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标题: 在做两相体系的rdf时峰形出现问题 [打印本页]

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2021-3-30 09:12
标题: 在做两相体系的rdf时峰形出现问题
请教一下各位老师，我的体系是双相体系，体系中有固相铂层和液相，当我想要计算液相中的原子之间的rdf时，我采用-xy选项，但算出来的rdf的形状还是不太对，是为什么呢？有什么办法改进吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-31 13:10
有什么不对？
以什么原子作为参考原子和被统计原子？

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2021-3-31 21:06

sobereva 发表于 2021-3-31 13:10
有什么不对？
以什么原子作为参考原子和被统计原子？

因为感觉起峰位置过早，从0nm时就开始有起峰，并且有很多峰形也不规则，最后也很难收敛到1，所以我感觉不太对？选用的参考组和被统计原子都是我体系中的S。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-1 00:54

芝士栗子小甜饼发表于 2021-3-31 21:06
因为感觉起峰位置过早，从0nm时就开始有起峰，并且有很多峰形也不规则，最后也很难收敛到1，所以我感觉不 ...

如果S是指分子中的硫原子，不用-xy看看什么情况，如果也异常，和VMD计算的rdf对比一下

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2021-4-1 09:17

sobereva 发表于 2021-4-1 00:54
如果S是指分子中的硫原子，不用-xy看看什么情况，如果也异常，和VMD计算的rdf对比一下

嗯嗯我试试谢谢sob老师

作者
Author: 466468213 时间: 2022-11-8 08:51

芝士栗子小甜饼发表于 2021-4-1 09:17
嗯嗯我试试谢谢sob老师

这个东西别人不是都做过很多了吗？

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