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标题: 求助：安装Gromacs 4.6.7 Gpu加速版时报错 Unsupported gpu architecture 'compute... [打印本页]

作者
Author: skl 时间: 2021-3-31 16:00
标题: 求助：安装Gromacs 4.6.7 Gpu加速版时报错 Unsupported gpu architecture 'compute...
我在安装gromacs 4.6.7 Gpu加速版时报错 Unsupported gpu architecture 'compute_20' (, 下载次数 Times of downloads: 26)

安装指令：cmake .. -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/skl/gmx467

按照提示的文件把 compute_20 相关内容删除之后，再次安装还是报错，查看文件 compute_20 相关内容又有了
CUDA安装的是最新的11.1版本

作者
Author: lyj714 时间: 2021-3-31 16:17
本帖最后由 lyj714 于 2021-3-31 16:25 编辑

想啥呢，都用cuda11.1了你还装4.6.7的版本是自找麻烦。

本人主推荐用2019.6版本，编辑源码中cmake文件夹下的gmxManageNvccConfig.cmake，删掉sm_30那行。
我之所以推荐此版本是因为目前最稳定，bug最少。

如果你用2020系列，虽然从2020.4开始直接支持了cuda11，但是因为这个系列报道过得bug最多，所以一定不要用。

另外，如果用2021系列，记得一定要从2021.1这个版本用，虽然我不推荐此版本，因为可能有很多未知bug

作者
Author: naoki 时间: 2021-3-31 17:28
额 GROMACS装个新版的吧

作者
Author: skl 时间: 2021-3-31 17:29

lyj714 发表于 2021-3-31 16:17
想啥呢，都用cuda11.1了你还装4.6.7的版本是自找麻烦。

本人主推荐用2019.6版本，编辑源码中cmake文件夹 ...

不行啊因为我的任务的原因需要跑核壳模型这个的话只能用4.6.7的版本
我刚才试了2019.6的版本可以gpu加速但是跑我的任务就只能单线程跑

作者
Author: skl 时间: 2021-3-31 17:38

naoki 发表于 2021-3-31 17:28
额 GROMACS装个新版的吧

哎没办法啊要跑的任务只能4.6.7

作者
Author: lyj714 时间: 2021-3-31 17:43
本帖最后由 lyj714 于 2021-3-31 17:48 编辑

skl 发表于 2021-3-31 17:29
不行啊因为我的任务的原因需要跑核壳模型这个的话只能用4.6.7的版本
我刚才试了2019.6的版本可 ...

我不确定你说的情况是否属实，你可以提供给一个tpr我来测试一下各种版本gmx跑是否有差异(让你少走弯路)。

如果硬是要装4.6.7，我还是建议不要用这么新的cuda，用10.1的应该可以，不过也要更改文件，类似这种

# remove sm_20 section in cmake/gmxManageNvccConfig.cmake file for pass cmake.
sed -i 's/-gencode;arch=compute_20,code=sm_20;-gencode;arch=compute_20,code=sm_21;//g' ${install_file}/../cmake/gmxManageNvccConfig.cmake
sed -i 's/-gencode;arch=compute_20,code=compute_20//g' ${install_file}/../cmake/gmxManageNvccConfig.cmake

复制代码

作者
Author: skl 时间: 2021-3-31 18:38

lyj714 发表于 2021-3-31 17:43
我不确定你说的情况是否属实，你可以提供给一个tpr我来测试一下各种版本gmx跑是否有差异(让你少走弯路)。 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-22199-1-1.html#pid150890
你可以看下我这个帖子
用2018.8和2019.6都会有这个报错
用4.6.7就不会有这样的问题
所以我要用4.6.7

作者
Author: skl 时间: 2021-3-31 18:47

lyj714 发表于 2021-3-31 17:43
我不确定你说的情况是否属实，你可以提供给一个tpr我来测试一下各种版本gmx跑是否有差异(让你少走弯路)。 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 9)
这个是要运行的文件你直接跑nvt.mdp就行能量极小化的没有问题

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Author: lyj714 时间: 2021-3-31 19:17
本帖最后由 lyj714 于 2021-3-31 19:21 编辑

skl 发表于 2021-3-31 18:47
这个是要运行的文件你直接跑nvt.mdp就行能量极小化的没有问题

测试了多个版本，确实如此【5.x, 2016.x, 2018.x, 2019.x只能单核跑，2020.x, 2021.x根本不支持group，因此也不能用table了】。

值得注意的是你使用的是group 的cutoff-scheme，因此注定无法使用gpu加速。当然如果你改成verlet对于你的体系也是不行的，因为你用了table，而verlet目前不支持table，而且gromacs 2020及以上版本彻底砍掉了group，所以这些版本你也就不必考虑了。

因此你只能使用4.x的版本。虽然也无法使用gpu加速

作者
Author: skl 时间: 2021-3-31 19:53

lyj714 发表于 2021-3-31 19:17
测试了多个版本，确实如此【5.x, 2016.x, 2018.x, 2019.x只能单核跑，2020.x, 2021.x根本不支持group， ...

额这个样子啊好吧谢谢了

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