计算化学公社

标题: 提交作业一直排队 [打印本页]

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Author: 2833982824 时间: 2015-11-25 19:11
标题: 提交作业一直排队
最近几天往学校的数科院服务器上投作业，一直在qw，不运行，类似的作业之前也算过，2-3天的样子就出来结果了。现在却不知道怎么回事。咨询学校的另外一个老师，他的作业可以投并且运行。这是为什么啊？求高人指点！谢谢！

作者
Author: hcxytpp@163.com 时间: 2015-11-25 19:25
我以前也遇到这个情况，提交作业，就是算不了，1：你看看你的脚本有没有什么问题。
2：就是检查一下是否有空余的节点，以及你设置的节点数和核数是否合适，比如我们学校一般要求用12的整数倍，然而，有的同学每次都用8，这样很浪费资源；
3：别人能交能算而你不能的问题：我一个账户只能同时运行5个作业，多了就要排队，有些作业趋势不对，我需要qdel任务然后重新提交，一般在qdel的同时，提交一个新的任务，新得到运行的几率更大。
4：你可以把作业qdel，重新提交看看
废话很多，希望对你有帮助

作者
Author: 2833982824 时间: 2015-11-25 20:12
我qdel过了，但还是没用啊，把作业传给别的同学（一个院的），可以计算。但是就我这里不能计算。所以输入文件没问题（脚本指输入文件吧？）我提交的作业也不多，2个。

如何检查空余节点呢？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-25 20:45

2833982824 发表于 2015-11-25 20:12
我qdel过了，但还是没用啊，把作业传给别的同学（一个院的），可以计算。但是就我这里不能计算。所以输入 ...

脚本指SGE/PBS任务提交脚本，不是输入文件。需要在文件中指明所用核数之类的。如果你不知道有这个东西可能是管理人员写好了给你自动生成了。看任务排序系统的具体要求，比如输入文件中必须存在%nprocshared之类的。另外检查是否超过了你可以使用的最大资源，核数，内存

作者
Author: 2833982824 时间: 2015-11-25 20:53
谢谢答复！请教PBS指的是？我的输入文件中指定了%nproc，%mem

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-25 21:28

2833982824 发表于 2015-11-25 20:53
谢谢答复！请教PBS指的是？我的输入文件中指定了%nproc，%mem

你们的scheduler是什么软件，PBS是其中一种。
我只是举个例子，这种case by case甚至很难在别的电脑上重复出来的问题，只有能看到你电脑的人+配置你们scheduler的老师才容易解决

作者
Author: milkxx 时间: 2015-11-26 19:45
如果是pbs的话可以用tracejob 命令查看一下作业信息

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