计算化学公社

标题: 请教VMD处理LAMMPS轨迹文件的显示处理的问题 [打印本页]

作者
Author: wuyanzhou 时间: 2021-4-1 15:53
标题: 请教VMD处理LAMMPS轨迹文件的显示处理的问题
老师好，作为一名初学者，想请教几个利用VMD处理lammps轨迹文件的问题。问题1：利用VMD打开轨迹文件后结构老是乱七八糟的，跨边界现象严重。如何解决呢，这种情况对后续提取RDF等数据又硬i想吗？问题2：如何利用VMD结合其他可视化软件得到规整的，某一平衡时刻下带有边界条件的截图呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-1 16:11
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“LAMMPS轨迹文件显示处理”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-1 16:13
(, 下载次数 Times of downloads: 72)

用pbc box就可以显示出盒子边框

作者
Author: wuyanzhou 时间: 2021-4-1 21:48
本帖最后由 wuyanzhou 于 2021-4-1 21:52 编辑

sobereva 发表于 2021-4-1 16:13
用pbc box就可以显示出盒子边框

老师，您好。关于求助的方式下次会改正。我现在又有几个问题想问：请问您图片中提到的第一步操作gmx trjconv 命令接-pbc mol转换轨迹是在命令窗口输入吗？当我输入后显示invalid command name “gmx”.。第二个问题是，怎么判断lammps的输出结果是盐溶质在溶剂中解离平衡了呢？就像下图，部分粒子都聚集在一起了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-2 03:36

wuyanzhou 发表于 2021-4-1 21:48
老师，您好。关于求助的方式下次会改正。我现在又有几个问题想问：请问您图片中提到的第一步操作gmx trjc ...

那个命令是GROMACS的
lammps有没有类似的我不清楚，我不用lammps

可以试图对溶质区域算算SASA随时间变化曲线，如果波动平稳了，一定程度说明平衡了（但也结合轨迹图形判断）

作者
Author: wuyanzhou 时间: 2021-4-2 09:03

sobereva 发表于 2021-4-2 03:36
那个命令是GROMACS的
lammps有没有类似的我不清楚，我不用lammps

好的，老师。非常感谢您的答复。

作者
Author: jackyyyy 时间: 2021-9-21 16:09
请问楼主第一个问题解决了吗，我也遇到了相同的问题，不知该如何解决

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2021-9-22 16:10

jackyyyy 发表于 2021-9-21 16:09
请问楼主第一个问题解决了吗，我也遇到了相同的问题，不知该如何解决

Dynamic Bonds风格显示

作者
Author: xinxinup 时间: 2021-9-22 20:13
对RDF计算结果没有影响，VMD计算RDF是可以选择加上周期性边界

作者
Author: jackyyyy 时间: 2021-9-23 10:17

Lacrimosa 发表于 2021-9-22 16:10
Dynamic Bonds风格显示

好的，谢谢回复

作者
Author: wuyanzhou 时间: 2021-10-19 14:56

jackyyyy 发表于 2021-9-21 16:09
请问楼主第一个问题解决了吗，我也遇到了相同的问题，不知该如何解决

你好，我现在处理的时候会加上pbc wrap -all -compound res。

作者
Author: jackyyyy 时间: 2021-10-25 21:09

wuyanzhou 发表于 2021-10-19 14:56
你好，我现在处理的时候会加上pbc wrap -all -compound res。

好的，谢谢您的回复

作者
Author: xinyanli 时间: 2022-11-23 11:07

wuyanzhou 发表于 2021-10-19 14:56
你好，我现在处理的时候会加上pbc wrap -all -compound res。

请问这个命令是啥意思呢？

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