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标题: dmol3算晶体，原子选择什么constraints ？ [打印本页]

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-24 10:57
标题: dmol3算晶体，原子选择什么constraints ？
本帖最后由 zyj19831206 于 2015-11-25 09:25 编辑

我计算了乙醇的氢转移反应，最后表面原子怎么起来了？我是将底层fix的，过渡态也是虚频很多，搜索过渡态好麻烦。

作者
Author: 平辉正 时间: 2015-11-24 11:30
你到底想说啥？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-24 11:41
表面太小，而且两层金属原子很牵强。
嗯。。。还有，上面那个好像也不是乙醇来着。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-24 14:09

卡开发发发表于 2015-11-24 11:41
表面太小，而且两层金属原子很牵强。
嗯。。。还有，上面那个好像也不是乙醇来着。

表面至少要取六层吗？氢转移反应具体的计算不知道怎么搞？

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-24 14:13

卡开发发发表于 2015-11-24 11:41
表面太小，而且两层金属原子很牵强。
嗯。。。还有，上面那个好像也不是乙醇来着。

自己在这里捣鼓过渡态计算，没人交流，好多不知道，哎。。。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-24 14:16

卡开发发发表于 2015-11-24 11:41
表面太小，而且两层金属原子很牵强。
嗯。。。还有，上面那个好像也不是乙醇来着。

兄弟，dmol3过渡态计算你最熟啊，你什么时候开个帖子，做个系统的讲解讲解啊。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-24 14:25

zyj19831206 发表于 2015-11-24 14:09
表面至少要取六层吗？氢转移反应具体的计算不知道怎么搞？

你要不把反应的细节写出来，然后再来一块分析。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-25 00:04

卡开发发发表于 2015-11-24 14:25
你要不把反应的细节写出来，然后再来一块分析。

这个是那个反应的文献，我都是重复文献。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-25 00:32
@jiewei 来看奇观，CASTEP做PAW。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-25 00:34

zyj19831206 发表于 2015-11-25 00:04
这个是那个反应的文献，我都是重复文献。

等着先把你上一个做出来再说。这种文献重复起来意思不大。

作者
Author: minagami 时间: 2015-11-25 09:02

卡开发发发表于 2015-11-25 00:32
@jiewei 来看奇观，CASTEP做PAW。

请问一下用CASTEP做PAW存在什么问题吗？
在维基上查到的PAW定义是：The projector augmented wave method (PAW) is a technique used in ab initio electronic structure calculations. It is a generalization of the pseudopotential and linear augmented-plane-wave methods, and allows for density functional theory calculations to be performed with greater computational efficiency.
在MS的CASTEP中用的不就是平面波赝势方法吗？

作者
Author: minagami 时间: 2015-11-25 09:20
文献中只提到了用NEB方法来确认MEP，不知道是不是用的LST/QST搜索过渡态。在MS中CASTEP和DMOL3搜索过渡态的方法就是LST/QST，个人感觉十分的坑。
楼主可以尝调小RMS或者是调大最大执行QST的次数，如果还是不行就只能慢慢调节反应物和产物的结构了。感觉反应物和产物的结构越接近过渡态，反应物和产物的结构变化越小，越有可能成功找到过渡态。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-25 09:24

平辉正发表于 2015-11-24 11:30
你到底想说啥？

就是固定原子，应该选择什么constraints ？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-25 09:31
本帖最后由卡开发发于 2015-11-25 09:33 编辑

minagami 发表于 2015-11-25 09:02
请问一下用CASTEP做PAW存在什么问题吗？
在维基上查到的PAW定义是：The projector augmented wave metho ...

不是PAW本身的问题，而是熟悉PAW和CASTEP的话，你会发觉CASTEP只支持模守恒和超软赝势，这也是CASTEP计算杂化泛函、计算IR等出现的软肋。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-25 09:35

zyj19831206 发表于 2015-11-25 09:24
就是固定原子，应该选择什么constraints ？

周期体系直角坐标分数坐标全都勾上肯定不会错。

作者
Author: 平辉正 时间: 2015-11-25 10:26

卡开发发发表于 2015-11-25 09:35
周期体系直角坐标分数坐标全都勾上肯定不会错。

没错

作者
Author: minagami 时间: 2015-11-25 10:35

卡开发发发表于 2015-11-25 09:31
不是PAW本身的问题，而是熟悉PAW和CASTEP的话，你会发觉CASTEP只支持模守恒和超软赝势，这也是CASTEP计算 ...

多谢指教。自己初学CASTEP，对其中的运行原理还不是很透彻。我的理解是PAW用的是模守恒和超软赝势之外的另外一种赝势方法，所以不能用CASTEP算？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-25 10:44

minagami 发表于 2015-11-25 10:35
多谢指教。自己初学CASTEP，对其中的运行原理还不是很透彻。我的理解是PAW用的是模守恒和超软赝势之外的 ...

PAW应该是那种类似于LAPW那样的方式，芯电子轨道处理的时候是经过冻芯近似的，然后再投影到平面波上，严格来说不算是赝势。CASTEP支持超软赝势和模守恒赝势，而不支持PAW。所以这篇文章这么写乍一看我也说不清什么程序算的。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-26 09:44

卡开发发发表于 2015-11-25 10:44
PAW应该是那种类似于LAPW那样的方式，芯电子轨道处理的时候是经过冻芯近似的，然后再投影到平面波上，严 ...

是不是用dmol3搜索过渡态，初始的动画对最终计算结果很重要，必须要跟过渡态的位置相差的比较少，才会得到正确的结果？这就需要查阅相关的实验文献什么的？但是原子位置貌似很难正确的确认吧？

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-26 10:07

卡开发发发表于 2015-11-25 10:44
PAW应该是那种类似于LAPW那样的方式，芯电子轨道处理的时候是经过冻芯近似的，然后再投影到平面波上，严 ...

左下角，我像这样设计过渡态是否有问题，问题是，我始终没办法将O与Pt之间的键更改为单键。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-26 10:07

zyj19831206 发表于 2015-11-26 10:07
左下角，我像这样设计过渡态是否有问题，问题是，我始终没办法将O与Pt之间的键更改为单键。

想要掌握过渡态计算，真是难上加难。。。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-26 11:22

zyj19831206 发表于 2015-11-26 10:07
左下角，我像这样设计过渡态是否有问题，问题是，我始终没办法将O与Pt之间的键更改为单键。

改不改单键只是显示问题，无视之。

这个体系不能帮你演示，手里的服务器是双路老Xeon4核心的，这样的体系几乎做不了，学校那边服务器跑满了。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-11-26 18:01

卡开发发发表于 2015-11-24 11:41
表面太小，而且两层金属原子很牵强。
嗯。。。还有，上面那个好像也不是乙醇来着。

兄弟，你的扣扣多少？我的：675096471

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