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标题: 求助从fch文件中提取hessian矩阵，以及和ORCA的hess文件对应关系 [打印本页]

作者
Author: bxu764 时间: 2021-3-31 04:18
标题: 求助从fch文件中提取hessian矩阵，以及和ORCA的hess文件对应关系
想法的初衷是把高斯频率计算产生的hessian转换成ORCA能使用的hess文件（ORCA的数值频率计算耗时极高）。但无奈对fch的格式不甚了解。
于是以水分子（N=3）频率计算为例，在hess文件中主要有hessian和normal_modes两个9X9的矩阵（3Nx3N），不是很清楚后者的含义是什么；在fchk里面搜“Cartesian Force Constants”看到的是一个9X5的矩阵。请问这个要怎么才能对映到orca的hessian呢？（我简单看了一下ORCA的9X9矩阵并不是对称的，一开始以为是fch只输出对称矩阵的左下角，但好像不是这样的，所以很迷惑。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2021-3-31 08:21
http://sobereva.com/328
这篇博文了解一下

作者
Author: bxu764 时间: 2021-3-31 10:12

让你变成回忆发表于 2021-3-31 08:21
http://sobereva.com/328
这篇博文了解一下

感谢回复。我看了这个帖子。高斯fch里的Cartesian force constant是只输出了hessian矩阵的左下角，可以还原成博文里的那个样子。但我看了ORCA的hess文件里的矩阵不是对称的，也不知道这个矩阵是不是跟高斯输出的有相同的含义。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2021-3-31 10:15

bxu764 发表于 2021-3-31 10:12
感谢回复。我看了这个帖子。高斯fch里的Cartesian force constant是只输出了hessian矩阵的左下角，可以还 ...

不是吧？
我刚才看了一下我这边ORCA计算得到的hess文件，里面的hessian矩阵是对角的呀？
15                   0                1                2                3                4
16    0    6.0969030920E-01 2.5723002914E-02 1.5459675512E-04  -3.1190022278E-01  -4.2036272649E-04
17    1    2.5723002914E-02 6.3916307039E-01  -3.3418309563E-04 4.3649489575E-04  -9.3815569505E-02
18    2    1.5459675512E-04  -3.3418309563E-04 7.3305443342E-02  -7.8852768592E-05 4.2764314974E-05
19    3    -3.1190022278E-01 4.3649489575E-04  -7.8852768592E-05 6.0968313443E-01  -2.5704737604E-02
20    4    -4.2036272649E-04  -9.3815569505E-02 4.2764314974E-05  -2.5704737604E-02 6.3918439057E-01

作者
Author: bxu764 时间: 2021-3-31 10:39

让你变成回忆发表于 2021-3-31 10:15
不是吧？
我刚才看了一下我这边ORCA计算得到的hess文件，里面的hessian矩阵是对角的呀？
15 ...

很奇怪，我的hess文件是这个样子的，完全不是对称的
$hessian
9
                  0                               1                               2                         3                4
0    -1.0507581668E-02 2.2599832086E-10 1.1330081192E-10 5.2523758086E-03  -1.7893529875E-10
1    2.0075573097E-10 7.2233540031E-01 8.8339000367E-11  -1.5448719755E-10  -3.6114367357E-01
2    9.3436142136E-11 1.3680044278E-10 4.1591991843E-01 6.5598397063E-11 1.9938428376E-01
3    5.2147150687E-03  -6.8634424595E-12 7.0155740786E-11  -1.6733582161E-03  -4.9758631742E-11
4    -3.3417524627E-11  -3.6122734155E-01 1.9942692381E-01  -5.7137485582E-11 3.8580559088E-01
5    3.7944304208E-11 2.5894689478E-01  -2.0797430946E-01  -8.0266774541E-11  -2.2918038641E-01
6    5.2147149763E-03  -1.9072527095E-11 8.1628987831E-11  -3.5399419810E-03 4.7160009518E-11
7    -1.9396269715E-11  -3.6122734172E-01  -1.9942692379E-01  -6.8918446245E-12  -2.4602275924E-02
8    -1.3410307767E-11  -2.5894689466E-01  -2.0797430987E-01  -2.0714375388E-11 2.9740473580E-02
有可能是输入文件写的不对：
! b3lyp DEF2-TZVP FREQ
* XYZ 0 1
O                0.00000000 0.00000000 -0.11081188
H                0.00000000 -0.78397589 0.44324751
H                -0.00000000 0.78397589 0.44324751
*

可以看看你的ORCA输入文件吗？感谢！

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2021-3-31 10:53

bxu764 发表于 2021-3-31 10:39
很奇怪，我的hess文件是这个样子的，完全不是对称的
$hessian
9

%pal
nprocs 16
end

!BP86 DEF2-SVP OPT FREQ

%TDDFT
NROOTS 5
IROOT 1
END

*xyzfile 0 1 Ben_S1.xyz

作者
Author: bxu764 时间: 2021-4-1 05:15

让你变成回忆发表于 2021-3-31 10:53
%pal
nprocs 16
end

看来是我的ORCA的问题，重装了一次就正常了。
还想请教一下：hess文件中的normal_modes矩阵是如何得到的呢？

作者
Author: weixy 时间: 2022-9-19 11:58
你好，我想问一下，fchk文件如何转换成hess文件?

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