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标题: 求助mdtraj和MDanalysis载入结构文件pdb的具体内容 [打印本页]

作者
Author: sungl123456 时间: 2021-3-28 09:56
标题: 求助mdtraj和MDanalysis载入结构文件pdb的具体内容
提问：利用mdtraj和MDanalyisis分析GROMACS输出轨迹时需要载入的pdb具体内容是什么，和gromacs的top文件之间是什么关系？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-28 10:38
pdb有标准格式定义，google一搜便知，是专门记录生物大分子和各种小分子的标准格式。
pdb可以记录单帧也可以记录多帧，后者可以用于记录轨迹。比如你把轨迹载入VMD，然后save coordinate保存成pdb就可以得到pdb轨迹。跟top没有任何联系

作者
Author: sungl123456 时间: 2021-3-28 10:52

sobereva 发表于 2021-3-28 10:38
pdb有标准格式定义，google一搜便知，是专门记录生物大分子和各种小分子的标准格式。
pdb可以记录单帧也可 ...

好的，感谢社长

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