计算化学公社

标题: 请问使用VMD软件可以得到外加电场、电导等参数的曲线吗 [打印本页]

作者
Author: namd学者 时间: 2021-3-30 16:13
标题: 请问使用VMD软件可以得到外加电场、电导等参数的曲线吗
如题，比如在NAMD外加电场再模拟后能从VMD得到电场的曲线吗，或者其他的电场参数呢？

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-3-31 15:48
电场不是你设的吗？你需要VMD画什么

作者
Author: namd学者 时间: 2021-4-2 10:26
谢谢老师还有一个问题就是怎样将POPC膜最小化后怎么将它跑到平衡状态啊直接在conf文件里面添加run 加步数就行了吗？

作者
Author: namd学者 时间: 2021-4-2 10:28

fhh2626 发表于 2021-3-31 15:48
电场不是你设的吗？你需要VMD画什么

谢谢老师还有一个问题就是在POPC膜最小化后怎么将它跑到平衡状态啊就是直接在conf文件里面步数就行了吗还有衡量平衡的指标是啥呢

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-4-2 18:15

namd学者发表于 2021-4-2 10:28
谢谢老师还有一个问题就是在POPC膜最小化后怎么将它跑到平衡状态啊就是直接在conf文件里面步数就行了吗 ...

对，建议你直接用CHARMM-GUI建你的体系

作者
Author: namd学者 时间: 2021-4-5 16:34

fhh2626 发表于 2021-4-2 18:15
对，建议你直接用CHARMM-GUI建你的体系

好的，谢谢老师回答

作者
Author: namd学者 时间: 2021-4-7 14:45

fhh2626 发表于 2021-4-2 18:15
对，建议你直接用CHARMM-GUI建你的体系

老师，我是用VMD里面的插件直接建立的popc膜，但是在跑平衡态的过程中膜会随着时间而跑散（水分子移动的范围很大），请问这是正常的吗

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)