计算化学公社

标题: 请教：是否有软件能够单独可视化轨迹中所有帧的非极性作用（单独可视化疏水作用也可） [打印本页]

作者
Author: a9471163 时间: 2021-3-30 12:24
标题: 请教：是否有软件能够单独可视化轨迹中所有帧的非极性作用（单独可视化疏水作用也可）
系统是两个小分子，用gromacs模拟后证明它们的相互作用主要是非极性作用，因此想寻求一种软件，能够把所有帧中的非极性作用单独显示出来（单独显示的意思是，不显示极性作用），最后制作一个动画，由于最终目标是制作动画，所以，虽然IGM分析非常好，但是需要手动分析几千帧，然后把所有的图制作成动画，因此IGM方法使用起来不方便。
网上有一种观点是，chimeraX能够可视化非极性作用，我试了一下，发现：根据chimeraX官网的介绍，在进行contacts分析时，能够可视化非极性作用，但是极性作用也会被同时显示，我不希望同时显示极性作用。
总之，最终目的是想单独显示所有帧的非极性作用（或者单独显示疏水作用也行），然后制作动画，想请教一下有无软件可以实现，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-31 12:52
为什么要手动分析几千帧，明明写个脚本就搞定了
参考此文
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200

自己写个做几千帧的IGM完全没有什么难的

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