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标题: 请教下各位朋友关于gromacs分配残基的带电性的问题 [打印本页]

作者
Author: chenxianzhao 时间: 2021-4-4 11:11
标题: 请教下各位朋友关于gromacs分配残基的带电性的问题
使用gromacs分配残基的带电性之后，可以通过命令或文件查看每个残基的带电情况吗，以及查看残基上各原子的电性的分布情况？求指点

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-5 02:21
[moleculetype]里[atoms]字段直接体现了各个原子的电荷。
里面也有注释行，诸如
; residue 52 ASP rtp ASP q -1.0
这里q后面就是残基净电荷数值

作者
Author: chenxianzhao 时间: 2021-4-5 10:35

sobereva 发表于 2021-4-5 02:21
[moleculetype]里[atoms]字段直接体现了各个原子的电荷。
里面也有注释行，诸如
; residue 52 ASP rtp A ...

请问是在gromacs里使用moleculetype这个命令查看吗，需要输入gro或pdb文件吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-6 03:27

chenxianzhao 发表于 2021-4-5 10:35
请问是在gromacs里使用moleculetype这个命令查看吗，需要输入gro或pdb文件吗？

这是拓扑文件的字段名，不是命令。仔细看手册关于拓扑文件部分

作者
Author: chenxianzhao 时间: 2021-4-6 14:51

sobereva 发表于 2021-4-6 03:27
这是拓扑文件的字段名，不是命令。仔细看手册关于拓扑文件部分

好的好的，谢谢啦

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