计算化学公社

标题: 求助:想求大佬测试这个linux版本的gaussian16安装包是否可用 [打印本页]
作者
Author: 黄舒伟    时间: 2021-3-31 10:27
标题: 求助:想求大佬测试这个linux版本的gaussian16安装包是否可用
问题：严格按照老师http://sobereva.com/439的步骤安装后，却发现g16 xxx.gjf 后，只是几秒钟后便只出现了log文件。想请教一下原因（在两个终端安装后都是不能正常运行，尝试了很多，未能独自解决，故怀疑是我这破解版安装包的问题），命令行及系统回复内容如下：
  1. (base) [learning@rtx2 h2o]$ g16 HP24.gjf
  2. Error: segmentation violation
  3.    rax 0000000000000000, rbx 0000000001f9ef40, rcx 000015290d7b0a0b
  4.    rdx 0000000000000000, rsp 00007ffec1af8fb8, rbp 00007ffec1af9010
  5.    rsi 000000000000000b, rdi 00000000000d2b5b, r8  000015290db37820
  6.    r9  000015290e2e86c0, r10 0000000000000007, r11 0000000000000206
  7.    r12 00007ffec1afb080, r13 0000000000000013, r14 0000000001fa0010
  8.    r15 0000000000000001
  9.   /lib64/libpthread.so.0(+0x12dd0) [0x15290decfdd0]
  10.   /lib64/libc.so.6(kill+0xb) [0x15290d7b0a0b]
  11.   /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/l1.exe() [0x4f4ea9]
  12.   /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/l1.exe() [0x50e790]
  13.   /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/l1.exe() [0x5087bf]
  14.   /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/l1.exe() [0x50cc80]
  15.   /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/l1.exe() [0x50ca45]
  16.   /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/l1.exe() [0x512128]
  17.   /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/l1.exe() [0x46ddd7]
  18.   /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/l1.exe() [0x44fe05]
  19.   /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/l1.exe() [0x44fd37]
  20.   /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/l1.exe() [0x44fc84]
  21.   /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3) [0x15290d79c6a3]
  22.   /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/l1.exe() [0x44fb79]
复制代码


日志文件内容如下：
  1. Entering Gaussian System, Link 0=g16
  2. Input=HP24.gjf
  3. Output=HP24.log
  4. Initial command:
  5. /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/l1.exe "/home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/scratch/Gau-856450.inp" -scrdir="/home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/scratch/"
复制代码


.bashrc文件相关内容如下：
  1. <span style="background-color: rgb(249, 249, 250);">export g16root=/home/learning/hsw/app/gaussian16</span>
  2. <span style="background-color: rgb(249, 249, 250);">export GAUSS_SCRDIR=/home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/scratch</span>
  3. <span style="background-color: rgb(249, 249, 250);">source /home/learning/hsw/app/gaussian16/g16/bsd/g16.profile</span>
复制代码

作者
Author: abin    时间: 2021-3-31 10:33
本帖最后由 abin 于 2021-3-31 20:53 编辑

不要老盯着 百度。

试试这个。
yandex.com

TARGET torrent
Or


TARGET crack

然后自己动手吧。
不认识俄文没关系， &#129522;以及BT的图标应该认识的。

另外， 你啥处理器呀？
如果是v3, v4之类的， AVX版本可以使用。
如果是v2处理器，需要找SSE版本的。


作者
Author: 黄舒伟    时间: 2021-3-31 11:06
abin 发表于 2021-3-31 10:33
不要老盯着 百度。

试试这个。

大佬似乎说到了问题的关键，我去检查一下，多谢指教。
作者
Author: 黄舒伟    时间: 2021-3-31 11:11
abin 发表于 2021-3-31 10:33
不要老盯着 百度。

试试这个。

请问大佬这种服务器用哪个版本呢（我上面出错似乎就是因为装了Gaussian 16 Rev. A.03 ES64L Linux x64版本）？
model name      : Intel(R) Core(TM) i5-9400F CPU @ 2.90GHz
model name      : Intel(R) Core(TM) i5-9400F CPU @ 2.90GHz
model name      : Intel(R) Core(TM) i5-9400F CPU @ 2.90GHz
model name      : Intel(R) Core(TM) i5-9400F CPU @ 2.90GHz
model name      : Intel(R) Core(TM) i5-9400F CPU @ 2.90GHz
model name      : Intel(R) Core(TM) i5-9400F CPU @ 2.90GHz
作者
Author: 黄舒伟    时间: 2021-3-31 11:23
黄舒伟 发表于 2021-3-31 11:11
请问大佬这种服务器用哪个版本呢（我上面出错似乎就是因为装了Gaussian 16 Rev. A.03 ES64L Linux x64版 ...

抱歉，应该先看老师给的链接的，版本问题解决了，多谢老师指教。
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-31 12:32
不要公开贴高斯下载链接，给你删了
作者
Author: 黄舒伟    时间: 2021-3-31 12:37
sobereva 发表于 2021-3-31 12:32
不要公开贴高斯下载链接，给你删了

好的，抱歉
作者
Author: abin    时间: 2021-3-31 20:51
黄舒伟 发表于 2021-3-31 11:11
请问大佬这种服务器用哪个版本呢（我上面出错似乎就是因为装了Gaussian 16 Rev. A.03 ES64L Linux x64版 ...

Determine which capabilities are supported by your cpu
cat /proc/cpuinfo | grep avx2
cat /proc/cpuinfo | grep avx
cat /proc/cpuinfo | grep sse

没有输出，意味着对应的指令集不支持。
盲猜， 你的处理器是， i5 九代 coffee Lake产品，桌面处理器，非服务器处理器。
应该是6核心的。
支持，
Intel® SSE4.1, Intel® SSE4.2, Intel® AVX2。
也就是说，你能找到的x86_64的G16版本，应该都可以用。
作者
Author: 黄舒伟    时间: 2021-4-1 00:32
abin 发表于 2021-3-31 20:51
Determine which capabilities are supported by your cpu
cat /proc/cpuinfo | grep avx2
cat /proc ...

大佬神了，我CPU是Intel(R) Core(TM) i5-9400F CPU @ 2.90GHz，6核，我一开始也怀疑我的CPU不支持，但是我师兄又说它在类似的（i5）cpu跑过这个版本的g16，能正常跑。于是就停在这好几天没进展。。。斗胆恳求大佬私发一个您说的版本的G16.
作者
Author: abin    时间: 2021-4-1 07:20
黄舒伟 发表于 2021-4-1 00:32
大佬神了，我CPU是Intel(R) Core(TM) i5-9400F CPU @ 2.90GHz，6核，我一开始也怀疑我的CPU不支持，但是 ...

拜托，
仔细看下上下文。
作者
Author: 黄舒伟    时间: 2021-4-1 18:30
问题已解决，我服务器版本和G16版本不兼容，Gaussian 16 Rev. A.03 ES64L和G16-A03-AVX2都不能支持我服务器（还是不清楚是不是这两个不支持 Intel(R) Core(TM) i5-9400F CPU @ 2.90GHz），换成G16-A03-SSE42就没问题了。
多谢各位大佬的帮助。
作者
Author: RES    时间: 2022-8-22 13:33
黄舒伟 发表于 2021-4-1 18:30
问题已解决，我服务器版本和G16版本不兼容，Gaussian 16 Rev. A.03 ES64L和G16-A03-AVX2都不能支持我服务器 ...

老哥，Gaussian16要到哪里下载呀，我是真的找不到了，不能公开链接，能否给个线索
作者
Author: 牧生    时间: 2022-8-22 13:52
本帖最后由 牧生 于 2022-8-22 13:55 编辑
RES 发表于 2022-8-22 13:33
老哥，Gaussian16要到哪里下载呀，我是真的找不到了，不能公开链接，能否给个线索

第一个方法：第二楼的网站里面，搜
第二个方法：http://bbs.keinsci.com/thread-29314-1-1.html  
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-8-22 15:25
RES 发表于 2022-8-22 06:33
老哥，Gaussian16要到哪里下载呀，我是真的找不到了，不能公开链接，能否给个线索

用orca吧，orca是免费的，大部分功能和高斯差不多或者比高斯好，而且还支持DLPNO-CCSD(T)等很多高斯做不了的方法。
既然可以合法用一个免费软件，就没必要非法用一个盗版的收费软件。正常情况下我不会轻易给高斯用户安利orca，毕竟我有利益相关；但是碰到求盗版高斯的，我一定要说这么一句，因为即使高斯公司也不希望你用盗版高斯。
作者
Author: chands    时间: 2022-8-22 15:31
wzkchem5 发表于 2022-8-22 15:25
用orca吧，orca是免费的，大部分功能和高斯差不多或者比高斯好，而且还支持DLPNO-CCSD(T)等很多高斯做不 ...

我都叫你直接加签名档，就不用天天发广告了。
作者
Author: zjxitcc    时间: 2022-8-22 15:34
RES 发表于 2022-8-22 13:33
老哥，Gaussian16要到哪里下载呀，我是真的找不到了，不能公开链接，能否给个线索

如果学校/学院/课题组没有购买Gaussian软件使用许可，后续没法用于发文章，顶多私下做练习。
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-8-22 16:02
chands 发表于 2022-8-22 08:31
我都叫你直接加签名档，就不用天天发广告了。

有道理，我加上了。不过估计还是不能代替发广告就是。。。
作者
Author: chands    时间: 2022-8-22 16:04
本帖最后由 chands 于 2022-8-22 16:08 编辑
wzkchem5 发表于 2022-8-22 16:02
有道理，我加上了。不过估计还是不能代替发广告就是。。。

直接加：

ORCA大法好！免费量子化学软件！
[链接] [论坛]
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-8-22 16:08
chands 发表于 2022-8-22 09:04
直接加：

ORCA大法好！免费！

估计没啥效果吧
作者
Author: chands    时间: 2022-8-22 16:09
wzkchem5 发表于 2022-8-22 16:08
估计没啥效果吧

你要打广告啊，买点之一不是免费吗，你哪一个帖子没说免费？
作者
Author: RES    时间: 2022-8-22 18:01
牧生 发表于 2022-8-22 13:52
第一个方法：第二楼的网站里面，搜
第二个方法：http://bbs.keinsci.com/thread-29314-1-1.html

请问直接在那个网站里面搜的内容也是二楼说的吗。您发的那个帖子我权限不够进。
作者
Author: RES    时间: 2022-8-22 18:03
wzkchem5 发表于 2022-8-22 15:25
用orca吧，orca是免费的，大部分功能和高斯差不多或者比高斯好，而且还支持DLPNO-CCSD(T)等很多高斯做不 ...

这个是因为的前面的计算都是用的Gaussian，用的是学校的机子，现在要在自己电脑上装，但是又找不到给学校装的那个人，所以只能这样了
作者
Author: 牧生    时间: 2022-8-22 18:07
RES 发表于 2022-8-22 18:01
请问直接在那个网站里面搜的内容也是二楼说的吗。您发的那个帖子我权限不够进。

那就是一个搜索引擎，随便搜搜你想要的信息。
作者
Author: RES    时间: 2022-8-22 21:24
牧生 发表于 2022-8-22 18:07
那就是一个搜索引擎，随便搜搜你想要的信息。

好的谢谢
作者
Author: XZDZ    时间: 2024-6-18 14:21
wzkchem5 发表于 2022-8-22 15:25
用orca吧，orca是免费的，大部分功能和高斯差不多或者比高斯好，而且还支持DLPNO-CCSD(T)等很多高斯做不 ...

老师，请问哪些软件可以看ORCA的输出呢？比如想看振动频率、relax scan以及IRC这些的输出呢？
作者
Author: wzkchem5    时间: 2024-6-18 16:08
XZDZ 发表于 2024-6-18 07:21
老师，请问哪些软件可以看ORCA的输出呢？比如想看振动频率、relax scan以及IRC这些的输出呢？

Avogadro或Chemcraft
作者
Author: wangzuwei    时间: 2024-6-19 10:10
wzkchem5 发表于 2024-6-18 16:08
Avogadro或Chemcraft

推荐一下ChimeraX。安装好之后下载一个SEQCROW就可以可视化ORCA的输出文件了，常见的需求都能满足（振动频率，优化过程，IRC轨迹等等）。软件比这俩好用而且自带的可视化效果预设就很不错



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