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标题: 关于amber跑REMD的一些问题.... [打印本页]

作者
Author: BBBcf 时间: 2021-3-31 23:30
标题: 关于amber跑REMD的一些问题....
各位大大好，菜鸡我最近在用amber20跑REMD副本交换，但是发现了一个非常奇怪的现象：
我是按照官网上(http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial7/index.php)的教程来做REMD的，但是体系用的是我自己的蛋白质
很奇怪的一点是我查看了自己的输出文件，发现交换前后副本的温度也被交换掉了，如下图中的TEMP0关键字，代表该体系应该保持的温度
这就相当于他们交换的不仅仅是体系，也把温度给交换掉了
(, 下载次数 Times of downloads: 42)
但是从官网教程的输出文件中，我看到交换前后副本的温度没有变化啊，这难道是版本的原因吗，因为官网的版本确实很老，用的是amber10
(, 下载次数 Times of downloads: 43)
按道理讲副本本身的温度一定是不会变化的呀

附上我remd的输入(1/16)[隐式溶剂模型]：
Equilibration
&cntrl
ntx=5, ntxo=2, ioutfm=0,
nstlim=2000, dt=0.0005,
irest=1, ntt=3, gamma_ln=1.0,
temp0=310.0, ig=5714,
ntc=2, ntf=2, nscm=1000,
ntb=0, igb=8,
cut=999.0, rgbmax=999.0,
ntpr=100, ntwx=1000, ntwr=100000,
numexchg=1000,
/

sander.MPI -O -rem 1 -remlog rem.log -i remd_mdin.rep.001 -o remd.mdout.001 -c equilibrate.rst.001 -r remd.rst.001 -x remd.mdcrd.001 -inf remd.mdinfo.001 -p new.top

这究竟是啥原因呀

作者
Author: BBBcf 时间: 2021-4-1 10:02
老版本应该交换的是副本，不是温度；而新版本交换的是温度而不是副本，应该是这样的；两者交换任何一个都可以，都是相对的过程。
解决了～

作者
Author: 冷血 时间: 2021-4-15 14:32
你好，借楼请教一下，如何确定副本数量，还有这个温度怎么设置呢？

作者
Author: BBBcf 时间: 2021-4-25 18:59

冷血发表于 2021-4-15 14:32
你好，借楼请教一下，如何确定副本数量，还有这个温度怎么设置呢？

这个并没有一个统一的说法，取决于体系大小和研究目的吧，具体可以参考一下REMD文章原文的论述
http://ambermd.org/tutorials/adv ... _chem_phys_lett.pdf

作者
Author: BBBcf 时间: 2021-4-25 19:00

BBBcf 发表于 2021-4-25 18:59
这个并没有一个统一的说法，取决于体系大小和研究目的吧，具体可以参考一下REMD文章原文的论述
http://a ...

作者
Author: 冷血 时间: 2021-4-29 11:14

BBBcf 发表于 2021-4-25 18:59
这个并没有一个统一的说法，取决于体系大小和研究目的吧，具体可以参考一下REMD文章原文的论述
http://a ...

好嘞，谢谢。学习起来

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