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标题: 利用dushin计算空穴重组能时报错：nv is incorrect [打印本页]

作者
Author: Eternal 时间: 2021-4-4 14:36
标题: 利用dushin计算空穴重组能时报错：nv is incorrect
用dushin计算图中分子的空穴重组能时报错

，看了dushin的Readme之后改了dushin.dat的参数，依然出错。在网上搜索相关问题的时候，看到sobereva老师回答之前一个帖子时提到：几何优化和算单点频率的时候都加上nosymm关键词，但是我加了nosymm重新算之后还是报相同的错误。
我猜测是体系的原因，因为我用sobereva老师在330帖子中给出的算例可以成功得出重组能结果，但是换了相对较大的体系就出错。

计算用的out和输入文件放在附件中.希望sobereva老师能给予指导，本人感激不尽！

作者
Author: Troy_OvO 时间: 2021-5-27 16:02
请问您找到解决方案了吗？我也遇到了一样的报错。

作者
Author: wugaiyan 时间: 2021-6-30 12:29
请问楼主解决问题了吗

作者
Author: snljty 时间: 2021-11-2 18:45
看了一下源代码，好像是做对角化力常数矩阵还是什么之后，去掉本征值太小的本征值（平动转动）的时候设置的阈值太大，有些振动模式被忽略掉了，导致总振动模式数不对，不是非线性分子的3n-6或者线性分子3n-5。在源代码包里的bmatred.for里面搜'nv is incorrect'，把前面紧挨着注释的cut= 1.d-7和往前十几行的if (abs(eval(i)).gt.1.d-7) then这句的1.d-7都改成2.d-8或者1.d-8，然后用ifort重新编译可以避免这个报错，但是我不做任何关于结果有意义而且能用的保证。建议给作者发邮件，问问为什么选1E-7，能不能改这个，和以前的结果测试有没有什么问题。
吐个槽，不写Makefile就算了，这个算法也比较诡异，直接判断是不是线性分子，挑最大的3n-5或者3n-6个本征值不就好了。然后异常退出也不设置非0返回码，echo $?还以为程序没报错呢。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-2 19:42

snljty 发表于 2021-11-2 11:45
看了一下源代码，好像是做对角化力常数矩阵还是什么之后，去掉本征值太小的本征值（平动转动）的时候设置的 ...

我觉得比较好的做法是把平动和转动投影掉，这样即便有频率极其小、比（因为数值误差而不等于0的）平动和转动模式还小的振动，也不会有问题

作者
Author: snljty 时间: 2021-11-2 20:06

wzkchem5 发表于 2021-11-2 19:42
我觉得比较好的做法是把平动和转动投影掉，这样即便有频率极其小、比（因为数值误差而不等于0的）平动和 ...

谢谢您的建议，有空我写邮件问问dushin开发者，不过都7年前的软件了吧，不知道他们还会不会回复。刚又看了一下，应该是冗余内坐标下的力常数矩阵（不确定是不是叫这个）。

作者
Author: 静静子 时间: 2022-3-27 16:11
老师，您好，请问您的问题解决了嘛？我也遇到了同样的问题

作者
Author: 张秀娥 时间: 2022-4-9 11:53
请问您的问题现在解决了吗

作者
Author: snljty 时间: 2022-4-9 12:01

静静子发表于 2022-3-27 16:11
老师，您好，请问您的问题解决了嘛？我也遇到了同样的问题

认真看前面的回复。

作者
Author: snljty 时间: 2022-4-9 12:47

张秀娥发表于 2022-4-9 11:53
请问您的问题现在解决了吗

认真看前面的回复。

作者
Author: SHAOTAO 时间: 2023-4-5 10:23
请问，dushin里nv is incorrect ，最后怎么解决的？刚接触计算，不太能理解上面回复的具体操作。忘赐教，谢谢！

作者
Author: SHAOTAO 时间: 2023-4-5 10:24

wzkchem5 发表于 2021-11-2 19:42
我觉得比较好的做法是把平动和转动投影掉，这样即便有频率极其小、比（因为数值误差而不等于0的）平动和 ...

请问，dushin里nv is incorrect ，最后怎么解决的？刚接触计算，不太能理解上面回复的具体操作。忘赐教，谢谢！

作者
Author: SHAOTAO 时间: 2023-4-5 10:24

snljty 发表于 2021-11-2 18:45
看了一下源代码，好像是做对角化力常数矩阵还是什么之后，去掉本征值太小的本征值（平动转动）的时候设置的 ...

请问，dushin里nv is incorrect ，最后怎么解决的？刚接触计算，不太能理解上面回复的具体操作。忘赐教，谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-5 16:49
本帖最后由 wzkchem5 于 2023-4-5 10:01 编辑

SHAOTAO 发表于 2023-4-5 03:23
请问，dushin里nv is incorrect ，最后怎么解决的？刚接触计算，不太能理解上面回复的具体操作。忘赐教，谢 ...

具体是哪步不会做？把那些操作步骤里你不会做的列出来，这样我们才能教你做

作者
Author: Eternal 时间: 2023-5-26 11:11
看来还是很多人遇到这样的问题，dushin作者给楼主发了最新版本dushin然后解决了这个问题，大家可以发邮件找dushin作者要，我这里不方便直接发给大家

作者
Author: hege123 时间: 2024-4-8 21:23

Eternal 发表于 2023-5-26 11:11
看来还是很多人遇到这样的问题，dushin作者给楼主发了最新版本dushin然后解决了这个问题，大家可以发邮件找 ...

能请问下在哪里下载吗

作者
Author: abin 时间: 2024-4-9 09:02

hege123 发表于 2024-4-8 21:23
能请问下在哪里下载吗

Try this one.

https://gitee.com/hpc4you/linux/tree/master/dushin

作者
Author: hege123 时间: 2024-4-10 10:49

abin 发表于 2024-4-9 09:02
Try this one.

https://gitee.com/hpc4you/linux/tree/master/dushin

太感谢了

作者
Author: hege123 时间: 2024-4-20 15:47

abin 发表于 2024-4-9 09:02
Try this one.

https://gitee.com/hpc4you/linux/tree/master/dushin

请问使用这个新版的dushin，结果显示“at line 362 of file subs.for (unit=15, file="s1 freq.log)
fortran runtime error: bad value during floating point read. 该怎么办呀

作者
Author: WHBZBC 时间: 4 day ago

Eternal 发表于 2023-5-26 11:11
看来还是很多人遇到这样的问题，dushin作者给楼主发了最新版本dushin然后解决了这个问题，大家可以发邮件找 ...

你好，你能把dushin的最新版发给我一下吗？万分感谢

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