数 Times of downloads: 30)

作者
Author: jiangning198511 时间: 2021-3-30 09:07
你提交个小一点的体系看看是否能正常计算

作者
Author: Penson 时间: 2021-3-30 10:02
一般是内存不够的问题，试试在终端输入ulimit -s unlimited，然后再投任务计算

作者
Author: Adair 时间: 2021-3-31 16:51

jiangning198511 发表于 2021-3-30 09:07
你提交个小一点的体系看看是否能正常计算

谢谢老师我用（2*2*1）的超胞试了一下，能正常提交，原来用的是（3*3*1）的超胞。

作者
Author: jiangning198511 时间: 2021-3-31 17:14

Adair 发表于 2021-3-31 16:51
谢谢老师我用（2*2*1）的超胞试了一下，能正常提交，原来用的是（3*3*1）的超胞。

说明是计算太占内存了

作者
Author: Adair 时间: 2021-3-31 17:33

Penson 发表于 2021-3-30 10:02
一般是内存不够的问题，试试在终端输入ulimit -s unlimited，然后再投任务计算

按照您的方法在终端输入ulimit -s unlimited后提交计算任务就能正常计算了，十分感谢。

作者
Author: Penson 时间: 2021-4-1 10:29

Adair 发表于 2021-3-31 17:33
按照您的方法在终端输入ulimit -s unlimited后提交计算任务就能正常计算了，十分感谢。

可以考虑把该指令写进Linux环境中，以后就不用每次在终端输入

作者
Author: 壹零壹室掃地僧 时间: 2021-4-1 19:47
我一般都是vi /etc/profile
把这几行都添加进去

ulimit -s unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -d unlimited

复制代码

然后在提交脚本里写source /etc/profile

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