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标题: 在能量最小化时提示原子有重叠，请问怎样消除原子重叠 [打印本页]

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-3-29 19:43
标题: 在能量最小化时提示原子有重叠，请问怎样消除原子重叠
各位老师好，我输入命令gmx mdrun -s em.tpr -o em.trr -e em.edr -c em.gro进行能量最小化，但能量最小化未完成并提示以下信息：
Steepest Descents:
Tolerance (Fmax) =  1.00000e+03
Number of steps =       50000

Energy minimization has stopped because the force on at least one atom is not
finite. This usually means atoms are overlapping. Modify the input
coordinates to remove atom overlap or use soft-core potentials with the free
energy code to avoid infinite forces.
You could also be lucky that switching to double precision is sufficient to
obtain finite forces.

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to machine precision in 17 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  =  2.3312435e+22
Maximum force    =          inf on atom 641
Norm of force    =          inf

请问怎样消除原子重叠呢，麻烦各位老师指点一下

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-29 20:12
初始结构或者拓扑文件不合理，仔细检查

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-3-29 23:50

sobereva 发表于 2021-3-29 20:12
初始结构或者拓扑文件不合理，仔细检查

谢谢sob老师，我再去仔细检查一下初始结构和拓扑文件

作者
Author: sdf 时间: 2021-8-11 20:50

芮啦发表于 2021-3-29 23:50
谢谢sob老师，我再去仔细检查一下初始结构和拓扑文件

您好，请问您的这个问题解决了吗？我也遇到相同的问题，想请教一下您。
Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  = -9.0887500e+04
Maximum force    =  1.1054751e+04 on atom 51
Norm of force    =  3.9257707e+03

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-12 15:22

sdf 发表于 2021-8-11 13:50
您好，请问您的这个问题解决了吗？我也遇到相同的问题，想请教一下您。
Steepest Descents converged to ...

一样的解决方法啊，打开初始结构和拓扑文件，用肉眼检查有没有重叠

作者
Author: sdf 时间: 2021-8-12 17:13

wzkchem5 发表于 2021-8-12 15:22
一样的解决方法啊，打开初始结构和拓扑文件，用肉眼检查有没有重叠

好的，谢谢啊，我又试了一下这次报错如下，请问这个该怎么处理了？谢谢指点！
Steepest Descents:
Tolerance (Fmax) =  1.00000e+03
Number of steps =       50000
Step= 0, Dmax= 1.0e-02 nm, Epot= -9.08875e+04 Fmax= 1.10548e+04, atom= 51
Step= 14, Dmax= 1.2e-06 nm, Epot= -7.52383e+04 Fmax= 1.10539e+04, atom= 510
Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
requested precision Fmax < 1000 (which may not be possible for your system).
It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too
small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we
regard the minimization as converged to within the available machine
precision, given your starting configuration and EM parameters

Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  = -9.0887492e+04
Maximum force    =  1.1054751e+04 on atom 51
Norm of force    =  3.9257712e+03

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-8-12 17:35

sdf 发表于 2021-8-12 10:13
好的，谢谢啊，我又试了一下这次报错如下，请问这个该怎么处理了？谢谢指点！
Steepest Descents:
T ...

检查最终结构，尤其是报错提示的51号原子附近是否有不合理的结构

作者
Author: sdf 时间: 2021-8-12 19:23

wzkchem5 发表于 2021-8-12 17:35
检查最终结构，尤其是报错提示的51号原子附近是否有不合理的结构

好的，感谢感谢，我在看看。

作者
Author: 17865328994 时间: 2022-7-26 20:33

wzkchem5 发表于 2021-8-12 15:22
一样的解决方法啊，打开初始结构和拓扑文件，用肉眼检查有没有重叠

您好，我用gromacs跑完能量最小化之后，发现有一个氢原子和氧原子重叠了，然而初始结构并没有重叠，这个是力场的问题吗

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2022-7-26 20:35

17865328994 发表于 2022-7-26 20:33
您好，我用gromacs跑完能量最小化之后，发现有一个氢原子和氧原子重叠了，然而初始结构并没有重叠，这个 ...

体系有哪些东西用的什么力场拓扑文件和结构文件怎么获得的都说清楚

作者
Author: 17865328994 时间: 2022-7-26 20:46
本帖最后由 17865328994 于 2022-7-26 20:47 编辑

对抗路达摩发表于 2022-7-26 20:35
体系有哪些东西用的什么力场拓扑文件和结构文件怎么获得的都说清楚

您好，我的体系中含有水分子，甲烷分子和一个含有72个原子的短链，用的opls力场，拓扑文件和结构文件是用下面网站生成的，就是那个短链在进行能量最小化之后，尾链的氢原子和靠近它的氧原子重叠在一起啦
http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/index.html

作者
Author: 牧生 时间: 2022-7-26 20:54

17865328994 发表于 2022-7-26 20:46
您好，我的体系中含有水分子，甲烷分子和一个含有72个原子的短链，用的opls力场，拓扑文件和结构文件是用 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-28435-1-1.html

对你应该有启发作用

作者
Author: 17865328994 时间: 2022-7-26 20:59

牧生发表于 2022-7-26 20:54
http://bbs.keinsci.com/thread-28435-1-1.html

对你应该有启发作用

太感谢啦，我刚看了一下你给我的链接，那我接下来把氢原子方向调一下看看

作者
Author: 17865328994 时间: 2022-7-26 21:59

17865328994 发表于 2022-7-26 20:59
太感谢啦，我刚看了一下你给我的链接，那我接下来把氢原子方向调一下看看

我刚试了一下，感觉调了氢原子位置之后还是不行，原子跑着跑着还是会重叠，太难啦

作者
Author: 呀芽芽 时间: 2023-7-27 16:17

wzkchem5 发表于 2021-8-12 15:22
一样的解决方法啊，打开初始结构和拓扑文件，用肉眼检查有没有重叠

您好，我是做表面活性剂在油水界面的研究。我用高斯+Multiwfn优化、拟合电荷后，用acpype转化成_GMX.itp,_GMX.gro,_GMX.top文件，用Packmol构建盒子，然后用GROMACS能量最小化的时候就会报错。初始结构是没有问题的，拓扑文件和minim.mdp也修改了好多次，但每次能量最小化都会报错说原子重叠，麻烦您帮我看一下是哪儿出了问题。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-27 16:25

呀芽芽发表于 2023-7-27 09:17
您好，我是做表面活性剂在油水界面的研究。我用高斯+Multiwfn优化、拟合电荷后，用acpype转化成_GMX.itp, ...

最可靠的办法是写一个小脚本，计算这些原子两两之间的距离，看看有没有特别近的（小于0.5埃，尤其是极其接近0埃的）。或许GROMACS、VMD、Multiwfn等也有现成的这种功能，这个我不太清楚。
如果两个原子的坐标严格一致，肉眼是看不出来的。

作者
Author: 呀芽芽 时间: 2023-7-27 16:32

wzkchem5 发表于 2023-7-27 16:25
最可靠的办法是写一个小脚本，计算这些原子两两之间的距离，看看有没有特别近的（小于0.5埃，尤其是极其 ...

谢谢老师，请问老师找到距离小的俩原子后怎么处理？是要删掉吗，还是怎么办

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-27 17:07

呀芽芽发表于 2023-7-27 09:32
谢谢老师，请问老师找到距离小的俩原子后怎么处理？是要删掉吗，还是怎么办

先确定实际体系里面这个原子是该有一个还是两个。如果本来该只有一个，就删掉其中任意一个；如果本来该有两个，就把这两个原子分开，然后把相关的键长键角都调成合理值

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