标题: 求助：在进行位置限制性NVT模拟时，提示the default file 'conf' does not exist [打印本页] 作者Author: 芮啦 时间: 2021-3-29 18:17 标题: 求助：在进行位置限制性NVT模拟时，提示the default file 'conf' does not exist 各位老师好，我在进行NVT模拟时，输入命令gmx grompp -f nvt.mdp -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr但提示错误信息为：
Error in user input:
Invalid input values
In option c
Required option was not provided, and the default file 'conf ' does not exist or is not accessible.
The following extensions were tried to complete the file name:
.gro, .g96, .pdb, .brk, .ent, .esp, .tpr
我查找了一些资料，但没有找到与之相同的错误信息，麻烦老师们指点一下 作者Author: sobereva 时间: 2021-3-29 20:11
你没用-c选项指定结构文件作者Author: 芮啦 时间: 2021-3-29 23:55
谢谢sob老师，我本来是用-c指定的em.gro文件，但是它提示了以下错误信息：
Fatal error:
Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r). From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you specify for the -c option.
所以我就用-r指定em.gro文件了作者Author: 黄舒伟 时间: 2021-3-30 00:06
。。。报错的意思是你不仅要-c你还要-r作者Author: 芮啦 时间: 2021-3-30 08:55